壹、陰陽五行學說
陰陽五行是中醫學認識世界的基本框架。《黃帝內經》認為陰平陽秘是生命存在的前提，古人認為作為天地萬物本源的氣，具有運動化生的本性。氣的運動展開為陰陽五行，整個世界就是以氣為內在本質，以陰陽五行為外在形態表現的動態統壹系統。萬事萬物通過陰陽五行聯系為壹個統壹的整體。陰陽學說屬於中國古代哲學的範疇，《黃帝內經》將其引入醫學領域，用以闡釋人體生命活動過程和現象中相互對立而又統壹的兩個方面，指導對疾病病理的認識、診治和預防。陰陽和平是中醫學最高的價值追求。追求宇宙萬物的和諧是中華民族的永恒價值觀。人之所以生病，根本原因就是氣血陰陽的逆亂失調，所以中醫的具體治療原則雖有很多，但都以平調陰陽氣血為最後目的。在養生上，調和陰陽，達到和同經脈、氣血皆從、內外調和是最終目標。
二、藏象學說
藏象學說是《黃帝內經》醫學理論的核心，《黃帝內經》根據這壹思想建立了以五臟為中心，在內聯系六腑、經脈、五體、五華、五竅、五誌等，在外聯系五方、五時、五味、五色、五畜、五音、五氣等，形成壹個表裏相合、內外相關的整體，借相互關聯、相互作用的整體醫學宇宙觀，用以說明人體的生理功能和病理變化。以藏家學說為基礎形成的臟腑辨證是中醫認識疾病的基本思維模式。
三、天人合壹思想
天地萬物由壹氣所化。中國古人認為氣是宇宙和生命的本源，人與天地萬物都由氣所化生。天與人之間之所以存在著相應的關系，源於天人壹氣。氣是溝通天人萬物的中介。氣是人與萬物生死存亡的根據，是生命的本質。在氣論自然觀的宇宙圖景中，整個宇宙是壹個大生命體，是由氣所推動的大化流行過程。就人來說，生命取決於氣，保氣、養氣、調氣是養生和治病的根本要求。《黃帝內經》基於人與自然、社會的密切聯系，建構了天地人“三才”醫學模式，使《黃帝內經》醫學理論能夠真實反映人體生命活動的客觀過程。這種醫學模式重視人與自然、社會的協調，將人與生存環境的和諧、人體身心的和諧視為健康的基本標準，並貫穿於疾病的防治和延年益壽的理論與實踐之中，這是《黃帝內經》對於世界醫學的貢獻。它與近年醫學界提出的“社會-心理-生物”醫學模式的基本觀點是相通的，但其可貴之處是，它已完全融入自己的理論，並作為臨床的基本原則和方法實施於醫療活動之中。
四、形神統壹觀
重神輕形是中醫區別於現代醫學的基本特征。古人認為，天地萬物由氣所化生，具體說來，是由在天之氣（陽氣）和在地之形（陰氣）合和而成。就人來說則是形神合壹。神是氣之功能的極致表現，神本質上也是氣。人的生命活動雖然要以形體為依托，但終究以氣為本質，氣在生命存，氣去生命亡。所以古人在生命觀上重氣輕形。最佳的生理狀態應該是形氣相得，在病理狀態下則是氣勝形則生，形勝氣則死。因此，與重視人體生理解剖結構研究，從有形的物質存在著眼的現代醫學不同，中醫重視對無形的生命之氣變化過程的研究。
五、獨特的生命觀
（壹）人體觀。在古代哲學“精氣論”、“道器觀”的影響下，《黃帝內經》將人視為精氣聚合、離散之器，生命現象是精氣升降出入運動的過程和結果，主要是從整體機能活動的方式、方法及其相互聯系的“道”的方面，研究生命過程及其機制與規律，提出“以四時之法成”的生命機能結構學說，“陰平陽秘”與五行生克制化的生命機能穩態學說，“奇恒”、“回轉”的動態生命過程學說，集中體現在藏象、經絡、精氣神等理論中。
（二）疾病觀。在“奇恒常變”觀念的指導下，結合豐富的醫療實踐，《黃帝內經》確立了有關疾病的理論。關於疾病的概念，諸凡飲食起居、勞作情誌等壹切身心活動反生理之常者，均可使陰陽失調而致病。它不以形質結構及其物量變化的超標作為衡量疾病與健康的單壹標準，而是更強調整體機能的紊亂與失常。關於疾病的發生，《黃帝內經》以“邪正相爭”闡明其機理，以六淫疫邪侵襲，飲食、勞傷與七情失調概括其致病方式，從致病因素與機體抗病能力相互作用的結果，審求其病理意義，即“審證求因”。關於疾病變化的機理，《黃帝內經》著眼於宏觀、動態地分析其整體機能失調的方式、狀態和過程，提出了以臟腑、經絡、氣血津液病變為基礎的疾病傳變等理論，成為臨床診病論治的理論基礎。
（三）診治觀。《黃帝內經》提出審機論治的診治原則，是辨證論治的雛形。審機，即審察病機，就是通過對臨床病癥的收集、整理、分析、綜合，確定其病變本質。它是對疾病過程中致病因素與機體相互作用所產生的整體機能失調之本質概括，因時而異、因人而別，作為診斷過程，後世演化為“辨證”，於是“證”成為診斷和治療的關鍵，由此決定了中醫治療學的基本特點是在整體機能協調的基礎上，將治療個體化，強調治患病之人；提倡各種方法配合應用，強調綜合療法；在治人與治病的關系上，更重視人；在整體與局部、機能與形質關系的處理上，更重視整體、重視機能；對病變***性和個性的關註上，更重視個性。對於疾病的預防上，提出以增強體質為核心的健身防病思想，有效指導了各種自我健身法的實施，在世界保健醫學上獨樹壹幟。