1912年，王利器出生在四川江津壹個富裕家庭中。父親王章可是前清官員，參加過四川保路和反對洋教活動，在鄉裏頗有威望。老人家性喜讀書，在家裏購置了不少書籍，用有光紙印刷的洋版書，如赫胥黎《天演論》、梁啟超《飲冰室文集》等；有用毛邊紙印刷的土版書，如鐘雲舫《振振堂集》等。
王利器從小就在父親的藏書樓上遊玩嬉戲，耳濡目染之下，不僅激發了壹生不懈的讀書心，也培養出高過同輩的不凡手眼。
王利器的啟蒙老師，是清代秀才劉昌文先生。在老師那裏，他從《四書》、《五經》學起，到《古文觀止》、《聲律啟蒙》、《幼學瓊林》、《賦學正鵠》、《白香詞譜》，後來又學習《綱鑒易知錄》、《文選》、《古文辭類纂》等。先是死記硬背，等上了路，就開始試著提筆做文章，學習對對子、做詩、做四六、做律賦等。十三年的私塾教育為王利器日後的治學之路打下了堅實的基礎。
1934年，20多歲的王利器考入江津中學，正式接受現代教育。入學之初，三年級壹位同學去世，學校舉行追悼會，王利器代表壹班新生送了壹副挽聯：
逢君卻又別君，嘆砥礪無緣，紅樹青山人已去；相見爭如不見，恨文章憎命，素車白馬我方來。
這副挽聯文字典麗、對仗整齊，當時追悼會上送挽聯者不下百余副，多有大人先生之妙作，但相形此聯均略有不及，壹時競相傳誦、聲名鵲起。
王利器三年級時，適逢蜀學名家吳芳吉到江津中學當校長。吳芳吉是個非常勤學的人，每天早晨三點鐘就起床讀書，也要求全體學生同時起床自習。正是這樣的嚴師督導，培養了王利器後來每天工作十個小時，積年不綴的審慎態度。當時，吳先生的校長辦公室兼寢室正好在三年級學生寢室的對門，王利器經常和同學過去請益，發現吳先生案頭總是放著兩部書：壹部《淮南鴻烈集解》，壹部《杜詩鏡銓》。受其影響，王利器也買了部《淮南鴻烈集解》來讀，自己試著用水彩畫紅色來斷句。 初中畢業後王利器進入重慶大學高中部，授課老師都是大學本科的教授，向宗魯先生講《清儒》，陳偉謨先生授英文，郭堅白先生講代數，何魯先生講幾何。當時，何魯、文伯魯、向宗魯三人很是有名，人稱“三魯”，“三魯”中就有二魯在王利器所在的高中班上授課，王利器受益良多。
不久後，東北三省被日軍侵占，北大、清華、交大受時局影響都沒有在重慶設考區。王利器於是西上成都，考取了四川大學中文系。四川大學前身為著名的尊經書院，名師宿儒，匯聚壹堂，蔚為蜀學中心。中文系以張頤為首，有龔向農講《三禮》，林山腴講《史記》，周癸叔講詞律，向先樵講《楚辭》，祝屺懷講《資治通鑒》，李培甫講《說文》，趙少鹹講《廣韻》，龐石帚講《文心雕龍》，蕭仲綸先生講《詩經》，曾宇康先生講《文選》……王利器遊藝於眾多名師之間，讀書治學。
大學三年級時，向宗魯先生從重慶赴四川大學任教。向宗魯是壹代名師，曾在成都存古學堂與蒙文通、彭雲生、曾宇康諸先生***同學習，他對王利器的幫助很大。後來戰事日深，四川大學為避敵機轟炸遷校峨眉，向宗魯安排四年級學生寫畢業論文。王利器寫出了《風俗通義校註》壹文。此壹專著，不僅反映出他此時業已熟識校勘之法，具有了很豐富的典籍知識，而且也標誌著他慢慢走上了校勘、考釋古籍這條艱苦的學術道路。
上世紀四十年代，王利器考取北京大學文科研究所，師從傅斯年先生，從此踏上了治學新階段。問學古人、對策時賢，成了他在中央研究院的主要生活。而作為傅斯年唯壹的壹個研究生，入學三年之後（即1943年），他提交出壹份優秀研究成果——《呂氏春秋比義》，***二十四冊，約莫兩百萬言，榮獲當時教育部頒發的最高獎。 1941年11月11日，王利器正在北京大學文科研究所裏閉門讀書，忽然從四川峨眉傳來了乃師向宗魯先生逝世的驚人消息。噩耗傳來，王利器悲痛不已。這時，遠在巴縣龍鳳場小灣的向師母牟紅儀女士也拍來了電報，希望王利器能去壹趟峨眉，把向宗魯的靈柩送到故裏安葬。王利器立刻拿著電報向導師傅斯年先生請假，辭別赴川。
到了峨眉後，見過向先樵、程天放諸先生，辦過交涉，學校補發了壹個月薪水約三百余元，另發派壹個校工老史陪王利器壹道扶靈去小灣。但是，學校補發的微薄薪金僅夠從峨眉到江津北岸中渡街的費用，包括租船費在內，而從中渡街到龍鳳場小灣，還有好幾十公裏的旱路，因為要雇用不少挑夫，走這段旱路所需的費用將比水路行船更高。王利器把心壹橫，壹行人在平羌江畔登上了船。船入大江，從道土罐過魚叉寺，壹路險象環生。歷盡艱難到達目的地宜賓。這時，後面的路費又成了問題。
在此之前，王利器曾為重慶壹個財閥寫過墓誌銘，獲贈了壹筆為數可觀的潤筆之資。他將這筆錢作為股金與幾個朋友合夥在江津開設了創業銀行。為解燃眉之急，王利器索性搭乘小火輪到江津，把全部股金抽出作後面的路費，又在橫街子找到經營煙業生意的親戚趙楚翹打點勞力。不久，他們組織起壹班三十六人的苦力隊伍，或擡靈柩或挑書箱，與老史和太公等會合後，浩浩蕩蕩地上路了。
見過師母和太老師，安置好靈柩，布置好了靈堂，此事才算完結。這段歷時壹個多星期，行程近五百多公裏的艱難旅程終於有了壹個圓滿的結局。王利器憶起晉荀息的壹句話：“死者反生，生者不愧。”時在成都的龐石帚先生聽聞這件事，寫了寄調《木蘭花慢》以記之：
傍青峰望遠，亂雲外、故人稀。似海燕飄零，荒椽愁寄，殘社須。征衣。對花濺淚，夢羌村、何地浣塵緇。眼暗黃壚舊影，鬢添明鏡新絲。
峨眉。多事買筇枝，山鶴怪眠遲。剩燈床亂帙，禮堂誰寫，穗帳空披。淒淒。壹棺水驛，費侯芭、雙袖萬行啼。魂斷平羌月冷，夜深來鑒虛帷。
詞中以侯芭負土起墳，安葬楊子雲事為典故，盛贊王利器“行芳而名高”。
浩劫過後驚人成就1945年畢業後，王先生被母校四川大學文科研究所聘為講師，兼任光華大學教授。他把《淮南子》作為必讀之書。每有所思，輒於書眉頁腳之間興酣落筆，積年來倒也頗有所得。有壹次，他應香港中文大學中國文化研究所劉殿爵所長之邀前去講學。交談之間劉殿爵問及“磬龜無腹”壹語的出處，王利器很快根據《淮南子·覽冥篇》找到了答案，令劉先生欽佩不已。
抗戰勝利後，北大復校。王利器應北大之聘，回校任教，在中文系講授校勘學及《史記》、《莊子》、《文心雕龍》等專書。此後他壹面教學，壹面研究，1956年後調入人民文學出版社下屬的文學古籍刊行社工作。
1957年，王利器被戴上了“右派”的帽子，還受到了多次的批判。壹大家子從北大教授所住四合院中被趕出來後，積存多年的三萬余冊古書，其中有敦煌卷子、宋元善本、明清佳刻等，被抄沒壹空，幾十年來抄錄的數萬張卡片也蕩然無存。然而王利器卻仍然壹心著述。
粉碎“四人幫”之後，王利器先生平反了。當別人還在撫今追昔、感時傷世之際，王利器已經開始對自己舊稿的整理工作。他笑稱自己是浩劫中的老運動員，也是人生路上的老運動員，要“將壽補蹉跎”，以勤勉不懈之功盡量挽救虛度的大好光陰。
於是，在學術殖荒之年，王利器竟陸續交出了十余部書稿：《文鏡秘府論校註》、《九籥集》、《鄭康成年譜》、《李士禎李煦父子年譜》、《越縵堂讀書簡端記》、《元明清三代禁毀小說戲曲史料》等，其數量之大，質量之高，涉及面之廣，在當時幾乎無人能及，引起世人的驚嘆。
許多學界同仁跟王先生開玩笑，說他這幾年豐收了，成了“兩千萬富翁”，意思是說他發表的著述眾多，起碼有兩千萬字之多，堪稱富翁。這個特殊的稱謂迅速流傳開來，壹時傳為美談。但他之所以有此成就，是因為他甘願在陋室書齋中閉門而讀，與前賢往聖神意交接，也是因為他擁有如深淵大澤的心境，舍得拋下浮名拋下功利，投身平凡瑣碎卻紮紮實實的事業。正如王利器的字“藏用”和他為自己書齋起的名：“善藏其書，所以善待其用”。 “文革”之初，王利器受到不公正待遇和打擊。他的壹家從北京大學教授院被趕出來，家藏3萬余冊古籍也全部沒收（其中不少是稀有的珍本書，如敦煌子、寧元刻本等），有的甚至被江青和康生巧取豪奪，歸為已有。在人民文學出版社，先是說他走“白專道路”，是“反動學術權威”， 被關了三年多“牛棚”；後下放文化部“五七幹校”，名為“接受再教育”，實為勞動改造，虛度了四年。他總以道家人生態度處世，“呼我為牛吾應之，呼我為馬吾應之”，才幸免於更大災難。
在向陽湖，王利器由於年紀偏大，下地幹活少壹些，多數時間留在食堂燒開水，他總算沒拖垮身體。有時星期天自由活動，他便去甘棠買點付食，打打牙祭；有時從王六咀上船，花二毛錢過壹次擺渡去鹹寧縣城，也挺有意思的。令王利器傷感的，是連裏抓“五壹六”期間，天天鬥，“逼供信”，甚至打人打得慘叫，搞得人人自危，彼此防範很嚴。
相比之下，他最難忘的，是鹹寧的老鄉給了文化人許多照顧。例如，當地群眾並沒有把壹下子蜂擁而至的陌生人當作什麽負擔，更沒有視作對立面的“勞改”對象。初到幹校，沒有房子住，十幾個人擠住壹間大房子，睡統鋪，老鄉為給幹校分憂，就壹戶戶騰出自已的空房；幹校人不會幹農活，老鄉便手把手教。就連有的老鄉子女結婚，也會提前通知文化人，當“上賓”請吃喜酒。要知道，這種禮遇給“五七”戰士們曾帶來多大的精神慰藉！而文化人卻沒有回報什麽，說心裏話，對老鄉是欠了賬的，事後想起來仍然十分慚愧。
幹校中期，王利器和壹批“老弱病殘”從向陽湖轉到了丹江，他被安排和大翻譯家金人住在壹起，據說是出於特殊的考慮，因為二人以前不太熟悉，沒有“***同語言”，便於軍宣隊管理。那時，肖洛霍夫《靜靜的頓河》正在文藝界大受批判，譯者金人感到十分壓抑，心力交瘁，因病危住進均縣人民醫院。王利器被連裏安排“陪住”，照看了好幾天，但由於小地方條件差，醫療水平低，剛過花甲之年的金人很快便告別人世，連死因都沒弄清楚。王利器在那裏還記過壹本日記，可惜後來沒時間整理出來。