南宋金元是道教的分化時期。 南宋統治者對待道教的態度基本與北宋壹致。宋高宗為保國延祚而求助於神靈，在江南興建宮觀，並任命大臣為宮觀提舉。宋孝宗、宋光宗、宋寧宗沿襲崇道政策。宋理宗是南宋最尊崇道教的皇帝，他在蒙古威脅日益嚴重時，進壹步加強崇道措施，給壹些神仙高道加以封號，優待道派首領，繼續興建宮觀，並對《太上感應篇》特別感興趣，推動了道教勸善書的興起。在神仙信仰上，除了祭拜昊天上帝，南宋朝廷把紫微大帝座下的天蓬、天猷、翊聖、佑聖四聖和顯靈保護高宗脫險的崔府君作為皇室的保護神加以祠祀。
南宋道教以符箓派為主，將內丹與符箓結合，吸收禪宗、附會儒學，除了傳統的三山符箓派，還有衍生的新興道派。
北宋末期第30代天師張繼先創造“正壹雷法”，使正壹派表現出新的活力，成為官方指定的道教諸派首領。張繼先著有《大道歌》、《心說》，依據天人感應思想，將“身外雷法”和“體內煉氣”相結合，以馭神住氣為修道之要。宋理宗召見第35代天師張可大，命其提舉三山符箓，正壹派正式成為江南符箓道派的首領。
從天師道演化而來的神霄派以傳神霄雷法而得名，代表人物是王文卿、薩守堅，主張內煉為外用符箓之本。
天心派也由天師道演化而來，代表人物是雷時中，天心正法強調作法者須內外兼修，法術才靈驗。
由上清派衍化而來的清微派，自謂其符箓出自清微天元始天尊，代表人物是黃舜申，以內煉丹道為本，外用符箓為末，強調心與道合。
東華派源自靈寶派，創始人是寧全真，東華靈寶法註重內煉功夫，規定每天清晨靜坐寂來合道通神。
同樣從靈寶派分化而來的凈明派奉許遜為教主，何真公宣稱許真君降神傳授凈明道法，凈明道強調忠孝道德的實現，要求修煉者“以忠孝為本”。
金丹派南宗宗源自鐘離權、呂洞賓，宗承張伯端、石泰、薛道光、陳楠，實際創始人是白玉蟾。金丹南宗繼承了張伯端性命雙修、先命後性的內丹理論，並把理學的正心誠意和禪宗的明心見性納入修煉方法中，並把神霄雷法與內丹理論結合起來，形成了獨具特色的內丹理論。白玉蟾在內丹修煉方面，強調以煉心為主，把內煉的過程和秘訣都歸結於心性，同時把內丹修煉劃分為三關十九訣，在靜定之中，以神禦氣，照察精氣而煉精化氣、煉氣化神，成就金液大還丹。
與金丹北宗全真道相比，金丹南宗沒有固定的教團組織，不倡導出家。內丹學在儒家士大夫之間流行，朱熹十分崇奉內丹學，曾化名寫作《周易參同契考異》。 北宋滅亡後，北方壹些漢族士人不願與金朝統治者合作，走上了隱遁之路，山東、河北壹帶出現了漢族士人創造的新道派——太壹道、真大道和全真道。
蕭抱珍在金熙宗天眷（1138—1140在位）年間創立太壹道，崇奉主神五福太壹。太壹道崇尚符箓，其所傳三元法箓由天師道符箓演化而來，同時也著重內丹修煉；蕭抱珍也模仿天師道秘傳，規定掌教者必須改姓蕭；太壹道以“度群生於厄苦”為宗旨，註重倫理關系。
真大道起初名為”大道“，創教人劉德仁於金熙宗皇統二年（1142）自稱老君降世授予《道德經》要言，立九條戒法，教人以忠君孝親，誠以待人，愛生勿殺，這樣的觀念在飽經戰火蹂躪的北方得到百姓的***鳴，大道教遍及中原。大道教教義獨具特色，不談飛升煉化、長生久視，而提倡自食其力、少私寡欲，壹柱清香敬天地，修煉以內丹“守氣養神”為重。
王重陽創立的全真道繼承了鐘呂二人的內丹思想。金海陵王正隆四年（1159）王重陽遇到神人授之修煉秘訣，在終南山築“活死人墓”隱居修道，後前往山東傳教，先後收馬丹陽、譚處端、邱處機、王處壹、劉處玄、郝大通、孫不二七人為徒，打起“全真”的旗號在山東、陜西、河南等地傳教。王重陽的著作有《重陽全真集》、《立教十五論》，闡述了全真道的教理教義、內丹思想等內容，開啟了道教發展的新時代。
全真道骨幹文化素養高，著述頗多，總體上仍然繼承了鐘離權、呂洞賓的內丹思想，並有鮮明的時代特征：
第壹，合壹三教，“儒門釋戶道相通，三教從來壹祖風”。
第二，以“全精、全氣、全神”為得道成仙的最高境界，其修煉之道將降伏心意、明心見性說與煉化精氣神以結丹的傳統內丹學相結合，代表作是邱處機的《大丹直指》。
第三，以“苦己利人”為宗教實踐原則，實行出家制度。
太壹道、真大道、全真道建立後，成為在野漢族士人相互聯絡的組織。金朝統治者為了籠絡漢人對各道派給予扶植，其中金章宗是最為“尊崇玄道者”，與太壹道三祖蕭誌沖、全真道掌教王處壹來往密切，下令編纂了《大金玄都寶藏》。同時，金朝統治者忌憚下層群眾利用道教作亂，也對各道派規定諸多限制。 蒙古人入主中原建立元朝，為了取得漢族士人的支持，對道教表示了尊崇。金朝時期，邱處機率領弟子西遊中亞三萬五千裏，機遇成吉思汗，對以治國安邦要以敬天愛民為本，長生久視要以清心寡欲為要，講述了“止殺保民”、“以孝治國”等治國之術。成吉思汗十分崇敬邱處機，請其掌管天下道教，詔免道門賦役。邱處機回到燕京後即著手“立觀度人”，救濟飽受戰亂的廣大群眾，為全真道在元代的大發展奠定了基礎。
全真道經過尹誌平、李誌長相繼掌教，進入了鼎盛期：壹是道門興旺，門徒眾多，高道輩出；二是以燕京為中心修建了大量宮觀，遍及中原大地；三是宋德方主持重修了《玄都寶藏》。大道教在元朝時，分裂為酈希誠和李希安兩派，酈希誠得到元室的尊寵成為正宗，改名為“真大道”，傳播地區擴展到全國。九祖張慶誌逝世後，真大道逐漸融入全真道。
隨著元朝統壹全國，全真道也南下傳教，先來到武當山，再傳至江南各省，並與金丹南宗逐漸合流，李道純、陳致虛等南宗大師都主張並推動金丹南北宗的合並。全真道和金丹南宗都以內丹理論為基礎，以東華帝君王玄甫、正陽帝君鐘離權、純陽帝君呂洞賓等為始祖，有***同的理論淵源。陳致虛提出的“五祖七真”傳承系統被廣泛認可，元惠宗（1333—1370在位）時期，全真道和金丹南宗正式合並，新的全真道形成。 至元十四年（1277），元世祖授予第36代天師張宗演官方承認的天師頭銜和統領江南道教的權力，龍虎宗成為南方道教的官府衙門。
同時龍虎宗還形成了壹個支派——玄教。至元十三年（1276）隨張宗演赴京的張留孫受元室寵信而留在京城，利用政治地位日益鞏固的機會，從龍虎山征調許多道士到京城和江南管理道教事務，逐漸形成了壹個龍虎宗支派。玄教以“清靜無為為本，慈儉不敢為天下先”為宗旨；政治上尊榮顯貴，掌門人積極參加政治活動；思想上儒學化，如二祖吳全節推崇理學，力行忠孝；宗教內容上，兼容各種新舊道派的思想、道術。玄教***歷五代掌教，元朝滅亡後重新歸宗於正壹道。
1246年元世祖召見太壹道四祖蕭輔道，標誌著太壹道正式得到元朝的認可。太壹道傳到七祖蕭天祐後逐漸融入了正壹道。
茅山宗在元代有壹定的發展，其活動主要以江浙蘇杭為基地，兼及福建、江西等地，代表人物有杜道堅、趙嗣祺和張雨。
元世祖至元（1264—1294）末年，南昌道士劉玉重建凈明道組織，重新闡釋“忠孝凈明”的教義，追求道德的完善，用“懲忿窒欲、正心誠意”的修煉方法，達到凈明境界而與道合壹。它的入世精神被很多士大夫贊許，在江西十分盛行。
神霄派在元朝的傳人主要是莫月鼎，主要活動於蘇、浙、贛、閩、廣等地，在民間影響很大。
清微派在元朝以黃舜申壹系為主，後分建寧和武當山兩支向南北傳播，清微雷法追求天人合壹、內煉與外法相結合，同時還受程朱理學的影響。
東華派在元朝的主要傳人是林靈真，後歸於正壹道。
天心派在元朝的主要傳人是雷時中，他宣稱路真君授其“混元六天如意道法“，故此派又稱為混元派。
新舊符箓道派教義、法術都很接近，各派之間相互融合早已有之，為各派歸壹奠定了思想基礎；元室任命張天師掌管江南道教，使龍虎宗成為最具凝聚力的道派，為正壹道的形成奠定了組織基礎。大德八年（1304）元成宗敕封第38代天師張與材為“正壹教主”，標誌著正壹道的正式形成。