新館館藏資源極為豐富，現***有260多萬冊（件）各類文獻，其中58萬冊地方文獻、古籍文獻和民族文獻最具特色，如明嘉靖年間麗江著名文人木公的自刻本《雪山庚子稿》和《雪山始音》、清乾隆年間昆明錢南園的手稿《錢氏族譜》、清嘉慶年間的刻本《黑鹽井誌》、清光緒年間的石印本《雲南地誌》和刻本《滇南本草》、1903年創刊的雲南最早出版的報紙《滇南抄報》等，都是極為珍貴且富於雲南地方特色的人類文化遺產；納西族的《東巴經》、傣族的《貝葉經》、白族的《南詔備考》和包括了彜文、哈尼文等17個少數民族文字的文獻，都是獨特而稀有的民族文化瑰寶；從唐朝南詔的《護國司南抄》到清朝的《龍藏》等歷代寫本和刻本佛經，都是收藏系統、價值連城的系列佛教經典善本；在館藏地方文獻的基礎上，由雲南省圖書館編著出版的《雲南地方文獻概說》、《雲南地方誌述評》、《歷代宦滇督撫生平概略》等專著，填補了雲南省地方文獻學術研究、闡理立論方面的空白；此外，作為“中國數字圖書館雲南分館”和“全國文化信息資源***享工程”雲南省級分中心，收藏有10萬種電子圖書，建成了壹系列富於地方特色和民族特色的全文數據庫與多媒體數據庫，開展了網上聯合參考咨詢等數字化服務，推動了數字化進程，促進了資源***建***享。 《洪武南藏》又稱《初刻南藏》。官版。明太祖敕令雕印。始刻於洪武五年（1372），完成於洪武三十壹年（1398）。刻藏地點在南京，版存南京天禧寺。後因寺僧本性縱火，經版與寺院俱毀，所以世間流傳極少。全藏約有1600余部，7000余卷。雲南圖書館所藏《洪武南藏》848冊。
《大華嚴方廣普賢滅罪稱贊佛名寶懺》 三卷，元釋自周綴集。是書前鐫圖二頁，圖畫不僅繪有天上，還通過畫面展現了人間，畫中有孔雀、碧鳳，突出反映了雲南邊疆民族特色。左題“南無釋迦佛會”右題“為法界有情造。”末有元延佑五年滇城南華山萬慶禪寺沙門自周後序。序後鐫“自周”、“無際”、“特賜圓融通辯”三篆文章。蓋自周即綴集人中慶路清涼山報國寺住持圓融通辯無際禪師也。此冊系滇刻佛經單行本，是雲南省目前保存最早刻本。是書收入《中國古籍善本書目》。