起初，太祖努爾哈赤於萬歷十壹年以“牛錄”為編排單位加以改造、強化建立女真早期的戰鬥組織。萬歷二十九年，在“牛錄”基礎上創建旗制，設立四個以不同顏色命名的組織，即旗、白旗、紅旗、藍旗(皆為純色)，分管各牛錄。每牛錄最高時期達到300人，每旗基本由20—30牛錄組成(上三旗除外)。萬歷四十三年，也就是1615年，由四旗增編至八旗。旗的顏色，在原有四色的基礎上鑲以不同的色邊。即正黃，鑲黃，正白，正藍，鑲白，正紅，鑲紅，鑲藍。這個順序並不是隨意寫的，而是八旗勢力由高到低的排列順序。皇太極即位後，又先後增設了蒙古八旗和漢軍八旗，。當然，還是以滿洲八旗為主幹。
滿洲八旗分為上三旗、下五旗。上三旗中不設王，而是由皇帝直接掌管。下五旗則是由諸王、貝勒、貝子分統。最早的上五旗為正黃，鑲黃，正藍。在順治初，因把攬朝綱的攝政王多爾袞為自己所在正白旗的利益，將正藍旗降為下五旗，上三旗就變為了正黃，鑲黃，正白。而後八旗地位再無更改。
努爾哈赤在萬歷四十三年（1615）建立八旗（八固山）制度，以300丁為壹牛錄，五牛錄為壹甲喇，五甲喇為壹固山，即壹旗，實際上，八旗人數時有增減。牛錄（滿語，意即大箭）最初是每10丁為壹牛錄，首領稱牛錄額真，額真是滿語，漢語稱佐領。無論出戰還是打獵，則都以牛錄為單位，這就為滿洲社會和軍事系統初步奠定了基礎。萬歷二十九年（1601）努爾哈赤鑒於各部族因為人數多寡不壹，人員素質也不同，因此對於牛錄制度進行了第壹次整編。他將每牛錄擴充到300人，因此佐領下又設兩個副手，滿語稱“代子”；同時每牛錄分為四個達旦，每達旦由壹個章京（滿語，意即書記官）和壹個撥什庫（滿語，意即領催）管理，這時，滿洲軍隊的編制基本成形了。旗丁中按照身份地位，分為阿哈、披甲人、和旗丁三種。阿哈即奴隸，多是漢人、朝鮮人；披甲人是降人，民族不壹，地位高於阿哈；旗丁是女真人。
努爾哈赤大約有40個左右的牛錄，也就是掌握12000余人的部隊，在當時關外算是極大的勢力了。40個左右的牛錄都是由努爾哈赤的兄弟親戚將領。後來努爾哈赤殺胞弟述爾哈奇和長子褚英之後，事權更加統壹，同時努爾哈赤也認識到僅僅以牛錄為單位，容易造成權力分散的流弊。他便著手建立八旗制度。1615年即萬歷四十三年，努爾哈赤建立了八固山制度。固山的人員編制我上面已經介紹了。牛錄官員編制不變，每甲喇設壹到兩名甲喇額真，每旗設壹固山額真，配有兩名梅勒額真。固山額真之上還有壹個旗主額真，又稱為和碩貝勒、固山王。他才是壹旗的真正主宰者。
八旗制度也可以說是努爾哈赤為了政治需要而創立的。之後因為戰事需要，努爾哈赤強化君權，將八旗的編制再因為政治需要而重新做了分配。便有四大貝勒四小貝勒的說法，四小貝勒也因為政治利益的不斷重新分配而時時產生改變。比如天命六年（1621），四小貝勒為德格勒，濟爾哈郎，阿濟格、嶽托，到天命十壹年的時候，四小貝勒就只剩下三人，分別為阿濟格、多爾袞和多鐸，而皇太極將領正白和鑲黃兩旗。同時，上下旗的制度也是這時確立下來的，只是主旗貝勒的地位並不因為上下旗而有差別。侍衛皇室的人稱朗衛，且必須是出身鑲黃、正黃和正白上三旗的旗人。
八旗按顏色分，是黃、白、紅、藍，再分為正、鑲，***計八旗。鑲色旗除鑲紅旗之外，都是本色旗鑲紅邊，鑲紅旗鑲白邊。
八旗分為上三旗以及下五旗，八旗旗上有龍，因此也稱為大龍旗，後來清朝的國旗黃龍旗也是由此而來。
努爾哈赤建立八固山制度的時候，掌旗貝勒如下：
鑲黃旗、正黃旗：努爾哈赤
正白旗 ：皇太極
鑲白旗 ：杜度
正紅旗、鑲紅旗：代善
正藍旗 ：莽古爾泰
鑲藍旗 ：阿敏
在入關建政之後，八旗制度逐步官化，參照對比如下：
貝勒旗主——原和碩貝勒（固山王）
總管大臣——原固山額真
佐管大臣——原梅勒額真
都 統——原甲喇額真
副 都統——原劄蘭章京
參 領——原牛錄額真
佐 領——原達旦章京
旗 丁——不變