早在後漢時期以前，有關本草學的著作除了《神農本草經》和《桐君采藥錄》二書外，據《吳普本草》佚文所引可以考知者尚有數家本草學專書，其中包括：《黃帝（本草）》（按，此書原名全稱不詳，今暫附以“本草”二字，下同）、《岐伯（本草）》、《雷公（藥對）》、《扁鵲（本草）》、《醫和（本草）》和《李當之（本草）》6種。惟在這些古本草學的佚文中只能看到個別藥物性味和有毒、無毒的文字，如果將這部分內容與《桐君》佚文加以對照，除了記述相同者，頗有些差異之處。這種在古代早期的多種本草著作中的論述互有差異的情況，也可以在唐代初期成書的《新修本草》壹書孔誌約序文中明確地看出。孔序的原文是：“梁·陶弘景雅好攝生，研精藥術，以為《本草經》者，神農之所作，不刊之書也。惜其年代浸遠，簡編殘蠹與《桐（君）、《雷（公）》眾記，頗或蹖駁。”（“蹖駁”壹辭，義為雜亂，不壹致）不難看出，唐代時期所能見到的《神農本草經》與《桐君采藥錄》、《雷公（藥對）》等古代早期藥學著作相互間已經具有不少明顯差異。現將《桐君采藥錄》與其他古代早期本草學著作的差異之處據《證類本草》中的現存佚文，分別對照比較如下。
與《神農（本草）》比較
莽草——《桐君》：苦，有毒。《神農》：辛。
狼牙——《桐君》：鹹。《神農》：苦。
落（絡）石——《桐君》：甘，無毒。《神農》：苦。
虎掌——《桐君》：辛，有毒。《神農》：無毒。
與《黃帝（本草）》比較
牡丹——《桐君》：苦，無毒。《黃帝》：苦，有毒。
巴豆——《桐君》：辛，有毒。《黃帝》：甘，有毒。
狼牙——《桐君》：鹹。《黃帝》：苦。
貫眾——《桐君》：苦，（壹經）：甘，有毒。《黃帝》：鹹、酸（按：“壹經”系指《桐君》之別本）。
與《岐伯（本草）》比較
丹參——《桐君》：苦。《岐伯》：鹹
玄參——《桐君》：苦。《岐伯》：鹹。
芍藥——《桐君》：甘。《岐伯》：鹹。
牡丹——《桐君》：苦。《岐伯》：辛。
與《扁鵲（本草）》比較
班貓（斑蝥）——《桐君》：有毒。《扁鵲》：有大毒。
石膽——《桐君》：辛，有毒。《扁鵲》：苦，無毒。
與《雷公（藥對）》比較
落（絡）石——《桐君》：甘。《雷公》：苦。
芍藥——《桐君》：甘。《雷公》酸。