需要焚毀的書目包括兩大項：壹是“史官非秦記”。史官所寫除《秦記》之外的所有著作，亦即秦朝統壹前六國的官方修史；二是民間的“詩、書、百家語”——不包括“醫藥蔔筮種樹”等實用類書籍。也就是《詩經》《書經》（尚書）和諸子百家有關政治方面的言論，但這些博士官都予以存檔。
總結起來，真正焚絕的只有六國的史書，其他所有書目都有存留——頂不濟國家圖書館還有壹套。司馬遷在《史記》中也說，所焚書籍，“諸侯史記尤甚”。六國史書本就屬於官方資料，壹直“獨藏周室”，民間是看不到的，而且能燒的也僅限於能搜集到的，六國君主陪葬或者深藏的並未焚毀，比如魏國史書《竹書紀年》就被盜墓的給挖了出來，相信以後還會有。
民間流傳最廣的是《詩經》和《書經》，百家政論還在其次，所以焚燒的大多是這兩種書。盡管當時法律規定非常嚴格，有“偶語詩書者棄市”的禁言條文，這些書仍舊“多藏人家”，被壹些嗜書如命的人絞盡腦汁地保存下來——比如秦國博士伏生，就將《書經》砌在自家墻壁中，所以燒得並不徹底。伏生只是壹個典型例子，其他藏書方式還很多，大漢肇始，劉邦要求民間獻書，壹時“詩書往往間出矣”，這壹本那壹本的都冒出來了，藏得結實著呢。
司馬遷在《史記》中所謂“焚詩書，坑術士，六藝從此缺焉”，並非指六部經典——《詩經》《書經》《禮經》《樂經》《易經》《春秋》全沒了，而是只缺了壹門《樂經》，也就是為哼唱《詩經》而作的曲譜——當時連《詩經》都不讓說，誰還敢大聲唱呢。這裏也順便提壹下，“坑儒”實則為“坑術士”，殺的多是占蔔算卦煉仙丹的人。
中國文化博大精深，只絕傳了六國的官方修史和《樂經》曲譜，自然不至於造成文化的斷代。而且秦朝焚書禁言並未實施多久，3年後秦始皇死了，5年後主張政策的李斯也死了，11年後漢朝就建立了。至於後來好多典籍的缺失，則不能全賴在這次焚書上，國家圖書館是項羽壹把大火燒沒的，官方留存的好多孤本就此灰飛煙滅，伏生砌墻裏的《書經》只殘存29篇，也是因為秦末戰火把他家房子毀了的緣故。此後王朝更叠戰亂不斷，各類圖書文獻也慘遭厄運，嚴重的如西晉八王之亂，“秘閣藏書二萬九千余卷盡毀”，五胡之亂“七萬余卷典籍毀於壹炬”。
秦始皇以法家代百家，不讓人們“以古非今”，和後來漢武帝獨尊儒術壹樣，都是為了壓制異見，只留官方壹種聲音。雖然秦始皇焚書沒有想象中嚴重，但卻開了壹個不好的頭，以至於後來者不遑多讓，各種焚書事件層出不窮。然而有焚就有救，中國文化也不會因此而失去傳承的。