歷史地理研究中心前身的中國歷史地理研究所,自成立以來，總體學術水平長期處於國內第壹的地位，其骨幹均為各分支學科的學術帶頭人，尤其是在疆域政區、水道變遷、地名考證、歷史地圖的研究和編繪、歷史地理古籍整理、歷史氣候和災害等方面壹直處於學科前沿。在中國歷史地理信息系統、歷史人口地理、移民史、歷史政治地理、歷史文化地理、歷史社會地理等人文地理分支學科又有了很大的發展。在2001年－2005年的近五年期間，歷史地理研究中心的研究人員出版專著30部，發表學術論文500多篇。
到目前為止，中國歷史地理研究中心是國內專業人員最齊備、設備條件最好、研究領域最廣、成果最豐碩、培養人才最多的歷史地理研究與教學機構。