他查了北京的《四庫全書》，發現裏面有吳有科的《傷寒論》。他深感其論述博大有力，獨具匠心，符合事實，於是認真研讀，深受啟發。他對葉更是推崇備至，但認為葉的學說“南證豐富，論據簡單，但有些醫案散見於雜證之中，許多人不去深究而置之不理。”於是他繼承葉的理論，請教顧，並結合臨床經驗，撰寫了五卷本《傷寒論》，進壹步發展了溫病學理論。
他認為溫病有九種，吳有科所說的溫病是傳染性最強的壹種。此外，還有其他八種溫病，可以從季節和疾病表現來區分。這是壹套完整的溫病分類方法。該書創立了“三焦辨證”理論，是葉繼發展張仲景六經辨證、創立辨證法之後，在中醫理論和辨證方法上的又壹創舉。“三焦辨證”法:是將人體“橫向”分為上、中、下三焦。上焦主要是心肺，中焦主要是脾胃，下焦包括肝、腎、大腸、膀胱。從而建立了新的人體臟腑分類方法，非常適合溫病系統的辨證論治，診斷明確，治療方便。而且確立了三焦的正常傳導是壹種自上而下的“順傳”方式。“溫病從口鼻入，鼻氣從肺入，氣息從胃入。肺病傳於心包，上焦病不愈，則傳於中焦、胃、脾；中焦的病治不好，就會傳給下焦。始於焦點，終於焦點。”因此，治療原則是由傳變途徑決定的:“不可輕灼如羽；對待中焦就像天平，但不健康，不安；就像松了壹口氣，不重也不重。”同時，吳對《傷寒論》六經的辨證也采取了肯定的態度，認為“傷寒六經由表及裏，須橫看；本節討論三焦，從上到下，由淺入深，所以壹定要縱向看。“這些學說雖然在論證和分析的方式上有所不同，但實際上都是對葉衛氣營血辯證方法的繼承，並得到了很大的發展，特別是在對疾病變化的認識上，可以平衡協調，相互之間並不矛盾。同時，三焦辨證法也完善了葉衛氣養血理論的治療原則。葉《溫病論》中的方劑不足，的另壹大貢獻是在《溫病論》中為後世留下了許多優秀的實用方劑，如銀翹散、桑菊飲、藿香正氣散、清營湯、清宮湯、犀角地黃湯等。，都是後世醫家常用的。目前臨床使用的方劑，《傷寒論》占了十之八九。
吳唐對中醫的貢獻在於中醫的立法創新和理論完善，尤其是對溫病的治療。他的理論發力和留下的諸多方劑，可以說進壹步完善了中醫外感病和熱病的基礎治療。在劃分中醫“四書”時，有壹種畫法，即把吳的《傷寒雜病論》、《黃帝內經》、《傷寒論》和漢代神農的《本草經》列為中醫必讀的“四書”。可見此書在中醫理論發展中的重要意義。吳鞠通是中國醫學史上少有的建設性代表之壹。