南海壹號有兩個未解之謎:其壹是沈船之謎,有人考察國外壹些沈船事件後,懷疑南海壹號是否也是因為超載而沈沒。其二是出發地之謎,歷史學家根據出水的瓷器主要產自景德鎮、浙江以及福建,認為船並不是從廣州出發,而是更北的福建泉州地區。
歷史意義:自2007年底整體打撈出水以後,2009年和2011年廣東省水下考古隊員對“南海壹號”進行了兩次室內試發掘,並得到國家文物局批準,於2013年 11月28日正式啟動“南海壹號”全面發掘與保護工作,“南海壹號”逐漸向世人揭開神秘面紗,重現宋代海上絲綢之路的盛世景象。