念珠不是佛教創造的，在佛陀時代制定的儀軌中沒有記載和佩戴，也沒有列入“和尚十八事”。佛經中記載的念珠大多出自隋唐後期的大乘佛教(尤其是密教)經典，如《木苦經》、《數珠功德經》、《金剛頂瑜伽念珠經》等。原始佛教傳到南方，如今天泰國、越南、老撾、柬埔寨等地的佛教徒，很少持念珠。中國佛教中最早使用念珠的，是唐代凈土宗高僧綽道士的明確記載。據《續僧道玄傳》記載，道初生於北齊河清元年(562年)，每天只限念誦阿彌陀佛七萬遍。並廣勸道教、民間傳說的追隨者說“念”，用豆子數，每壹個名字就掉壹粒，累積幾百次。其中優等生讀八九十石，中等生讀五十石，最少生讀二十石。後來他教人戴木珠數珠，他也給四人念佛戴佛珠。
道教的佛珠最早被稱為“流珠”。《太上皇三元劉著經》雲:“用白珍珠，渾圓清亮，大如三百六十五棵桐樹，應依星宿之度，日月相會之期。”此外，《太金萱索尹留柱》說，“晝夜鬥，天無盡，如無盡之水，星圓如珠，故名劉著。”
由於道家固有的“天人相應”的思想，流珠在人的身上也有其他的含義。如《清代黃婷內景》雲:“得三宮玄丹，昆侖山壹等珠，十二亭十二環，上下皆真人。”可見，在早期，尤其是在尚清派的修行中，道教的念珠主要是用於內煉，作為信仰的方法。