方以智壹生正當明清交替之際，時局動蕩，政權更叠頻頻，使得他個人的際遇也十分坎坷。壹生可分三個時期。早期從青年時代到三十三歲，由於仰仗祖上的余蔭，尚能過著“衣紈縠，飾騶騎，鳴笳疊吹，閑雅甚都”的富貴文人的生活。中期自甲申從北京逃返南都，又經浙江，福建到兩廣，從三十四歲到四十二歲，艱苦的十幾年流亡在他的思想上打下了深刻的烙印。晚年從順治九年（1652年）北歸，到康熙十年（1671年）六十壹歲時，病歿於贛江上萬安城外的惶恐灘。這時期潛心學術，寫出了大量理論著作。在對現實失望後，放棄了少年時的經世抱負，出家後，雖然看似逍遙法外，但仍不忘救世，講學宏道，交朋納友。
早期
從青年時代到崇禎十七年（1644年）
方以智青年時代活動地點主要是南京和桐城，也間或經過江浙各地，最後去北京。
桐城澤社的活動。當崇禎初年，方以智在他父親所建的城郊澤園中，成立“澤社”。社中有方的堂叔方文（字爾止），妹夫孫臨（字克鹹），以及錢秉鐙（又名澄之），周岐（字農父）等人。方或賦詩作文，或讀 經、史，又關心“萬物之理”，隨時劄記，積累了豐富知識，奠定了學術基礎。方的兩位業師，壹是白瑜（字瑕仲），壹是江西金溪人王宣（字化卿，號虛舟）。當時王已七十余歲，所著《物理學》對方以智以後寫作《物理小識》多有啟發。澤社中壹群有朝氣的青少年，往往慷慨酣歌，論天下大事。方自述說。“處澤園，好悲歌……好言當世之務，言之輒慷慨不能自止。”（《孫武公集序》）這個團體與當時東南壹帶的會社壹樣，不僅研究文學，也帶上政治色彩。
那時，桐城阮大鋮，是魏忠賢閹黨的余黨，崇禎初即被列入“逆案”名單。方的同學錢澄之曾加入阮大鋮退居養晦時所創建的江社，經方以智勸阻後，又退出江社。《錢田間年譜》崇禎五年（公元1632年）條下記載了這件事：“方密之吳遊回，與府君（即錢澄之）言曰：吳下事與朝局相表裏，先辨氣類，凡閹黨皆在所擯。吾輩奈何奉為盟主？曷早自異諸！“吳下事”指張溥，張采成立復社的事。“辨氣類”就是要分清東林、復社與閹黨的界限。這樣壹來，錢澄之轉而參加澤社的文課，凡江社的會期都辭謝不赴。而作為“鄉先輩”的阮大鋮開始對方產生仇隙。南都的《留都防亂公揭》
崇禎七年（公元1634年），桐城“民變”，方以智移居南京。結交天下名士有黃宗羲、吳應箕、陳貞慧、冒襄、侯方域、顧杲、沈昆銅、陳梁等人。
崇禎十年（公元1637年）他們大會東林黨被害六君子的孤兒周茂蘭、魏學濂等於桃葉渡。方以智和陳梁曾寫長詩紀事，為東林黨揚聲吐氣。這時阮大鋮寄居南京，談兵說劍，聯絡各方，希圖再起。
崇禎十二年（公元1639年）陳貞慧與吳應箕***同起草驅逐阮大鋮的宣言《留都防亂公揭》。公揭以東林創始人顧憲
成之孫顧杲以及黃宗羲為首署名，總計壹百四十人。阮大鋮在千夫所指之下，隱藏到城外牛首山，不敢進城。盡管方以智這年春天回桐城，秋後重來南京應試，未曾在揭貼上署名。而阮大鋮聯系江社往事，仍認為公揭出於方以智主謀，因此怨毒更深。清順治二年（公元1645年），弘光在南京即位，阮大鋮夤緣通過關系成為兵部尚書，對大批東林後人以及復社成員進行了報復。
崇禎十七年（公元1644年）李自成入北京，方以智被起義軍郭營所得，不久乘機逃到南京。這時阮大鋮當權，修復舊怨，借口方以智在李自成入京後沒有“殉節”，而把方列入“從逆六等”中的第五等，處理方法是“宜徒擬贖”。方以智在南都不能久留，由陳子龍介紹，經過浙江，福建輾轉到達廣州避難，結束了早年時代生活。這壹時期中，由於方以智對經、史、百家知識基礎堅實，“凡天人，禮樂，律數，聲音，文字，書畫，醫藥，下逮琴劍技勇，無不析其旨趣”（《桐城耆舊傳》卷六）。崇禎十四、十六年已分別開始寫作《通雅》與《物理小識》。
方以智早年沒有更多的研究哲學，而主要是寫作詩、詞和政治論文。他主張“公”和“明”。《通雅》卷首中說：“治在君、相，人在師教，學在實講，公、明而已。”《中涓議》中又引證了朱熹的“惟公惟明，相道畢矣”。他認為“公”就是沒有偏見，“明”就是“能好能惡”。這與壹百年後戴震所強調的“去私”與“去蔽”的政治主張有相通之處。
中期
從明崇禎十七年（1644年）至清順治九年（1652年）在廣州期間
方以智改名吳石公，後被南海令姚奇胤（字有仆）所發現。姚是方的故人和庚辰（公元1640年）考試的同年，他請方為其兒子姚端的老師。在南海令官署，方以智重新整理《通雅》舊稿。又曾寫《錦纏玉》劇本，親教伶人排唱。這時他寫作的詩集取名為《瞻旻》。方到粵不久，其夫人潘氏攜第三子方中履經福建來廣州團聚。順治三年（公元1646年）桂王朱由榔在肇慶即位監國，任方以智為少詹事，翰林院侍講學士。由於黨派鬥爭，太監專權，他看到事無可為，堅決退隱在湖南廣西交界的苗峒中。永歷多次召他為東閣大學士，他十次上疏辭退。這些辭疏尚都保存，可以看出他當日對時局的觀感。他的詩句“西南更望層雲黑，誰把新亭淚眼看”！說明了他對永歷朝廷的失望。
順治七年（公元1650年）清兵入廣西桂林，瞿式耜與張居正的曾孫張同敞***同守城殉難。方以智去昭平仙回山“披緇為僧”。方中履隨方以智入山“父析子荷，父汲子炊”，過著饑寒交迫的生活，終於被清兵搜出。清帥馬蛟驎反復逼降無效，最後聽任方為僧。方以智於是去梧州，在梧州雲蓋寺居住兩年。至順治九年（公元1652年）八月，偕同施閏章（宣城人，號愚山）至廬山，同年年底回桐城省親。他的哲學著作《東西均》的開章即寫於到達廬山之時。這壹階段是方以智壹生的轉折點，從輕衣肥馬的貴公子到流離轉側的苦行僧，從紅燈綠酒到黃卷青燈，從入世到出世。《桐城耆舊傳》的作者馬其昶論方以智說。“躬豪傑之才，遭逢季運，以占畢稱，豈其誌哉。”就在這壹階段，對政治和社會的理想與抱負無從實現，於是全部精力轉入著書立說的學術生活中。在流離中缺乏圖書資料，他自己說“作掛壹漏萬之小說家言，豈不悲哉。愚道人今年三十六矣，讀書亦有命”（見《通雅》卷三附記）。然而在這壹時期終於寫成《物理小識》，《切韻聲原》，《醫學會通》，《刪補本草》等書。
學問與學說方以智酷愛自然科學知識，自幼塾中誦讀之余，即好窮物理，曾謂“不肖以智，有窮理極物之僻。”（《物理小識》卷五）明清之季，西學東漸，方以智壹面秉承家教，以《易》學傳世，壹面又廣泛接觸傳教士，學習西學。經過孜孜不倦的努力，他終於在哲學和科學兩方面都取得了很大成就，達到了相當的高度。
方以智學識淵博，《清史稿》本傳說：“以智生有異秉，年十五群經子史略能背誦。博涉多通，自天文、輿地、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥、技勇之屬，皆能考其源流，析其旨趣。”這壹評價並不過分，他在許多領域都有自己獨到見解。例如，在學術分類問題上，他把學術分為三類，說：
“考測天地之家，象數、律歷、音聲、醫藥之說，皆質之通者也，皆物理也。專言治教，則宰理也。專言通幾，則所以為物之至理也。”（《通雅·文章薪火》）
在這三種學術中，他講得比較多的是通幾與質測。他說：
“寂感之蘊，深究其所自來，是曰通幾；物有其故，實考究之，大而元會，小而草木蠢蠕，類其性情，征其好惡，推其常變，是曰質測。”（《物理小識·自序》）
可見，所謂通幾，是對事物發生根本原因的探討，而質測則要求腳踏實地考察事物變化原因，按特性予以整理分類，總結驗證已知規律，預測未來發展變化。顯然，通幾與質測是從研究目的和研究方法著眼對學術活動所做的分類。在中國，這種分類是方以智的獨創。
在天文學方面，方以智結合中國傳統的天文學和當時傳教士傳入的西方天文學，討論了地心學說、九重天說、黃赤道、歲差、星宿、日月食、歷法等天文學問題。對於西方天文學知識，他非常重視，經常追蹤西方天文學最新進展，例如他在討論天體運動軌道問題時，就曾根據西方用望遠鏡觀天發現金星有周相變化的事實，提出了金星、水星繞太陽運行的正確猜測。
方以智接受西方科技知識，並非盲從，而是經過自己的認真思考、消化。例如他對於西方地圓說，就是首先考察了地圓說賴以成立的觀測證據，然後才加以接受的。對於傳教士的錯誤說法，他則予以批駁。例如傳教士曾說，太陽半徑為地球半徑的160多倍，而太陽距地球只有1600多萬裏，方以智指出這是錯誤的，因為據此計算（定地球圓周長約9萬裏），太陽的直徑就將近有日地距離的三分之壹大，這顯然是不可能的。他運用自己的“光肥影瘦”理論，對這壹問題做了解釋，指出人目所見的太陽圓面比實際發光體要大，因此按幾何方法進行的測量並不準確。他的這壹理論後來被《歷象考成》的作者所接受。
在物理學方面，方以智更有諸多創見。他從氣壹元論自然觀出發，提出壹種樸素的光波動學說，認為： “氣凝為形，發為光聲，猶有未凝形之空氣與之摩蕩噓吸。故形之用，止於其分，而光聲之用，常溢於其余：氣無空隙，互相轉應也。”（《物理小識》卷壹）
顯然，方以智認為，光的產生是由於氣受到激發的緣故。由於氣彌漫分布於所有空間，彼此間無任何空隙，被激發的氣必然要與周圍靜止的氣發生相互作用，“摩蕩噓吸”，將激發傳遞出去，這就形成了光的傳播。由此，方以智所描述的是壹種樸素的光波動學說。為了與近代光的電磁波動說相區別，可以稱之為氣光波動說。
從氣光波動說的角度出發，方以智進壹步提出了光不走直線的主張，他把它叫做光肥影瘦，認為光在傳播過程中，總要向幾何光學的陰影範圍內侵入，使有光區擴大，陰影區縮小。他並且指出，由於光肥影瘦現象的存在，使得基於光線直進性質進行的測量得到的結果都不準確。他說：
“物為形礙，其影易盡，聲與光常溢於物之數，聲不可見矣，光可見，測而測不準矣。”（《物理小識》卷壹）
為了證實自己的觀點，他還做了小孔成像實驗，並且努力用自己的理論去解釋常見光學現象。所有這些，在物理學發展史上，都是很新鮮的。
另外，他對於光的反射和折射，對於聲音的發生、傳播、反射、隔音效應，對於色散，對於煉焦、比重、磁效應等諸多問題的記述，都是領先於同時代人的。
在生物醫學方面，方以智也有諸多值得壹提之處。他在其《物理小識》壹書中，記述有大量動植物的生態學內容和栽培、管理等知識。他引述了傳教士“腦主思維”之說，介紹了他們關於人體骨骼、肌肉等方面的知識，認為中西之學各有所長，嘗言西醫“詳於質測而拙於言通幾”，故引用湯若望之《主制群征》中西醫之解剖學，介紹於國人，但剔除了傳教士所說的“全能的上帝創造世界”之類的內容。他自己對於傳統醫學也素有研究，撰有多種醫學著作。遺憾的是這些著作傳世不多，我們難以窺其全貌。方以智可視為我國早期匯通思想醫家之壹，於我國近代醫學發展史上有壹定影響。
方以智壹生著述很多，計有壹百余種。其中最為流行的是《通雅》和《物理小識》，前者是綜合性的名辭匯編書，後者是壹部筆記，他的科學見解主要集中在這部書中。他的後期代表作是《藥地炮莊》和《東西均》，均為哲學著作，書中提出了壹些很重要的哲學命題。他的著作中另外比較重要的還有《浮山文集》、《博依集》、《易余》、《壹貫問答》、《切韻源流》、《流寓草》、《周易圖象幾表》、《性故》、《學易綱宗》、《諸子燔痏》、《四韻定本》、《內經經絡》、《醫學會通》等。現存***二十余種。
介紹方以智是安慶府桐城縣鳳儀裏（今桐城市區）人，出身士大夫家庭。方氏是桐城地區這壹時期主要的世族。曾祖父方學漸，精通醫學、理學，並且能學習諸子百家，融會貫通，自成體系 ，除記錄赴東林講學的《東遊記》外，著有《易蠡》、《性善繹》、《桐夷》、《邇訓》、《桐川語》等。祖父方大鎮在萬歷年間，曾任大理寺左少卿，著有《易意》、《詩意》、《禮說》、《永思錄》、《幽忠錄》等數百卷。因方學漸曾受學於泰州學派的耿定理，《明儒學案》把他列入《泰州學案》。外祖父吳應賓，精通釋儒，著有《學易全集》、《學庸釋論》、《宗壹聖論》、《三壹齋稿》等。父親方孔炤，萬歷四十四年進士，崇禎朝官至湖廣巡撫，通醫學、地理、軍事，並且較早地接觸西學，主張研習經世致用的知識，著有《周易時論》、《全邊略記》、《尚書世論》等有《全邊略記》等著作，《明史》有傳。《周易時論》被《四庫提要》列入存目。這書對方以智影響很大，方壹生中經常提到它。
方以智自幼秉承家學，接受儒家傳統教育，他從小由母親和姑姑壹起撫養長大。姑姑方維儀是明大理少卿方大鎮之女，姚孫棨之妻，少年寡居。方維儀頗有才氣，是當時有名的女詩人。曾隨父宦遊，至四川嘉定、福建福寧、河北、京師等地，見名山大川，歷京華勝地，閱西洋之書，頗長見識。除了家學，他所授業的老師亦都是當時的著名學者。白瑜，長於詞賦經史，崇尚實學。王宣則專攻名物訓詁和《河》、《洛》之學，治學嚴謹，是當時治《春秋》的大家。傅海峰則是當時的名醫。另外，家中還有藏書豐富，被譽為“兩間皆字海，壹盡始羲皇”的稽古堂。在這樣的環境中，少年時代的方以智受到了濃厚學術氛圍的薰陶。由於其祖輩都直接或間接同東林黨有關系。他從小也養成了關心時世的習慣。十四歲時，曾徒步到數百裏外的考場參加會試，以此來磨煉意誌。
成年後，方以智載書泛遊江淮吳越間，遍訪藏書大家，博覽群書，四處交遊，結識學友。在他的學友中有西洋傳教士畢方濟與湯若望，並閱西洋之書，從他們那裏，方以智學習了解了西方近代自然科學，從而更加開闊了視野，豐富了學識。他認為：“今天下脊脊多事，海內之人不可不識，四方之勢不可不識，山川謠俗，紛亂變故，亦不可不詳也。”他曾作詩曰：“繁霜如雪孤南征，莫道能無故國情。斥抱揄方始大笑，牽牛負軛總虛名。淩雲久動江湖氣，杖劍時成風雨聲。海內只今信寥落，龍眠山下有狂生。”表達了自己非凡的政治抱負。為諫議皇帝選賢用能，革除弊端，實行某些改革，曾寫了《擬求賢詔》、《擬上求治疏》、《擬上求讀書見人疏》等，決心以襄扶明朝中興為己任。他曾在《書鹿十壹傳後》中表示要“挹東海之澤、洗天下之垢”。曾與張溥、陳子龍、吳偉業、陳貞慧、吳應箕、侯方域等主盟復社，裁量人物，諷議朝局，人稱“四公子”，以文章譽望動天下。方以智的父親方孔炤任湖廣巡撫時被楊嗣昌彈劾下獄，方以智懷血疏訟冤，方孔炤這才得釋。壹時傳為佳話。
崇禎十三年（1640年），三十歲的方以智中進士，選為庶吉士，有人向崇禎皇帝推薦方以智，崇禎召對德政殿，方以智“語中機要，上撫幾稱善”。後在京任工部觀政、翰林院檢討、皇子定王和永王的講官。
崇禎十七年（1644年），李自成農民軍攻入北京，崇禎皇帝自縊，方以智在崇禎靈前痛哭，被農民軍俘獲，農民軍對他嚴刑拷打，“兩髁骨見”（《明史稿·方以智傳》），但他始終不肯投降。不久，李自成兵敗山海關，方以智僥幸乘亂南逃，大難不死。當方以智在北京誓死不降農民軍之事傳入江南時，友人皆把他比擬為文天祥。
方以智輾轉奔向南京投奔南明弘光政權，仇敵阮大鋮把持南明弘光朝政，不斷受到排擠、迫害，於是不得不改名吳石公，流寓嶺南、兩廣壹帶以賣藥為生。不久，南明隆武帝以原官庶吉士相召，方以智不應，取名“三萍”，浪跡於珠江山水間。 順治三年，桂王朱由榔稱帝於肇慶，由於父執瞿式耗的引薦，方以智參與了擁立永歷政權的活動，任左中允，少詹事，翰林院侍講學士，方以智很快便發覺桂王政權朝不保夕，名不符實，內則門戶紛爭，奸人當道，外則與廣州紹武政權同室操戈，兵戎相見。桂王更是膽小如鼠，稍稍聞風鶴即奔走靡常，這壹切使方以智心灰意冷，後被太監王坤誣劾免職，不得不遁跡於少數民族聚居的湘、桂、粵西壹帶，過著“曲肱茅屋雞同宿，舉火荒村鬼作鄰”的生活。
墓地 方以智逝世後，***有三座墓：江西青原山為衣缽墓；浮山華嚴寺後為爪發塔；浮山北麓白沙嶺“金牛架軛”地為肉身墓。 方以智墓位於安徽省樅陽縣城東北四十五公裏的浮山北麓，西距安合公路六公裏。墓地坐南朝北，依山傍水，由墓冢、祭壇、拜臺三部分構成，占地二百壹十平方米。墓冢以花崗石相圍，墓碑豎於《生事略碑》後，碑上因方氏子孫尊先生反清之誌，未署清帝年號。左側為潘氏夫人之墓。方以智墓冢前為石砌祭壇，並立有近人書刻《方密之先生事略碑》，西邊配石刻對聯：“博學清操重百世，名山勝水***千秋”。以下依次建拜臺三道，迎出山腳。拜臺前均有白石欄桿。其第壹道拜臺有石獅壹對，分立左右。臺下右側立大理石標誌碑壹塊。四周松青柏綠，郁郁蔥蔥，整個墓地居高臨下，氣勢開闊，肅穆莊重。 方以智墓為安徽省級重點文物保護單位。方以智的詩文花似雪，東風夜掃蘇堤月。蘇堤月，香銷南國，幾回圓缺？錢塘江山潮聲歇，江邊楊柳誰攀折？誰攀折，西陵渡口，古今離別。——宋代·方以智《憶秦娥·花似雪》憶秦娥·花似雪
花似雪，東風夜掃蘇堤月。蘇堤月，香銷南國，幾回圓缺？錢塘江山潮聲歇，江邊楊柳誰攀折？誰攀折，西陵渡口，古今離別。 婉約 ， 寫景感慨同伴都分毛，麻鞋獨入林。壹年五變姓，十字九椎心。聽慣幹戈信，愁因風雨深。死生容易事，所痛為知音！——清代·方以智《獨往》
獨往
清代方以智
三峽巴江似直流，疊溪屏障幾曾收。冰綃翦破裁雲幔，銀漢傾斜作玉溝。畫角鼓聲催急雨，陽關笛曲送深秋。誰將折筆圖成後，可掛松風最上樓。——明代·方以智《三疊泉》三疊泉
三峽巴江似直流，疊溪屏障幾曾收。冰綃翦破裁雲幔，銀漢傾斜作玉溝。
畫角鼓聲催急雨，陽關笛曲送深秋。
誰將折筆圖成後，可掛松風最上樓。查看更多方以智的詩文>>