截止2004年底藏書總量達82.30萬冊，其中電子圖書25.10萬冊。圖書館收藏生物醫學專業期刊6537種，現訂期刊1531種（其中外文期刊611種）。中醫古籍始於公元1298年（元大德四年），德、英、日文醫學期刊分別始於1824年，1825年，1878年，訂購的外文全文數據庫有Springer、OVID、ASP、BSP、Proquest Medical Library，中文全文數據庫有中國學術期刊（CNKI）、重慶維普（VIP）、萬方博碩士論文全文數據庫、超星全文圖書等。收藏檢索數據庫有1990年以來的SCI光盤數據庫、MEDLINE、中國生物醫學文獻光盤數據庫（CBMDISC）、中文醫學近 期期刊目次數據庫（CMCC）、中國科學引文索引數據庫（CSCD）等。