熱帶亞熱帶果樹資源調查研究
黃昌賢認為，研究果樹科學，發展果樹生產，首先要了解果樹資源及其特點。他經常深入實際，收集相關信息。早在中華人民共和國成立前，他在兼任臺灣省農業試驗場鳳山熱帶園藝分場主任及鳳梨公司顧問時，曾前往臺北、臺中、臺南、士林、嘉義、新竹、屏東等地，考察當地的熱帶亞熱帶果樹資源及生產，尤其是近五十年來從國外引進的果樹栽培經驗。並介紹壹些優良的果樹，如玫瑰茄、木瓜、富橙、劉橙等。，以總結經驗，為今後海南島的開發建設作參考。建國後，他更是幹勁十足，不僅跑遍了廣東全省，還走遍了華南及其他許多省份的山川平原。1987年夏天，他雖年過七旬，又患有冠心病、高血壓、腸胃病，但仍堅持隨美籍華人食品專家阮榮博士赴新疆考察指導水果生產。
黃昌賢還十分重視對國內外果樹栽培歷史的考察，以便更好地服務於實際生產。他經常研讀《南方草木》、《嶺南雜記》、《桂智恒》、《植物名實考證》等古籍和外國園藝史文獻，弄清多種果樹的起源、國際引種傳播歷史和生產現狀。他認為很多原產於中國的果樹都是很有發展前景的優良品種。柑橘、荔枝、龍眼、柿子、枇杷、棗、楊桃、桃、梅子、獼猴桃等30多種原產於華南的熱帶果樹。，在他們的國民經濟中發揮了重要作用。美國現在是世界上最大的甜橙生產國，占世界總產量的35%，柚子占85%。他指出:“這種使用材料的情況應該引起我們的高度重視。”
由於黃昌賢勤於調查研究，積累和掌握了古今中外豐富的果樹生產資料，為進壹步研究、開發和利用果樹奠定了基礎。他的壹些研究成果，如《華南果樹目錄》、《華南果樹資源及其利用》、《適宜在華南種植發展的澳洲堅果》、《新世界華南原產果樹開花結果》、《國外熱帶亞熱帶果樹介紹》等，引起了國內外園藝學家的關註。
整理華南果樹資源
黃昌賢認為，在調查的基礎上對果樹資源進行全面的整理和研究，是挖掘和利用自然資源的必要手段，而整理果樹資源是壹項大的研究工程，需要長期的合作。在相關部門的支持下，他和同事們整理出了多種果樹。例如，菠蘿是我國出口的主要鮮果之壹，但華南地區栽培的菠蘿品種質量不壹，名稱混雜重復。這給了解中國的菠蘿資源及其銷售和加工帶來了許多困難。為了改變這種狀況，在他的領導和指導下，華南農學院和華南農科所合作，在廣州石排建立了菠蘿品種園，從廣東、廣西、福建、雲南等地收集了22個菠蘿品種進行集中栽培、觀察和研究。歷時五年(1954 ~ 1958)，進行了系統的比較觀察和理化分析。明確了這些品種的概況、形態、分類、抗性、栽培管理、化學成分、營養、醫療保健和經濟價值，得出最有推廣價值的品種，從而達到合理利用的目的。他在《華南菠蘿品種資源》、《國內外菠蘿品種及果樹資源整理介紹》等論文中闡述了這方面的研究成果。
對各種果樹進行了測試和研究
黃昌賢壹直強調，發展水果生產，科研必須先行。他自己實踐了幾十年，對各種果樹如柑橘、澳洲堅果、番荔枝、木瓜、Jaboticaba、芒果、百香果、荔枝、黃皮、大黃魚、番石榴、無花果等進行了各種實驗研究。在抗日戰爭時期和建國前夕，他多次擔任柑橘試驗田主任。在十分艱苦的條件下，他仍然積極從事柑橘育種和栽培、病蟲害防治、貯運等研究工作。特別是在柑橘品種與授粉的關系和人工授粉的實驗研究方面取得了顯著的成績。
在培育出無籽西瓜後，他在熱帶和亞熱帶果樹的繁殖上嘗試了植物激素，並成功培育出多種無籽水果。例如在1954 ~ 1956中，他利用各種植物激素進行了番木瓜的刺激單性結實實驗，並通過各種授粉實驗對比，證明了植物激素可以使番木瓜結出大小正常、品質良好的無籽果實，對培育雌雄異株果樹具有壹定的價值。他的研究論文《番木瓜的單性結實與單性結實》等研究成果，如菠蘿開花結實期的人工控制試驗、番荔枝果樹的植物學與栽培、植物激素在熱帶亞熱帶果樹繁殖中的應用、植物激素與結實等。，都是開創性的研究成果。
優良珍稀果樹的引種拯救
為了更好地組織力量全面深入地研究熱帶亞熱帶果樹，黃昌賢在70年代末就計劃成立壹個專門的研究機構。經過幾年的努力，在華南農學院和農牧漁業部的支持下，1982成立了熱帶亞熱帶果樹研究室，建立了占地近50畝的優良果樹標本園，並迅速帶領全室成員開展果樹資源的收集、整理、引種、栽培等研究工作。
為了豐富和發展華南地區的園藝產品，他盡力從美國、秘魯、澳大利亞、新西蘭、印度、菲律賓和四川、浙江等省引進了100多種優良的熱帶和亞熱帶果樹，包括堅果、番荔枝、番石榴、獼猴桃、木瓜、芒果、費若果、百香果、鱷梨、葡萄樹、大花鱷魚刺等。還救助了瀕臨滅絕的東莞梨、胭脂腳柚、桑柚等。並對引種成功的優良果樹進行加速繁殖，然後移植到其他地方進行試種或示範種植。它們大多已經開花結果。如從澳大利亞引進的“非洲驕傲”品種番荔枝雜交種，在廣東省東莞市虎門農業科學實驗站、珠海市水果開發公司農場、湛江南亞熱帶作物研究所試種成功，成果著實受到專家贊賞。
獻給四季廣東水果的芬芳
黃昌賢強調，果樹科學是壹門應用科學，科研的目的是發展生產。長期以來，他的研究工作始終與廣東省水果生產實際緊密結合，熱情配合有關部門，全力發展廣東的園藝，出謀劃策，讓廣東的水果壹年四季飄香。
1963至70年代末，領導廣東省農業科學院果樹研究所，積極從事廣東發展果業的研究工作。他經常深入生產第壹線，進行調查研究。他極力主張“充分利用廣東的熱帶亞熱帶氣候特點發展果業”。他指出，廣東省有400多種可食用的野生和半野生果樹，有40多種可以經濟栽培。除四大水果(柑橘、香蕉、荔枝、菠蘿)外，還有芒果、番荔枝、木瓜、鱷梨、楊桃、人參果、樹菠蘿、黃皮、腰果等特色水果，如番石榴、油柑等。對於沙田柚，富有發展潛力，世界聞名；廣東特產荔枝、龍眼、批柄、百香果等具有藥用價值的營養果樹；壹些淡季成熟適合出口的水果；大力研究、培育、推廣和生產可作為糧、油、糖、蛋白的果樹，實現水果品種的多樣化，使廣東壹年四季都有新鮮水果可供人類食用。
他特別關註廣東優良稀有果樹的發掘和搶救。1983 65438+10月8日，在廣東省委召開的部分科學家座談會上，他激動地說:主導國際市場的甜橙、夏橙都是從廣東進口的。原產廣東的水果是從國外引進的，後來居上。然而，我們的水果種類和品種越來越少，許多稀有品種，如胭脂柚、東關梨、桑麻柚和無籽黃皮等瀕臨滅絕。這樣，“怎麽才能對得起我們的祖先和後代？”他語重心長的話語贏得了與會者的稱贊，也引起了時任廣東省委書記任的註意。第二天，羊城晚報以“壹位老科學家的肺腑之言”為題做了專題報道。他曾多次告誡人們，廣東許多優良珍稀果樹品種日益退化，如不及早搶救，滅絕之災已不是危言聳聽的事。比如東莞梨，肉白色，清香甘甜，是中國特有的世界珍稀水果，近幾年幾乎滅絕，在陽山縣存活下來。他壹邊慶幸，壹邊大聲喊著要重點救援。他領導的熱帶亞熱帶果樹研究室與廣東多個農業科學試驗站、水果生產基地建立了科研合作關系，引進、推廣、挖掘、搶救了多種優良珍稀果樹。比如200多年前從國外引進的番荔枝，大多是零星種植。僅位於山區的澄海縣北連村，種植面積就有近200畝，栽培管理較好。多年來，他經常去考察指導，親自引進推廣，如今已遍布東莞、湛江等地。
為了恢復廣東“水果王國”的地位，黃昌賢多次致函廣東省領導機關，陳述發展水果生產的意義，並提出具體建議。他還利用壹切機會報道國內外水果生產動態，介紹自己研究的新成果，以便應用於生產實踐。每次參加相關省市會議，他的包裏總會裝著大大小小的水果和水果照片，每次開會他都會講，為了吸引眼球。每當被要求講課，鑒定水果或解決生產中的難題時，他總是有求必應，不知疲倦，兢兢業業。發表多篇論文，對廣東水果發展提出了許多建設性意見。如《充分利用熱帶亞熱帶氣候特點發展廣東省果樹生產》、《廣東省果樹資源和品種區劃》、《廣東省果樹事業和果樹研究中亟待解決的壹些問題》、《關於發展廣東省果樹生產的若幹意見》等，都產生了積極的影響和作用。
不遺余力地培養園藝科學人才。
黃昌賢治學嚴謹，勤於實踐，勇於實踐。他經常告誡自己“人之煩惱，在於做壹個好老師”，以“三人必有壹師”為座右銘，在業務上精益求精。在教學過程中，他以身作則，為學生樹立了良好的榜樣。
他壹直認為，只有培養大量的高層次人才，園藝和園藝生產的發展才能有新的活力。因此，他在致力於園藝科學研究和自然資源開發的同時，還特別重視智力資源的開發。他以對祖國和園藝事業的熱愛，教育年輕人選擇正確的目標，立誌成功，為祖國的園藝事業貢獻自己的才華。他動情地教導學生，原產於中國的獼猴桃，在20世紀初被成功引入新西蘭。經過培育和優化，很快成為世界聞名的獼猴桃，占新西蘭農業收入的第壹位。作為果樹栽培的澳大利亞野生澳洲堅果，短短幾十年就成為世界上價格昂貴的高檔幹果。中國在五六十年前就將澳洲堅果引入華南，但至今沒有顯示出應有的價值。造成這種差距的原因之壹是園藝人才的培養和園藝科學的研究遠遠不能滿足職業發展的需要。中國被全世界的植物學家稱為“園林之母”。它資源豐富，發展前景廣闊，需要大量掌握現代園藝科學的人才。
他對學生要求非常嚴格，強調要想學好果樹科學，必須有廣泛紮實的基礎科學知識，全面掌握專業知識。在教學中，他十分註意吸收國內外新的科研成果。如果采用密植、早結、高產、優質等先進技術，更新、充實、豐富他的教學內容，他的講座很受學生歡迎。
黃昌賢積極倡導建立“教學、研究、普及相結合的教學體系”。他說，美國從1862在各州建立農業學院後，在1887的農業學院建立農業試驗田，在1914的農業推廣站，為美國在短時間內成為世界先進農業國家發揮了重要作用。他認為這段經歷值得借鑒。因此，他特別註意把生產實踐和科學研究結合起來，以培養既有科學知識又有實踐能力的人才。
他精心培養了數千名大學生和十幾名研究生，其中許多人已成為著名的專家、教授和研究人員，有些還是具有國際聲譽的著名科學家。比如50年代初培育出四倍體無籽西瓜，使臺灣省西瓜處於世界領先地位的余宗雄，70年代培育出優良的廣西1號和廣西2號無籽西瓜的金偉，40、60年代都是黃昌賢的學生。植物病理學家範懷中、美國食品化學專家黃景綽、臺灣省立大學園藝系主任陳、果樹育種專家楊子安等都曾在黃昌賢任教。談及弟子，他對自己的學生《青出於藍而勝於藍》感到欣慰。
人們永遠不會忘記那些對社會做出貢獻的人。南方日報、廣東畫報、香港新晚報等報紙先後報道了黃昌賢的事跡。1987年，遠在大洋彼岸的美國佛羅裏達園藝學會邀請他參加100周年慶典(1887 ~ 1987)。50年前，1937，受邀參加50周年年會。像他這樣壹生中被邀請參加過兩次儀式的科學家屈指可數。1991被劍橋生物傳記中心澳大利亞和亞洲版收錄。
黃昌賢以執著追求園藝科學的發展，造福人民。雖然他很老了，但他努力工作的精神仍然和當年壹樣。就像他常說的“作為園藝老手，雖然快80歲了，但還是要發揮余熱。”1987年，在華南農業大學為退休職工舉辦的壹次宴會上，他激動地說:“我將繼續為廣東和華南的果業工作，直到我停止呼吸。”
1994年5月3日，黃昌賢在廣州逝世，享年86歲。