苗族醫藥的起源很早。苗族民間有“千年苗醫，萬年苗藥”之說，而苗族醫藥見諸史籍的時間也很早。西漢劉向在《說苑·辨物》中說：“吾聞古之為醫者曰苗父。苗父之為醫也，以營為席，以芻為狗，北面而祝，發十言耳。諸扶之而來者，舉而來者，皆平復如故。”“苗父”者誰?有的學者認為：“劉向《說苑》說上古有人名苗父，……這個苗父就是黎、苗族的巫師(巫醫)，巫師治病主要是祈禱禁咒術，但也逐漸用些酒、草等藥物”。
有的學者認為，漢族文獻所記的苗父，就是苗族傳說中的“藥王爺”。湘黔交界的苗族人民說，藥王爺是壹個周身透明、狀如玻璃、有翼能飛的神人，他不畏艱難險阻，披星戴月為人民“岔稅岔嘎”(東部苗語即“尋找藥方”)，這個傳說流傳很廣，苗族東西部地區均有“壹個藥王，身在八方;三千苗藥，八百單方”的歌謠。
至今黔西南州安龍、貞豐、晴隆等地的苗醫，還非常崇敬“藥王”，在行醫過程中治好病，就要以殺雞祭祖的方式來敬祭“藥王”。這個傳說同《淮南子》記載的“神農嘗百草”的傳說非常類似，《山海經》雲：“黑水之北，有人有翼，名曰苗民。”其中“有翼”和“有翅”、“透明”的傳說，均是神話時代苗族先民的特征，這說明苗族醫藥是起源於上古神話時代的。
由於苗族本身無本民族文字和史實的記載，故其醫藥的起源難於考證，但從眾多的其他文獻和傳說、古歌中，仍可窺知其具體情況，其特點壹是起源較早，歷史悠久;二是起源於苗族人民生產和生活實踐。苗族由於生活於藥物資源十分豐富的地區，較早地了解和掌握了植物的知識和藥用價值。至今在苗族地區，幾乎每人都能認識掌握幾種甚至幾十種藥物治療方法，有些地方家家戶戶門庭院落房前房後皆種植壹些常用藥物。
形成人們應用草藥極為普遍的特點，具有“百草皆藥，人人會醫”之稱，史載楚國巫師經常用苗藥作巫具，《楚辭》中有不少記有被稱為“苗藥’、的“菖蒲”和“澤蘭”，長沙馬王堆壹、二號漢墓把“澤蘭”作為殉葬品，說明了苗藥的歷史悠久和廣泛應用。苗族“古歌”中關於遠古發現藥物的故事也很多，如黔東南壹首叫《墊哈》的古歌，說的是哈哥小時不幸被虎背去，十年未返，後被父母找回時，野性不改，聲音嘶啞不能說話，壹次他跑出去到河邊吃了很多浮萍，哈哥不但能說話了，還改掉了野性，苗家因此積累了浮萍能治嘶啞病的經驗。
雖然苗族生活在植被繁茂、藥物豐富的地區，但苗族早期遷徙頻繁，所到之處大多是人跡罕至的荒僻山區和瘴癘之鄉，自然條件十分惡劣，但這種環境反而鍛煉了苗族生存鬥爭的能力。在這種特定的條件下，如果沒有起源較早的醫藥活動，絕對不能保證民族得到生存和繁衍。苗族的許多有名的治療方法和用藥經驗，就是來源於這種生存鬥爭。如苗醫著名的糖藥針療法，是壹種獨特的外治療法，此法廣泛流傳於貴州西南和西北大部分地區，貴州關嶺鎮寧、紫雲等地的苗醫，用此法幾乎走遍了全國各地。
糖藥針療法溯源於古老的弓弩上應用的弩藥，從弩藥的成份上看，主要是古代苗人將“見血封喉”的劇毒藥汁敷塗於弩箭尖上，以獵取虎豹等兇猛動物，《宋史·蠻夷列傳》載，蠻夷人(主要指苗瑤民族)“其保聚山險者，雖有畬田，收谷粟甚少，但以藥箭射生，取鳥獸盡，即徙他處。
善為藥箭，中者大叫，信宿死，得藥解之即。”至今苗族仍有狩獵習慣，古代苗族應用弩藥是可以肯定的，但其他民族也有弩藥，而苗族都能將它應用在治病上，可謂是壹創造。
苗族在應用弩藥的漫長過程中，配制者為適應治病的需要，有意減去了其中的劇毒成份，加入蜂糖等降低藥物毒性的成份，用特制的排針或三棱針沾藥汁刺於患處，其操作簡便，治療迅速，副作用小，糖藥針是苗醫獨特的外治法，是起源於苗族古代狩獵活動而發明的弩藥，這正是苗族醫藥起源於古代生活和生產實踐的有力佐證。