根據長篇小說《神驗》改編，展現世界法醫學第壹部學術著作《洗冤集錄》的背景故事。為紀念中國偉大的法醫學家宋慈誕辰八百周年所作。
分集劇情
第壹集、南宋嘉定年間，宋鞏廣州上任期間病故，宋慈壹家奔喪，期間，科舉發榜，宋慈獲中進士。遂決心施展才能，建陽鄉裏惡霸橫行，霸占女兒黑妹，老爹被害致死，丟入河中，當地官員昏庸無能，判老人溺水身亡，宋慈深感蹊蹺，與鄉官理論，卻被嗤之以鼻，夜晚，黑妹哥哥潛入惡霸家中殺死惡霸，藏匿於宋慈家中，躲過官府的緝拿，被宋慈放走，正當宋慈無所適從之時，父親好友海庭老先生找到宋慈，言之厲害，點醒宋，從此宋踏上除暴安良之路。
第二集，宋慈好友復職任官，壹日宋慈到壹書館，老先生贈予斷獄古籍，宋慈千恩萬謝。不久宋慈好友遇上馮元清案，現場為自縊假象，於是誤斷為自殺，宋慈看出破綻，用紅光照傷法發現了傷口，破了此案，真兇田懷伏法。
第三集，受好友舉薦，宋慈赴江西贛南任主簿，壹日遇2柴夫死於山林，勘驗仵作在驗屍時候弄虛作假，被宋慈察覺，次日壹位柴夫的妻子疑似服毒身亡，在現場，宋慈通過砒霜的特性判斷為死後投毒，後將疑點轉向了謀財害命的仵作，仵作受人指使謀害了柴夫的妻子，經過壹番推理仵作終於供認不諱。
第四集 宋慈赴汀州任知縣，此時女兒宋祁已經成大成人，隨母親來到汀州父親那裏，此時汀州鬧鹽荒，宋慈下決心為民解難，壹日微服私訪時遇到壹老者，老者祖父為當地前任仵作，在荒草地裏，老者為宋慈展現了壹處焚屍滅跡的場所，並分析其原因，宋慈頗為興奮，當問到老者祖父為何辭去公差，老者說其祖父原在秦檜那當差，秦檜害死嶽飛後將軍屍體被盜，秦檜叫仵作連夜找尋，仵作不願做茍且之事遂辭去官職回老家。不久，宋破獲了壹起為搶鹽殺人的案子，宋多次向朝廷啟奏，最後要來了賑濟的官鹽，賑濟了百姓。
第五集，由於宋慈為官政績突出，被任命為福建尚武軍通判，並由好友聯名推薦為福建省提刑，此時，南宋滅金國，蒙古元軍大舉入侵南宋勢如破竹，此時軍中無糧草，當時官員要加重農民負擔，上繳糧草。宋慈壹方面提出與元軍決戰，壹方面提出對策按照經濟水平劃分民眾5等，壹等的地主二等的富商多繳納，貧民少繳納，後被采用，深得民心。不久又偵破壹起富家子弟謀害他人後焚屍滅跡的案子，宋慈用汀州打探老者介紹的方法，在火燒後的地方鋪上麻草，再用火燒後，現出人性，使嫌犯最終伏法，富人家懷恨在心，夜晚放出刺客行刺宋慈，結果飛刀不慎將宋慈愛女誤傷身亡，宋慈悲痛欲絕。
第六集，宋慈赴廣東任提刑，壹日到監獄視察，發現有壹婦女帶小孩坐牢，後經調查該婦女被指控謀殺壹個孩童，後經查檢孩童頭骨發現為溺水身亡，遂真相大白，為婦女洗清冤孽，由於少婦賢惠且無家可歸，遂宋慈認其為義女。
第七集，宋慈在任期間廣破大案要案，可是他發現社會上的冤案太多，根本管不過來，他的好友幫助下，將其調任湖南提刑，宋慈壹日做夢，夢見死去的女兒和無數冤魂，夢醒時分他終於悟出必須著書立說，才能實現他死後能力不濟的使命。
第八集，經宋慈多年辛勞，終於寫成《洗冤集錄》，他將此書呈與宋皇，可是宋皇日日賞玩，根本不感興趣，宋慈苦苦盼了半年無果，後郁郁生病，好友欲為其推薦至刑部任職，卻被很多吏部官員阻撓，最後好友終於在宋皇目前詳細講述了宋慈的功績，皇上大悅，要為他晉升的時候，宋慈卻因病醫治無效，含恨而終。
結尾字幕：宋慈雖然過世，但是《洗冤集錄》卻流傳後世，翻譯成英、法、俄、日、荷、韓等文字，影響遍及世界。