《解開〈宋會要〉之謎》 北京：社會科學文獻出版社，1995年5月。
《美國哈佛大學哈佛燕京圖書館藏明代徽州方氏親友手劄七百通考釋》(全3冊) ，合肥：安徽大學出版社，2001年12月。
《陳智超自選集》 合肥：安徽大學出版社，2003年10月。
《宋史十二講》 北京：清華大學出版社，2010年2月。
《陳垣：生平 學術 教育與交往》 合肥：安徽大學出版社，2010年8月。
整理陳垣先生論著
《陳垣史源學雜文》，人民出版社，1980年10月。
《陳垣學術論文集》第壹集（陳智超編），中華書局，1980年6月。
《陳垣史學論著選》（陳樂素、陳智超編校），上海人民出版社，1981年5月。
《陳垣學術論文集》第二集（陳智超編），中華書局，1982年2月。
《道家金石略》（陳智超、曾慶瑛校補），文物出版社，1988年6月。
《陳垣來往書信集》（陳智超編註），上海古籍出版社，1990年6月。
《陳垣早年文集》（陳智超編），（臺）中央研究院中國文哲研究所中國文哲專刊，1992年7月。
《陳垣先生往來書劄》（陳智超編），中央研究院中國文哲研究所籌備處，1992年8月。
《陳垣學術文化隨筆》（陳智超、曾慶瑛編），中國青年出版社，2000年11月。
《元西域人華化考》（陳智超導讀），上海古籍出版社，2000年12月。
《陳垣先生遺墨》（陳智超、曾慶瑛編），嶺南美術出版社，2006年9月。
《陳垣史源學雜文》（增訂本，陳智超編註），生活.讀書.新知三聯書店，2007年5月。
《陳垣〈元西域人華化考〉創作歷程——用稿本說話》（全二冊，編著），北京圖書館出版社，2008年8月。
《陳垣全集》（全23冊，主編），合肥：安徽大學出版社，2009年12月。
《陳垣來往書信集》（增訂本，編註），生活.讀書.新知三聯書店，2010年11月。
《陳垣四庫學論著》（陳智超編），商務印書館，2012年7月。
其他有關陳垣先生著作
《勵耕書屋問學記：史學家陳垣的治學》（陳智超編註），生活.讀書.新知三聯書店，1982年月；
《勵耕書屋問學記：史學家陳垣的治學》（增訂本，陳智超編註），生活.讀書.新知三聯書店，2006年11月。
合著合編論著
《歷史的審判：“四人幫”影射史學剖析》（陳智超、何齡修、黃宣民、曹貴林、郭松義、劉永成著），中國社會科學出版社，1979年8月。
《中國古代史史料學》(陳高華、陳智超等著)，北京出版社，1983年1月。
《中國史稿》第五冊（五代宋遼金元部分，吳泰、陳高華、陳智超、酈家駒著），人民出版社，1983年6月。
《中國封建社會經濟史》第三卷（陳智超、喬幼梅主編），齊魯書社、文津出版社，1996年11月。
《中國古代史史料學》(修訂本，與陳高華等合著)，天津古籍出版社，2006年9月。
古籍整理
《古代中越關系史資料選編》，中國社會科學院歷史研究所《古代中越關系史資料選編》編輯組著，中國社會科學出版社，1982年5月。
《名公書判清明集》，中國社會科學院歷史研究所宋遼金元史研究室點校，中華書局，1987年1月。
《宋會要輯稿補編》（徐松輯，陳智超整理），全國圖書館文獻縮微復制中心，1988年6月。
《旅日高僧東臯心越詩文集》，中國社會科學出版社，1994年1月。
《旅日高僧隱元中土來往書信集》（陳智超、韋祖輝、何齡修編），中華全國圖書館文獻縮微復制中心，1995年3月。 《嘉靖中浙江福建地區反對葡萄牙殖民者的鬥爭》，《北京大學學報》1963年第1期；
《中國封建社會的農民具有“自由人身份”嗎？》（合著），《新建設》，1965年第5期；
《孫中山對於中國歷史前景的重要預見》，《光明日報》1965年6月2日《史學》副刊；
《關於農民戰爭反封建性質的問題》（合著），《新建設》，1965年第11、12期；
《“四人幫”影射史學批判》（黃宣民、陳智超、何齡修、曹桂林），《鄭州大學學報》，1978年第3期；
《批判“四人幫”利用歷史反黨的反動口號——“儒法鬥爭繼續到現在”》(黃宣民、陳智超、曹貴林)，《社會科學戰線》創刊號，1978年；
《關於中越關系史研究的若幹問題》，《中國史研究動態》，1979年第1期；
《李曾伯與靜江城的修築》，《文物》，1979年第9期；
《史料的搜集、考證與運用——介紹陳垣同誌的治學經驗》，《人民日報》1980年3月27日，《新華日報》（文摘版）第6期、香港《大公報》4月16日轉載；
《陳垣學譜（初稿）》，《社會科學戰線叢刊》1980年第1期，香港《廣角鏡》97期轉載；
《史學家陳垣傳略》，《晉陽學刊》，1980年第2期，後收入《中國現代社會科學家傳略》第1輯，山西人民出版社，1982年；
《陳垣同誌遺稿的保存和整理》，《中國史研究動態》，1980年第6期；
《〈舊唐書〉壹誤》，《文史》第9輯，中華書局，1980年；
《陳垣與歷史教學》，《歷史教學》，1980年第10期；
《跋〈鑒真和上失明事質疑〉及〈致廖世功(敘疇)函〉》，《社會科學戰線》，1980年第4期，《新華文摘》1981年第1期轉載；
《〈宋會要輯稿〉復文成因補析》，《中國史研究》，1982年第1期；
《〈宋會要輯稿〉遺文、廣雅稿本及嘉業堂清本的再發現》，《中國史研究動態》，1982年第1期；
《〈道家金石略〉校補前言》，《世界宗教研究》，1984年第4期；
《〈宋會要輯稿〉的前世現世和來世》，《歷史研究》，1984年第4期；
《〈袁氏世範〉所見南宋民庶地主》，《宋遼金史論叢》第壹輯，中華書局1985年8月；
《〈宋會要輯稿〉校勘劄記》，《文獻》，1986年第2期；
《〈宋會要輯稿〉整理工作取得進展》，《史學情報》，1986年第3期；
《〈宋會要〉食貨類的復原》(上) ，《文獻》，1987年第2期；
《〈宋會要〉食貨類的復原》(下) ，《文獻》，1987年第3期；
《〈名公書判清明集〉日文譯註本評介》，《中國史研究動態》，1987年第4期；
《論〈宋會要〉輯本的復文》(上)，《文獻》，1988年第3期；
《論〈宋會要〉輯本的復文》(下)，《文獻》，1988年第4期；
《〈宋會要輯稿補編〉的價值與整理》，《古籍整理出版情況簡報》總第192期，1988年；
《〈中國歷史研究法〉陳垣批語選錄》，《梁啟超研究》，1988年第10期；
《〈近代中越關系史資料選編〉評介》，《廣西社會科學》，1989年第3期；
《陳垣早年著作初探——紀念陳垣先生110周年誕辰》，《五邑大學學報》，1990年Z1期；
《〈宋朝諸臣奏議〉及其點校本》，《中國典籍與文化》，1992年第2期；
《父親和〈宋史藝文誌考證〉》，《暨南學報》，1992年第3期；
《陳元光與閩南開發》，俞兆鵬、陳智超，《南昌大學學報》，1993年第3期；
《〈宋朝諸臣奏議〉點校本序言》，《中國史研究動態》，1993年第6期；
《鄭成功致隱元禪師信在日發現記》，《法音》，1993年第8期；
《黃寬重》，《中國史研究動態》，1994年第2期；
《史學應用高科技的前景》，《中國史研究動態》，1994年第4期；
《不能忘記歷史——評〈毛澤東晚年過眼詩文錄〉》，《北京農業工程大學社會科學學報》，1994年Z2期；
《繼承優秀傳統創造光輝未來》，鄧廣銘、陳智超，《中國圖書評論》，1995年第1期；
《〈宋會要〉的利用與整理》，《文獻》，1995年第3期；
《宋刻〈續資治通鑒長編〉影印本序》，《中國史研究動態》，1995年第11期；
《張名振批點本〈皇明資治通紀〉》，《中國史研究動態》，1998年第4期；
《新發掘出的徽州文書———方元素信件介紹》，《安徽師範大學學報》，1998年第4期；
《〈舊五代史〉輯本之檢討與重新整理之構想》，《史學史研究》，1999年第4期；
《新發掘出的徽州文書——方元素信件介紹》，《中國史研究動態》，1999年第1期；
《契丹古屍分子考古學研究》，吳東穎、馬素參、劉春蕓、楊煥明、劉鳳翥、陳智超、李錫厚，《雲南大學學報》(自然科學版) ，1999年S3期；
《〈美國哈佛大學哈佛燕京圖書館藏明代徽州方氏親友手劄七百通考釋〉導言》，《中國史研究》，2000年第3期；
《〈兩宋文化史研究〉評價》，《中國史研究動態》，2000年第8期；
《父與子——紀念父親樂素先生百年冥壽》，《中國史研究動態》，2002年第11期；
《陳垣與史源學及〈日知錄〉研究——〈日知錄校註〉編者前言》，《安徽大學學報》，2007年第3期；
《楊繼盛〈請誅嚴嵩疏〉稿本考》，《紫禁城》，2007年第8期；
《千古師生情》，《民主》，2008年第1期；
《〈元西域人華化考〉創作歷程》，《文獻》，2008年第3期；
《四論今本〈建炎以來系年要錄〉的原名——史學方法論個案》，《中國史研究》，2009年第1期；
《蔡守、談月色贈陳垣梅石圖》，《中國書畫》，2010年第4期；
《從〈陳垣來往書信集〉談書信的價值與利用》，《書城》，2010年第7期；
《俞兆鵬新著〈史林雜俎〉評價》，《中國史研究動態》，2010年第8期；
《古籍鑒別的幾個問題——以文獻內容為中心》，《中國典籍與文化》，2011年第2期；
《中國美術史文獻的搜集、解讀與利用》，《中國書畫》，2012年第6期；
《〈舊五代史〉諸誌標準本的論證》（陳智超、鄭慶寰），《江西社會科學》，2012年第8期。