壹、天災說。原因是黃河發洪水，自然決口。
二、農民軍掘河說。農民軍久攻開封不下，無計可施，所以掘河灌開封。
三、官軍掘河說。開封城池堅固，城外壹馬平川，官軍掘河淹農民軍，以解開封之圍。
四、官軍、農民軍先後掘河說。官軍於6月先掘黃河，農民軍隨即另掘壹口，當時水量不大未成災，到了九月，黃河發大水，從這兩口決出，造成淹城之禍。
五、六月間雙方掘口後，九月份農民軍再掘黃河，最後壹次掘口引發洪水成災。
以上五種說法中，持天災說者較少，歷來不被史學界采信。對第四種說法，即官軍、農民軍六月先後掘河，造成九月大水淹城之說，經史學界壹些人研究，被許多人認同。但是也有人對以上各種說法對比分析和研究，認為官軍掘河才是造成這場慘禍的原因。因為多種史籍對官軍掘河的時間、地點、動機及策劃實施過程敘述得比較詳細，災禍發生後，明廷對此事的廷辯及調查均有案可查，具有可信度。