漢武帝元封元年（前110），司馬談去世。臨終前，把著述歷史的未竟之業作為壹項遺願囑托給司馬遷。元封三年（前108），司馬遷繼任太史令。此後，他孜孜不倦地閱讀國家藏書，研究各種史料，潛心於著史，並參與了《太初歷》的制定工作。
就在這過程中，發生了壹場巨大的災難。天漢二年（前99），李陵抗擊匈奴，力戰之後，兵敗投降。消息傳來，武帝大為震怒，朝臣也紛紛附隨斥罵李陵。司馬遷憤怒於安享富貴的朝臣對冒死涉險的將領如此毫無同情心，便陳說李陵投降乃出於無奈，以後必將伺機報答漢朝。李陵兵敗，實由武帝任用無能的外戚李廣利為主帥所致，司馬遷的辯護，也就觸怒了武帝。他因此受到“腐刑”的懲罰。對於司馬遷來說，這是人生的奇恥大辱，遠比死刑更為痛苦。在這壹場事件中，他對專制君主無可理喻的權力、對人生在根本上為外力所壓迫的處境，有了新的認識他壹度想到自殺，但他不願寶貴的生命在毫無價值的情況下結束，於是“隱忍茍活”，在著述歷史中求得生命的最高實現。這也正是壹位學者對君主的淫威和殘酷的命運所能采取的反抗形式。終於在太始四年（前寫於這壹年的《報任安書》中，司馬遷對於自己的際遇和心情作了壹個完整的交待，此後其事跡不清，大概卒於武帝末年。
《史記》原名《太史公書》，東漢末始稱《史記》。它是古代第壹部由個人獨力完成的具有完整體系的著作①。總***壹百三十卷，五十二萬余字，又是到那時為止規模最大的壹部著作。全書由本紀、表、書、世家、列傳五種體例構成。“本紀”是用編年方式敘述歷代君主或實際統治者的政跡，是全書的大綱；“表”是用表格形式分項列出各歷史時期的大事，是全書敘事的補充和聯絡；“書”是天文、歷法、水利、經濟等各類專門事項的記載；“世家”是世襲家族以及孔子、陳勝等歷代祭祀不絕的人物的傳記；“列傳”為本紀、世家以外各種人物的傳記，還有壹部分記載了中國邊緣地帶各民族的歷史。《史記》通過這五種不同體例相互配合、相互補充，構成了完整的歷史體系。
①《史記》以前，歷史著作都帶有資料匯編和整理的性質，作者大都不明，難以說是由某個個人獨力完成的：諸子書實際也是各個學派文獻的匯編，並非由學派的開創者單獨完成，而且其中的文章大多是獨立成篇的。
這種著作體裁又簡稱為“紀傳體”，以後稍加變更，成為歷代正史的通用體裁。
《史記》紀事，其時間上起當時人視為歷史開端的黃帝，下迄司馬遷寫作本書的漢武帝太初年間（前104—前10空間包括整個漢王朝版圖及其四周作者能夠了解的所有地域。它不僅是我國古代三千年間政治、經濟、文化等各方面歷史的總結，也是司馬遷意識中通貫古往今來的人類史、世界史。在這個無比宏大的結構中，包涵著從根本上、整體上探究和把握人類生存方式的意圖。如司馬遷本人在《報任安書》中所言，他的目標是“究天人之際，通古今之變，成壹家之言”。所以，不能夠把《史記》看成是單純的史實記錄，它在史學上、文學上以及哲學上，都具有極高的成就。
《史記》被列為中國第壹部“正史”。自此以後，歷代“正史”的修撰從未斷絕，匯成壹條文字記載的歷史長河，堪稱世界史學史上的奇跡。但是，《史記》的情況同後代正史又有很大不同。《史記》以後的歷代正史，除極個別例外，都是由朝廷主持、按照君主的意誌修撰的，是名副其實的官史。而司馬遷雖然是朝廷的史官，《史記》卻並不體現最高統治者漢武帝的意誌。據說武帝讀《史記》後，對其中幾篇感到憤怒，下令加以刪削，這也是有可能的（今傳《史記》中壹部分是後人補綴的）。那麽，司馬遷究竟是站在什麽樣的立場上寫作《史記》的？這也是理解《史記》的關鍵之壹。
我們需要註意到，在從秦始皇到漢武帝確立君主個人絕對權威前，君主的權力，在壹定程度上受到整個貴族集團的制約。在這種背景下，史官不僅享有較高的地位，而且有“秉筆直書”的義務和權利。司馬遷的祖上世代為史官，他雖然意識到在自己的時代，史官已經跌落到“主上所戲弄，倡優蓄之”的地位，但他有意識地繼承了古老的史官傳統，並不想把自己的筆變成為君主唱贊歌的工具。
另外壹點很重要的是，司馬遷對孔子有壹種特殊的崇拜。他並不是完全服膺孔子的學說，對當代的儒士更鄙視有加，但他欽佩孔子的人格，尤其是孔子以普通士人的身份，而有為天下確立文化準則的宏大理想。司馬遷把自己寫作《史記》的工作視為孔子修《春秋》事業的繼承，這就在精神上自居於很高的地位。擴大地說，這也是繼承了先秦諸子的理性態度和批判意識。
時代賦予司馬遷以宏大的眼界，和全面總結歷史的任務，廣泛的遊歷使他對社會得到前人所未有的了解，殘酷的命運促使他深刻地思考人生，繼承先秦的史官傳統和諸子文化，司馬遷又確立了不屈服於君主淫威的相對獨立和批判性的寫作立場。正是在壹個特殊歷史階段和特殊的個人遭遇中，產生了偉大的《史記》；在這部偉大的《史記》中，又表現出司馬遷對人類歷史與社會的多方面的獨特理解。
首先，正如上面所說，《史記》是壹部批判性而非歌頌性的著作。尤其對漢王朝的歷史，對當代即武帝時代的政治，司馬遷始終保持冷峻的眼光。他在肯定漢王朝開國皇帝劉邦歷史功績的前提下，毫不容情地、活生生地描繪出劉邦的鄉村無賴相和自私、刻薄的心理。對壹代雄主漢武帝，司馬遷也大膽揭露了他任用酷吏、殘害人民、任人唯親、壓抑人才以及迷信求仙、濫用民力等種種行徑。至於官僚階層中種種勾心鬥角、厚顏無恥的現象，更是紛呈畢現於他的尖銳的筆下。這些揭露與批判，並不帶有醜化的傾向，也不是單純的否定，而是具體可信的、體現人物的真實性格的史實記錄。從中體現出壹種深刻的懷疑和思考：歷史上獲得成功的人物，正在掌握權勢的人物，並不像他們宣稱的那樣，是因為擁有高貴品質和道德正義，才得到他們的地位。有時恰恰相反，品質高貴和信守道義的人物，倒往往是遭遇不幸和失敗的，就像與劉邦相比遠為坦率和自尊的項羽，與武帝的寵臣相比遠為正直和勇敢的李廣，都不免以自殺結局。雖然司馬遷不曾從理論上揭示這些現象背後的規律是什麽，但足以啟發人們作壹種深入的反省。
《史記》首創的以“紀傳”為主的史學體裁，第壹次以人為本位來記載歷史，表現出對人在歷史中的地位與作用的高度重視。過去的歷史著作都記載了人的歷史活動，但這些記載都是以時間或事件為本位的，人的主體地位未能被充分地意識到和表現出來，而且，這些歷史著作中的人物總體說來，壹是局限於社會上層，至多包括了遊士策士，二是局限於政治性人物，範圍有限。《史記》所記述的人物，雖然仍以上層政治人物為主，但其範圍已擴大到整個社會，包括社會中下層人物和非政治性人物。我們看到在《史記》中，帝王、諸侯、農民領袖、卿相、將帥、後妃、宦官、文學家、思想家、刺客、遊俠、商人、戲子、醫師、男寵、蔔者，各各顯示出人類生活的不同側面，又***同組成色彩斑斕而波瀾壯闊的歷史畫卷。而在這以前及以後的史書中，很少看見如此眾多類型的人物，尤其是社會中下層的人物。這表明司馬遷認識到社會是壹個復雜的組合體，各個階層的人物都在社會中發揮著不同的作用。這壹種認識，尤其是對社會中下層人物的態度，在壹般“官史”中是幾乎看不到的。 <br> 司馬遷還進壹步註意到：究竟是什麽樣的力量，支配著人的歷史活動？他並不否定道義的力量，也表彰了許多信守“仁義”的君子，甚至在這方面具有某種理想主義的態度。但是作為壹個忠於生活的觀察者和深刻的思想家，他也確實認識到並且公然提出：是人的物質欲望、追求生活滿足的要求，支配著人的歷史活動。在《貨殖列傳》中，他不厭其煩地列舉多方面事實，證明“富者人之情性，所不學而俱欲”，“自天子至於庶人”，無不“好利”。他把壯士勇於戰鬥、閭巷少年劫財盜墓、歌妓舞女出賣色相、漁夫獵人沖風冒雪、賭徒彼此爭勝、醫師方技之人苦心鉆研、農工商賈的各項經營，乃至吏人舞文弄法以求賄賂，各種不畏苦不懼死的行為，全部歸結為是追求財富、追求物質利益的活動。盡管這樣並列的敘述使很多人難以接受（因為其中終究有善恩順逆之別），但在那個時代，司馬遷就認識到是物質利益的追求而不是抽象的道德原則才是人的歷史活動的潛在動機，這是非常了不起的。 衡量歷史人物的地位，司馬遷所依據的是他們的實際成就，而不是獲得何種名位。項羽未嘗稱帝，但壹段時期中實為天下之主，《史記》中便立了《項羽本紀》；《高祖本紀》之後，是《呂太後本紀》，而沒有“孝惠本紀”，因為惠帝雖有皇帝的名義，其實只是傀儡。在這裏，司馬遷絲毫沒有孔子“正名分”的熱情。《史記·太史公自序》宣稱，作《史記》的目的之壹，就是要讓那些“扶義俶儻，不令己失時，立功名於天下”的人，得以垂名後世。所以，他也很贊賞為了求取不凡的成就而甘受壹時屈辱的人。譬如韓信不恥過胯，曾經勇冠三軍的季布甘為奴隸，在司馬遷看來，都是“烈丈夫”才能有的壯舉。這裏面，也包涵著司馬遷為完成《史記》而忍辱不死的人生體驗吧。 在《史記》中，是存在壹定的倫理評價標準和褒貶意識的。但它的標準並不完全符合統治階層的利益原則或世俗的道德意識，也不是狹隘單壹的。甚至，前後之間不妨有些矛盾。如《伯夷叔齊列傳》歌頌了二位賢君子“不食周粟”的忠節，《管仲列傳》卻又贊美起先幫助公子糾與齊桓公爭位、失敗後不肯殉節、從囚牢裏出來又做了桓公重臣的管仲，說他“不羞小節，而恥功名不顯於天下”。遊俠對社會統治秩序有壹定的破壞作用，司馬遷是明白指出了的，卻不妨贊揚他們重然諾輕生死的義風。甚至，《酷吏列傳》激烈抨擊了酷吏的殘忍，《太史公自序》又說“民皆本多巧，奸軌弄法，善人不能化”，故酷吏也有存在的理由。這些並不是因為司馬遷觀念混亂，而是他看到社會本身的復雜性，需要廣泛而多視角地理解各種人的生存方式。即使是他所反感的人物，也盡可能如實地描寫，不簡單地壹筆抹殺之。 東漢班固指責司馬遷“是非頗謬於聖人：論大道則先黃老而後六經，序遊俠則退處士而進奸雄，述貨殖則崇勢力而羞貧賤”（《漢書·司馬遷傳》）。然而，這些恰恰是司馬遷遠比班固之輩高明的地方。正是由於司馬遷對歷史和社會具有獨特的、極其深刻的理解，對各種人物的生存活動具有巨大的包容性，不受正在建立起來的儒家統治思想的束縛，敢於蔑視世俗道德教條，也不從某種單壹的學說出發來理解人和描寫人，《史記》方能成其豐富和博大，產生壹種獨特的魅力，而區別於後代所有其他正史。