《說文解字註》也有不足之處:過於自信，在沒有充分證據的情況下任意改動《說文》。過度相信許慎的解釋，拘泥於小篆的形式，強行解釋。清代許多學者註意到《說文解字註》中的微瑕，並以專論的形式加以修正。這類代表作有馮桂芬《說文解字段註》、徐承青《說文解字段註》、徐浩《說文解字段註》、王紹蘭《說文解字段註》。
《說文》是壹本書，文字既是語音又是訓詁。徐氏所有音、讀音均與古音壹致，或稱古正音，或稱古合唱。物以類聚，人以群分；人以群分跟著考，有條理。如果不能遠近分合，要麽拿著今音懷疑古音，要麽拿著古正音懷疑古和聲，音的學習就索然無味了。
《說文》格言列造字原意為先，但並不廢借。關於“有壹天”的說法和語錄有很多種，覆蓋著不同的故事，為更多的知識做準備，而不局限於某個角落。如果不知道借的意思，要麽根據《說文》改書借的字，要麽根據《說文》改經借的字，而訓詁學不好。
如果說我朋友段家是假的，那就是按古音、檢精、截密的順序。嘗為“六書聲表”，作了十七要綜核。因為是為《說》,所以把形、音、讀分為十七個部分，音是清楚的。徐氏的義借義論，要知其典，看是否通。而引經而異於此者，不以己字廢借字，不以借字改己字，以摑壹切經義，且以此書為例，若合，訓詁之道明。