（1）急性單純性膀胱炎治療建議采用三日療法治療，即口服復方磺胺甲基異惡唑；或氧氟沙星；或左氧氟沙星。由於單劑量療法的療效不如三日療法好，目前，不再推薦使用。對於致病菌對磺胺甲基異惡唑耐藥率高達10%～20%的地區，可采用呋喃妥因治療。
（2）急性單純性腎盂腎炎治療建議使用抗生素治療14天，對於輕癥急性腎盂腎炎患者使用高效抗生素療程可縮短至7天。對於輕癥狀病例，可采用口服喹諾酮類藥物治療，如果致病菌對復方磺胺甲基異惡唑敏感，也可口服此藥物治療。如果致病菌是革蘭陽性菌，可以單用阿莫西林或阿莫西林/克拉維酸鉀治療。對於重癥病例或不能口服藥物者，應該住院治療，靜脈使用喹諾酮類藥物或廣譜的頭孢類抗生素治療，對於β內酰胺類抗生素和喹諾酮類抗生素耐藥者，可選用氨曲南治療；如果致病菌是革蘭陽性球菌，可使用氨芐西林/舒巴坦鈉，必要時可聯合用藥治療。若病情好轉，可參考尿培養結果選用敏感的抗生素口服治療。在用藥期間的方案調整和隨訪很重要，應每1～2周作尿培養，以觀察尿菌是否陰轉。在療程結束時及停藥後第2、6周應分別作尿細菌定量培養，以後最好能每月復查1次。
（3）復雜性尿路感染復雜性尿路感染的治療方案取決於疾病的嚴重程度。除了抗菌藥物治療外，還需同時處理泌尿系統解剖功能異常以及治療合並的其他潛在性疾病，若有必要還需營養支持治療。如果病情嚴重，通常需要住院治療。首先應該及時有效控制糖尿病、尿路梗塞等基礎疾病，必要時需要與內分泌科等相關專業醫生***同治療，否則，單純使用抗生素治療很難治愈本病。其次，根據經驗靜脈使用廣譜抗生素治療。在用藥期間，應該及時根據病情變化和/或細菌藥物敏感試驗結果調整治療方案，部分患者尚需要聯合用藥，療程至少為10～14天。
2.男性膀胱炎
所有男性膀胱炎患者均應該除外前列腺炎。對於非復雜性急性膀胱炎可口服復方磺胺甲基異惡唑或喹諾酮類藥物治療，劑量同女性患者，但療程需要7天；而對於復雜性急性膀胱炎患者可口服環丙沙星，或左氧氟沙星，連續治療7～14天。
3.妊娠期尿路感染
（1）無癥狀菌尿妊娠期間無癥狀菌尿發生率高達4%～7%，常發生於妊娠的第壹個月，其中多達40%病例可進展為急性腎盂腎炎，因此建議在妊娠早期應該常規對孕婦進行尿培養檢查，以便及時發現無癥狀菌尿患者。目前建議對於這類患者應該采取抗感染治療。推薦根據藥敏試驗結果給予3-5天抗菌藥物治療。可選用壹下列方案中的壹種：①呋喃妥因；②阿莫西林；③阿莫西林/克拉維酸鉀。請患者於停藥後1周時來醫院復查尿培養，以後每月復查壹次，直到妊娠結束。對於反復出現無癥狀菌尿者，可以在妊娠期間采取抗生素預防措施，於每晚睡前服用呋喃妥因或頭孢氨芐。
（2）急性膀胱炎推薦根據尿培養和藥敏試驗結果給予3～5天抗菌藥物治療，如果來不及等待藥敏試驗結果可給予呋喃妥因、或阿莫西林、或第二第三代頭孢菌素治療。治療後需再行尿培養檢查了解治療效果。若反復發作急性膀胱炎推薦每日睡前口服頭孢呋辛或呋喃妥因直至產褥期，以預防復發。
（3）急性腎盂腎炎妊娠期急性腎盂腎炎發生率1%～4%，多發生於妊娠後期。推薦首先根據尿培養或血培養及藥敏試驗結果給予抗菌藥物靜脈輸液治療，如來不及等待藥敏試驗結果，可選擇頭孢曲松，或氨曲南，或哌拉西林+他唑巴坦，或頭孢吡肟，或氨芐西林治療。臨床癥狀明顯改善後，可改為口服抗生素治療。總療程至少14天。
4.無癥狀菌尿
對於絕經前非妊娠婦女、糖尿病患者、老年人、脊髓損傷及留置導尿管的無癥狀菌尿的患者不推薦抗菌藥物治療。然而，對於經尿道行前列腺手術或其他可能導致尿路黏膜出血的泌尿外科手術或檢查的無癥狀性細菌尿患者，應該根據細菌培養結果采取敏感抗生素治療。
5.導尿管相關的尿路感染
（1）無癥狀菌尿大多數無癥狀菌尿不推薦使用抗生素治療。壹些例外情況推薦進行適當治療：毒力較強的微生物造成的院內感染；可能出現嚴重並發感染風險的患者；泌尿系統手術的患者；某些可引起高菌血癥發生率的菌株感染；以及年齡較大的女性患者移除導管後可能需要短期治療。
（2）有癥狀的感染推薦在取尿樣培養前及應用抗菌藥物治療前更換留置時間超過7天的導管，或采用其他方式引流如陰莖套引流、恥骨上膀胱造瘺引流等；如無必要繼續置管者可不再插管。推薦根據尿培養及藥敏試驗結果選用有效抗生素。初始可根據經驗選用廣譜抗生素治療，之後根據培養結果調整抗生素使用。癥狀較輕者可采用口服用藥，壹般用藥5-7天。癥狀較重、發熱、血培養陽性及胃腸道給藥有困難者可選用非胃腸道用藥，如肌肉或靜脈註射給藥。病情嚴重者壹般用藥10～14天。偶現念珠菌感染，可采用抗真菌治療。不推薦長期無根據使用抗生素治療。