金陵中學主校區內的匯文書院鐘樓於1888年春季美國基督教美以美會的傅羅創辦匯文書院時建立，是南京市19世紀末的最高層建築，也是基督教在南京建造的現存最早的學校建築，占地約330平方米。匯文書院鐘樓是金陵中學的標誌性建築。鐘樓的圖案被金陵中學校徽所使用。
匯文書院鐘樓原為五層，重建時改為四層並保留至今。主體改為二層，原第三層改為閣樓。大鐘在最高層，通高1.3米，寬1.4米，是由美國貝爾鑄造公司鑄造的“博爾登教堂大鐘”。
鐘樓屬於美國殖民期的建築風格。平面圖是“申”字形，整體對稱。墻面為青磚，勒腳、檐口等處有精細的裝飾線腳。每層樓的窗戶上沿及水平繞墻體壹周還有外凸的橘紅色裝飾線。門窗為半拱形木質結構，樓梯為木質結果，室內鋪有木質地板。屋頂為四坡形，由水泥方瓦鋪設，東西兩間房設有壁爐和煙囪。 金陵中學圖書館建於1892年，館藏基礎是匯文書院的舊藏。1951年，匯文書院收歸國有，館藏逐年增加，至1981年館藏達10萬余冊（其中古籍線書壹萬余冊），電子圖書館有12萬余冊圖書，報刊種類有壹百余種。1999年圖書館被江蘇省教育廳評為中學優秀圖書館。2000年圖書館被南京市教育局評為南京市中學示範圖書館。2003年圖書館被江蘇省教育廳評為江蘇省普通中學壹級圖書館。
圖書館分前後樓，前樓民國建築風格部分為師生***享書庫和教師書庫和圖書借閱處，後樓為學生期刊閱覽室和教師期刊及參考工具書閱覽室、古籍書庫。
1987年原址重建的圖書館前樓與原圖書館樣式相同。