巢元方約生活於隋唐年間，籍貫、生卒年均不詳，壹說為西華人。巢元方在隋大業年間(公元605—615年)醫事活動頻繁，任太醫博士，業績卓著。然而《隋書》無巢氏傳記，僅宋代傳奇小說《開河記》有壹段關於巢氏的記載。說隋大業五年八月， 開鑿運河總管患風逆癥，隋煬帝命太醫令巢元方往視得療。雖然巢元方的生平事跡缺乏史料記載而混沒於歷史的塵封中，但巢元方對於中華民族五千年文明的偉大貢獻，卻以他殫精竭慮主持編纂整理的中醫病因學巨著《諸病源候論》為載，而永垂史冊。
主要經歷隋朝，建立了中國歷史上最早的醫學教育“太醫署”，這也是世界文明史上最早見於記載的規模宏大的官辦醫學教育。隋王朝還組織海內學者廣泛搜集中醫藥資料，主要是歷代及民間方劑、驗方單方，卷帷浩大的大型方劑學著作《四海類聚方》2600卷編撰成書。由朝廷下詔，命巢元方主持編纂的中國第壹部病因征候學專著《諸病源候論》，就是在這社會時代背景下成書問世的。
著作《諸病源候論》。
學術內容 寄生蟲病寄生蟲病因證候的新發展《諸病起源論》對寄生蟲病發病原因、不同病的發病區域、各疾病的證候表現及對寄生蟲性狀、生活習性和侵入途徑等壹系列進行觀察記載，至今仍然具有大的領先意義。巢元方在論述血吸蟲病(古名為射工、溪毒、水毒等)時指出：血吸蟲病發病具有地域特殊性，參吳(江浙壹帶)以東、江南壹帶的山洞溪水、水澤沼地為該病流行區域。血吸蟲的生活習性發病季節，巢元方認為血吸蟲冬月蟄服土內，夏月在水內，人行水上及以水洗浴時易患病；雨水過大，便隨水流入人家。
發病季節多為春秋兩季，患者有疫區水域接觸的經歷。關於血吸蟲病的征候表現，在水毒、射工、溪毒、中水、溪溫等病名下均有描述，主要表現為初起寒熱惡冷、頭微痛、目眶痛、腹痛、心煩、洞泄、齒齦溢血，繼則飲食不入，神誌錯亂恍惚等等。並在當時可能實施的條件下提出壹獨特的診斷方法：以大蒜數升搗碎放入溫水中，令患者自浴，浴後遍身赤色斑紋出現者，即為血吸蟲感染。這方法以今天的角度來看，或許早已落後不足壹提，然而對壹千多年前的醫學及社會發展水平而言，是壹大膽的探索和可行的措施。關於沙虱(恙蟲病)感染人，巢元方指出系由於在疫區的山洞水澤中洗浴，或陰雨天行涉於草叢中，細不可見的沙虱便“著於人身”，“鉆入皮裏”。關於預防發病的方法，巢氏指出應以微火熏燎有可疑接觸史者全身，以期沙虱畏熱而自行墮地。在關於沙虱病的記載中，古老的以毒攻毒思想具有免疫學意義上的萌芽作用，巢氏提出在冬季將沙虱研為細屑，合麝香末塗於周身，以期預防日後發病。
疥瘡病
關於疥瘡病，經過詳盡地臨證觀察，巢氏對疥瘡的好發部位為手足之間，以後漸及身；致病原因為狀如水內疥蟲感染；疥瘡發病部位潰爛處可用尖細物挑出疥蟲；而治愈該病的關鍵在於蟲死病除等等，均有較為正準地論述。他指出感染途徑為身接；愈後善惡在於疥蟲侵入體內的數量及深淺程度；治療時可采用艾灸瘡面的簡便易行方法以殺滅疥蟲。腸道寄生蟲的記載關於絳蟲病，巢元方指出是由於食入不熟的牛肉導致發病。命名為“寸白蟲”，為九蟲之壹，每節長壹寸而形扁色白。或因食生魚飲乳酪而致使寸白蟲入侵內。關於蛔蟲，書中稱為“蛇瘕”，因蛔蟲形狀似蛇，發病時多纏繞成團而似瘕，成因在於飲汙井之水、吞蛇鼠之精等不良飲食習慣。巢元方在沒有任何可以借助的觀察檢測儀器的條件下，通過大量精細入微的臨床觀察和天才猜測，對於各種寄生蟲病的論述大都比較切合實際，以至在千余年後我們在了解了《諸病源候論》的這部分有關內容時，仍然深刻地感受到巢元方嚴謹的科學態度和不滅的理性光輝。
過敏性疾患對於過敏性疾患的認識：過敏性疾患，屬於免疫系統功能障礙導致的各種變態反應性疾病。在隋代，人們認識人體免疫系統狀態的能力還是非常有限的，而《諸病源候論》中關於“漆瘡”的描述，彌補了病因學在這壹領域中的空白。巢元方觀察到同樣接觸到漆，有人立即面癢，繼之胸、臂、腿及身各部均瘙癢腫起，凡以手搔之，紅腫迅速蔓延；重者通身瘡毒如豆或大如杏棗，膿腫熱疼痛；再次接，依然發病如初，這類人便是“稟性畏漆”者；而另有許多人終日燒煮漆，卻反不為之所害。巢氏認為這是在於人本性中對漆耐不耐之別的稟賦差，人無論男女大小，皆有耐漆不耐漆者。這對接觸過敏性病變的認識，尤其是對個體差異的認識，無疑是十分正確的。
關於過敏聯想到19世紀前後青黴素問世，而許多患者因未經過敏試驗便註射，以至引起過敏，甚至死亡的那段歷史，巢元方這壹觀察之精和分析之深刻便更令我們肅然起敬。關於生殖系統疾患，巢元方《諸病源候論》突出強調了男性不育癥的病因在於精冷精稀導致不育、精不射出導致不育，指明無嗣並非女方單方患病所致，這壹論述的意義遠遠不限於醫學治療領域。另外，關於婦女不孕，巢元方詳細列述病因，有風冷入胞、月經不利、腹部腫瘤、子宮脫垂等，以便醫家臨證詳審細分，對證治之。關於新生兒破傷風(臍瘡)和小兒先天性癲癇。《諸病源候論》中都予以具有進步性的闡述。對於各種臨床最為常見的內科雜病，巢元方也有更為詳盡的論述。
真心病如對“真心病”病因的介紹，巢氏指出：心之正經不可傷，傷之而痛為真心痛，朝發夕死，夕發朝死。更進壹步區別發病之愈後不同的原因，巢氏強調根本原因在於傷正經者速死，傷支別絡脈者乍間乍甚，故成疹不死———原因在於傷損動脈的大小主次之別。《諸病源候論》作為壹部研究諸病原因及證候的專著，自然不會忽略占病痛中相當部分的外科、傷科疾病。因而，書中大量有關外科手術、作科治療的記載，充分反映了隋代及其前期的中醫外科、傷科醫療水平。如書中記載對於開放性創傷創面異物去除必要性的認識：“金傷筋骨候”中強調只有清除異物，才能促進創口愈合；如碎骨或其他異物未除，便令人膿血不絕，痛煩不安；若箭鏃入內則必先拔出，而後敷藥方可合傷愈。這與當代創傷外科的清創原則是壹致的。
腸吻合術另外，《諸病源候論》還令人驚嘆地論述到腸吻合術的實施方法步驟、術後註意事項等。腸吻合術應和於腹部創傷腸管斷裂者，取斷腸兩端可見者，迅速以針縷如法，邊續斷腸，後取雞血塗於縫口上，勿令氣泄，推入腹內。術後護理重點在於二十日內研米粥飲服，不可飽食，術後百日方可正常進食。雖然我們不可能了解到這種腸吻合術如何消毒，如何抗感染等以及它的成功率有多高，只要想到這是公元7世紀的外科手術記載，便足以感慨不已了。更為驚人的是，《諸病源候論》還記載了大網膜的切除術，包括壞死的大網膜部分的血管結紮和大網膜部分切除術。采用生絲線將腹部外傷中受損的大網膜動脈結紮壹夜，造成供血區域的扇形壞死，次日將其壞死部分壹並切除；切除術後不可立即縫合腹腔，須將腹腔內血汁導出(引流)；縫合部有嚴格的縱橫、陰陽、逆順、緩急等層次區別，使腠理皮膚，復愈如常。這壹記錄證明了《諸病源候論》所介紹的外科腹部水平是公元7世紀人類外科醫學的最高峰。
臨床應用巢氏曾奉詔於大業六年(公元610年)編撰《諸病源候論》五十卷，分六十七門，載列證候1739論，分別列述了內、外、婦、兒、五官、口齒、骨傷等各科疾病的病因與證候，並討論了壹部分疾病的診斷、預後、以及預防、攝生、導引 *** 、外科手術等壹些治療方法。此書為中國第壹部中醫病因證候學專著，也是第壹部由朝廷 *** 撰作的醫學理論著作，在中國醫學史上占有重要地位，對後世影響十分深遠。
《諸病源候論》主要有以下特點：
1、書中主論病因證候，不載方藥：書中以病為綱，每類疾病之下，分述病證概念、病因、病機、和證候。收羅病證之全前所未見，對病因病理的闡述和對證候的描述具有較高水平。
2、發展了中醫病因學理論：提出“乖戾之氣”是傳染性疾病的致病因素，並提出預先服藥可以預防疫病感染。書中記載了多種人體寄生蟲病，詳述其形態及感染途徑；並提出疥瘡與疥蟲侵染有關；炭疽病為傳染所致；漆瘡系“稟性畏漆”引起的過敏；山區癭病是飲用了“沙水”致病。書中的許多新觀點和記載有較大進步。
3、在病理方面：書中對多種疾病的病變、轉歸有詳細記載和系統描述，突出了各病的特殊證候，在臨床鑒別診斷上有重要意義。
4、在證候分類學方面：對病癥分門別類，使之系統化。如婦產科分雜病、妊娠病、將產病、難產筆耕內、產後病五類。這種分類更加細致、明確，有利於臨床應用。
軼事典故隋大業五年(公元609年)主持開鑿運河工程的開河都護麻叔謀在寧陵(今河南境內)患風逆病，全身關節疼痛，起床即頭暈作嘔，諸醫診治無效。隋煬帝令元方前往診治。巢元方診後認為是風入腠理，病在胸臆。須用嫩肥羊，摻入中藥蒸熟食下則愈。麻叔謀依方配藥，蒸而食之，藥未盡而病愈。元方又囑其繼續服藥膳調理，可以防止疾病復發。
人物評價巢氏曾奉詔於大業六年(公元610年)編撰《諸病源候論》是我國歷史上第壹部專述病源和證候的書，書中雖沒有記載治法和方藥，卻有很強的資料價值，為醫者的案頭常備用書。書中記載了“疥蟲”是疥疤的病源，它藏在濕疥的膿疤中，可用針頭挑得，形似水中的蝸牛，其觀察十分細膩，也是病因學說在形態學上的壹大進步。書中對“絳蟲”也進行了比較詳盡的解說。其中講道：寸白蟲會壹段段的增生，逐漸長大達四、五尺長，這與現代醫學對絳蟲的描述十分接近，並且指出了這種病的發生與食用未熟的魚和牛肉有關。書中描寫了“漆瘡”，這是壹種發生在對漆敏感的體質的人身上的米粒樣的丘疹。當接觸到漆以後，只有這類人身上會出現，而其他人沒有，這也是最早的免疫學研究，可以說這時的病因學說，對於過敏的認識已經十分全面了。書中還對傳染病，如肺結核、天花、腳氣病等都有較詳細的記載，甚至提到了婦女人工流產。在養生方面，也很有真知灼見：文中提出刷牙是保證牙齒健康的關鍵。甚至還描寫了腸吻合手術的步驟、方法、縫合以及護理等。可見當時的外科手術也是比較發達的。
病源與證候是中醫辨證處方的重要依據之壹，該書內容豐富，描述詳盡，分析準確，明確易懂，是壹部不可多得的書。除此之外，《諸病源候論》還是壹部記載了當時醫學發展水平的重要著作，從該書所載的對於病因的認識方面的內容看，當時的醫學對於疾病的認識已經達到了全面周到、分析透徹的程度。也許是受到了文化導向的影響，醫學史上，多數醫家更加重視對於理、法、方、藥等方面的研究和著述，這方面的專著非常少。而《諸病源候論》內容的全面和周到恰恰彌補了這壹空缺，直到今天的醫學發展水平，它仍稱得上是壹部完備的好書。
後世影響《諸病源候論》是我國醫學史上第壹部系統總結疾病病因、病理、證候的專著，並對隋以後兩代醫學的發展都產生了巨大的影響。對祖國醫學的發展有突出貢獻，為歷代醫家所推重。 創“補養宣導”法。廣泛運用導引法於醫療。撰《養生方導引法》，論述壹千七百二十七鐘病候，大都附“補養宣導”法，“以代藥品”。如“風痹手足不隨候”，其“補養宣導”法：“左右拱手，兩臂不息九通，治臂足痛、勞倦、風痹不隨”。對發展醫療體操有積極貢獻。