後來因為僧人也逃離戰亂，洞穴頹廢，又被風沙阻隔，所以幽閉了近800年。清光緒二十六年(1900)，莫高窟道士王元率人“以流水疏通三層洞內之沙”，密室開始出現於世，史稱“藏經洞”。敦煌遺書中最大的文獻出土於藏經洞，尤其是歷史文化名城錦上添花。
也成為研究東漢、晉代、北魏、西魏、梁朝、北周、隋朝、唐朝、五代、北宋、西夏、元朝等各個朝代文明的重要資料。敦煌學者姜亮夫教授認為，“敦煌寫本展現了整個中國文化”。
第壹個發現敦煌遺書重要價值的人是中國墓誌銘學家葉。在石喻，他不僅記錄了莫高窟的碑文，還對敦煌遺書作了頗有創見的闡釋。洞內發現了數萬部古代佛經、道經和世俗文獻，是研究中國兩千年來學術文化發展的珍貴文獻。歷史積累的文章最終會成為後人的財富，這真是中國和世界學術界的壹大幸事。？
在敦煌石窟的秘窟中，有最多的佛教典籍，還有天文、歷法、歷史、地理、地方誌、典籍、醫書、民俗、書籍、詩詞歌賦、方言、遊記、雜文、學習書籍，成為許多物質文明和精神文明的重要依據和補充參考，其中的主要部分是傳統文獻所沒有的信息。因此，它被認為是中國文化史上的四大發現之壹。
敦煌遺書多為漢文，也有藏文、回鶻文、西夏文。蒙古語、粟特語、突厥語、於闐語、梵語、土霍洛語、希伯來語等古代民族語言成為研究這些古代民族語言、民族歷史、宗教和文化的寶貴資料。它還具有民族學價值和國際意義。
敦煌遺書以卷軸為主，有梵、折、蝶、冊、單頁等多種形式，還有壹些拓本、印本、繡本，是書籍發展史、書籍裝幀、印刷史上不可多得的實物資料。還有更多的材料，就像埋在沙礫裏的珍珠，需要有見識的人去發現和驗證。