醫家氣功的運氣法，很註重貫氣。貫氣是壹種把氣由上往下引、往下降，使濁氣下降的壹種運氣法。練功開始的時候，用意念或加上手勢，引導氣息由上而下，從頭到腳運行，意想濁氣從腳底而出。這樣連續做三至五次，可使全身放松，對高血壓患者效果尤佳。
運氣還可以打通周夭。練功開始，內氣發動於丹田，產生壹股熱流，用意念控制它，讓它從丹田下伸至會陰，再向後經尾閻，循督脈向上，經命門、夾脊、大椎、玉枕，直上百會，然後下行經神庭、印堂、鼻準、廉泉，沿任脈而下膻中，回到丹田。這樣沿任脈、督脈循環，就是小周天運氣法。
練功到壹定程度，意氣相隨，可以通過意念引導，使腹部丹田之氣上通至頭頂百會，再從百會下通至丹田及會陰。丹田又稱“中宮”，引氣由百會直通會陰，所以稱作“中宮直透法”。這種運氣法，是根據氣機運轉規律，以意引氣。吸氣時，引氣由會陰經丹田至百會，呼氣時，引氣由百會經丹田至會陰。這樣壹呼壹吸，中宮上下直透。這種運氣法，對調動人體的精、氣、神，都有很好的效果。