講道理說，既然吳三桂能帶著清兵入關，滅掉南明。那麽壹部分蒙古人憑什麽就不能背叛元朝，幫助明朝推翻元廷呢？並且，實事求是的說，當時的蒙古人除了向明朝歸順以外，貌似也沒有別的更好的選擇了。
元朝末期，蒙古人其實活的很痛苦。元廷中央政府因為圍剿紅巾軍不利，其統治陷入了壹個惡性死循環。
大致的邏輯是這樣的：紅巾軍起義→元廷派兵鎮壓→紅巾軍暴揍元軍→元廷放權→地方實力派自練武裝→紅巾軍被軍閥擊敗→元廷中央收權→地方實力派拒絕中央收權→元廷和地方實力派內訌→紅巾軍趁元廷內訌再度復蘇→朝廷再次向軍閥妥協→紅巾軍被軍閥再次擊敗→元廷中央再次收權→中央和地方繼續內訌→紅巾軍趁元廷內訌再度復蘇。
然後，元廷再度放權，再度跟軍閥死磕，這個死循環就繼續不停的循環下去。
在這個死循環下，元廷、紅巾軍、地方實力派都是對立的。而蒙古人則很倒黴。因為在鎮壓紅巾軍的過程中，有壹部分蒙古人完全不知道自己該幹嘛。打的太賣力，會受到猜忌；打的不賣力，也會受到猜忌。
最後的結果就是兩條選擇——要麽同意朝廷的削藩，向朝廷卸甲交權；要麽跟漢人勢力合作，可以繼續保留兵權。
有些蒙古人為了自保，自然而然的就倒向了反元勢力。
當然了，這些早期因為受猜忌而不得不向元廷倒戈壹擊的蒙古人，畢竟只是少數。絕大多數歸附大明，背叛大元的蒙古人，其實都是後來在朱元璋北伐期間，陸陸續續向大明歸附的殘兵敗將。
說到這裏，就要講壹下朱元璋北伐前後，蒙古人的稀爛表現了。
1363年，朱元璋全力和陳友諒決戰，南北紅巾軍大PK，這個時候本來是元軍南下，剿滅朱元璋、陳友諒等反元勢力的大好時機。然而恰恰就在此時，元廷內部也內訌了。
這壹次內訌不是元廷和軍閥的內訌，而是元朝朝廷的內訌。
簡單點說，就是元廷帝黨和後黨的壹次攤牌式的內鬥。而因為這場內鬥，又連鎖反應的引發了孛羅帖木兒與擴廓帖木兒之間的大混戰，導致元朝元氣大傷。
具體的說，就是元廷的奇皇後和高麗籍宦官樸不花，聯合後黨成員搠思監，準備逼元順帝退位。而要逼順帝退位，就要扳倒在大都附近擁有強大實力的孛羅帖木兒。於是他們就迫使順帝下旨，削奪孛羅軍權官職，並命擴廓帖木兒（就是王保保）討伐。由此引發元廷內訌。
這壹場內訌，直接引發了元廷和擁元各派之間大戰。戰爭打了兩年時間，
最後王保保擊敗孛羅，成為元朝最大的軍閥，擁兵幾十萬鎮守河南。無論是順帝黨還是皇後黨，都無法指揮王保保。
成為最大的地方實力派後，王保保決定吞並陜西。他以南征為名，征調割據陜甘壹帶的漢人擁元軍閥李思齊，張良弼，孔興等人的部隊去到河南。打算來個調虎離山，占據關中平原。
李思齊那幫人精心知肚明，哪裏會看不出王保保的詭計？於是，這幫割據陜西的地方實力派也不甘示弱，他們集合幾路大軍，就打算開出潼關跟王保保開戰。
當時正好是朱元璋滅張士誠的關鍵時刻。如果元軍不內訌，而是南下，朱元璋肯定不會那麽容易就滅了張士誠。但是朱元璋命中由福氣。他在蕩平張士誠期間，元軍硬是沒有南下打他。
在朱元璋滅了張士誠後，元順帝眼瞅著王保保不南下，反倒和李思齊鬥，大為不滿。就下詔給王保保，免了他的壹切職務。
王保保不甘示弱，元順帝免他的職，他就帶著兵馬退居山西，直接殺了元朝官員，在山西明目張膽的搞割據。
元順帝大怒！下聖旨，調集天下兵馬，準備討伐王保保。
但是轉過年，就是1368年了——是的，朱元璋要北伐了。
1368年，徐達、常遇春率兩路大軍北伐。明軍先攻山東，取得大勝。
就在明軍初戰大捷時，元朝方面的元廷、王保保、李思齊，居然還在三方混戰。
後面的事情，不用多說也猜的到了。明軍壹路北上，直指大都，可元軍內部的實力派卻繼續搞內訌，坐視明軍取大都。
最狠心的就是王保保。當明朝北伐大軍渡過黃河，元順帝向他服軟，求他救駕時，他居然接了聖旨，卻不附旨意，駐兵山西，坐觀元廷繼和明軍交戰。直到元軍戰敗，徐達大軍攻入大都，元順帝北逃上都後，他才調集大軍和明軍開戰。
元順帝北逃後，蒙古人面臨了壹個做三選壹的抉擇：要麽隨元順帝壹起北逃，要麽跟隨王保保搞割據，要麽倒向明朝。
最後，只有六萬戶陪元順帝壹起北上，基本上沒有人跟著王保保。剩下絕大部分的蒙古人都投降明朝。
至於說大部分蒙古人為什麽要投降大明，道理很簡單。因為元朝已經爛透了，跟著元順帝會被王保保揍，跟著王保保又會被元順帝揍。大家都是蒙古人，但內訌掐架的時候打的比漢人還狠。這麽險惡的環境，讓普通的蒙古人怎麽還敢跟著順帝或者王保保混？
並且明朝有錢，蒙古人跟著明朝混，生活待遇明顯更高。況且，明朝缺乏騎兵，蒙古騎兵是明軍不可或缺的壹股力量。普通蒙古人此時倒向朱元璋，明顯比跟著元順帝和王保保要來的安全和實際。
總的來說，歸順明朝的蒙古人，並非是不認可自己的蒙古人身份。他們只是根據當時的實際情況，認為跟著明朝比跟著北元，前途會更好壹點而已。如果壹旦能自立，很多蒙古人還是會選擇脫離明朝。比如明初歸降的蒙古兀哈良三衛在朱棣時期取得半割據權限後，立馬就脫離了明朝，在大寧衛割據了兩百年，奠定了後來漠南蒙古的雛形。