苗族人虔信巫術。主要的巫術活動有過陰、占蔔、神明裁判、祭鬼等，此外還有蠱術等。巫術活動由巫師主持。巫師大多是非職業化的。他們在前述各種原生性崇拜和巫術活動中起著主持者的角色，有的地方巫師還兼任寨老。巫師除了熟悉祭祀方法外，大多還能講述本宗支的譜系、本民族重大歷史事件和遷徙來源的路線，熟悉各種神話傳說、古歌古詞和民間故事，有的巫師還兼有歌師和舞師的職能。所以說，巫師是苗族傳統文化的重要的傳承人，在苗族社會中充任知識分子的角色。此外，巫師還掌握壹定的醫術，懂得壹些草藥，在為人驅鬼的同時，輔以科學的醫藥手段。
瑤族的宗教信仰比較復雜，有些地區原始的自然崇拜、祖先崇拜或圖騰崇拜占有壹定地位；有些地區則主要信奉巫教和道教。