凡是有歷史文物性、學術資料性和藝術代表性並流傳較少的古籍，年代下限大致斷至清代乾隆以及在此之後辛亥革命前有特殊價值的刻本、抄本、稿本、校本，都作為善本在收錄之列。編排方法基本按四部分類法排列，並增設叢書部，故分為經、史、子、集、叢書五部。1989年上海古籍出版社出版了經部，叢書部和史部分別於1990年和1992年出版。著錄項目有書名（含卷數）、著者和著作方式、版本等。每部書均有編號，書末附藏書單位代號及檢索表，並另編書名、作者、版本、批校題跋者索引。