目錄學
余嘉錫是中國近現代歷史上著名的文獻學與目錄學家，他壹生治學的主要方面就是繼承乾嘉文獻考據學的傳統，以目錄學為治學之鈅，重視掌握目錄以求博通群書。他壹生讀書涉獵極廣，自稱：“史、子兩部，宋以前書未見者少；元明以後，亦頗涉獵。”（見《四庫提要辯證》序錄）他的書齋名“讀已見書齋”，主要以明清精刻本為主，但他對傳世典籍閱讀之廣，鉆研之深，分析之細微，考辨之切當，都是超越前人的。，尤其是壹部歷時五十余年創作的八十萬字的《四庫提要辨證》，聲振國內外，被譽為“是壹部從微觀角度研究中國古籍的著作”。
余嘉錫在總結前人研究成果的基礎上，充分肯定並發揚了目錄學“辨章學術，考鏡源流”的傳統，進壹步提出了“目錄者學術之史”的觀點，並明確提出了目錄學必須要“辨章學術，考鏡源流”，才能實現它存在的意義。在這壹思想指導下，余嘉錫對目錄學的意義和功用、目錄種類的劃分、體例的編制、目錄的源流及分類均作了精辟的論述。
作為壹位歷史文獻學家，余嘉錫取得的成就是巨大的。他的目錄學思想深得傳統目錄學精髓，高度概括了目錄學在學術史上的功用，形成了壹套自成體系的目錄學理論，對後世影響很大。與此同時，他在考據學方面也取得了顯著的成績，他重視利用版本、校勘之學對史料、史事進行考據，其所著《四庫提要辨證》，既是目錄學巨著，也是考據學的壹部力作。余嘉錫還專門寫了《古書通例》壹書，對古籍體例作了深入研究。開拓了以史治小說的考據之路，並利用小說戲劇能寓教於樂的功能，使民眾在娛樂的同時了解了歷史。 余嘉錫先生的藏書，由其子余遜的夫人徐孝婉女士捐贈給北大歷史系，現藏中古史研究中心圖書館，約有18000余冊。這些書中保留了大量余嘉錫先生的批註，極具收藏與研究價值。
余嘉錫先生的藏書，雖並不以稀有版本為特色，但其收羅之廣，且堅持讀書校書的研究方法，在書中保留了大量批註，無疑是學術研究史上的寶貴財富。將余嘉錫先生的藏書整理出版，對於繼承其研究傳統，了解其學術視野和研究方法，從而更加弘揚中國古文獻學和目錄學的研究，都具有重要的意義。 專 著
1、《四庫提要辨證》有1937年7月自印本（僅史、子兩部提要）。1958年10月科學出版社正式出版，1980年5月中華書局有標點本。
2、《目錄學發微》1963年3月中華書局出版，1991年5月巴蜀書社重印。
3、《古書通例》1985年上海古籍出版社出版。
4、《世說新語箋疏》1983年8月中華書局出版。
5、《余嘉錫論學雜著》（上、下）1963年1月中華書局出版。
論文
1、《聚樂堂藝文目錄考》《圖書館學季刊》2卷第3期。1928年9月。
2、《目錄要籍解題》《北平圖書館月刊》4卷2期，1930年1月。
3、《古籍解題》《師大國學叢刊》1卷1期，1930年11月。
4、《北周毀佛主謀者衛元嵩》《輔仁學誌》2卷2期，1931年9月。
5、《晉辟雍碑考證》《輔仁學誌》3卷1期，1932年1月。
6、《水滸傳宋江平方臘考》《清華周刊》37卷9、10期，1932年5月。
7、《書冊制度補考》《文獻特刊》，1935年10月。
8、《牟子理惑論檢討》《燕京學報》20期，1936年12月。
9、《小說家出於稗官說》《輔仁學誌》6卷1、2期，1937年6月。
10、《論校勘學之起源》天津《益世報》人文周刊3期，1937年7月15日。
11、《寒食散考》《輔仁學誌》7卷1、2期，1938年12月。
12、《宋江三十六人考實》《輔仁學誌》8卷2期，1939年12月。
13、《漢武伐大宛為改良馬政考》《輔仁學誌》9卷1期，1940年6月。
14、《駁蕭敬孚記皇甫持正集舊鈔本》《圖書季刊》新2卷2期，1940年6月。
15、《殷蕓小說輯證》寫於1942年，後收入《余嘉錫論學雜著》。
16、《疑年錄稽疑》，《輔仁學誌》10卷1、2期，1942年12月。
17、《楊家將故事考信錄》《輔仁學誌》13卷1、2期，1945年12月。
18、《謝承後漢書傳本之有無》《經世日報》讀書周刊第5期，1946年9月11日。
19、《洪亮吉之地理學》《經世日報》讀書周刊第7 期，1946年9月25日。
20、《水滸傳之俗語》《經世日報》讀書周刊第9期，1946年10月9日。
21、《楚辭釋文考》《大公報》（上海）文史周刊第4期，1946年11月6日。
22、《荀子性惡篇“偽”字解》《經世日報》讀書周刊第18期，1946年12月11日。
23、《張籍之裏貫及其病眼之時間》《經世日報》讀書周刊第53期，1947年8月20日。
24、《太史公書亡篇考》《輔仁學誌》15卷1、2期，1947年12月。25、《釋傖楚》《史語所集刊》20本下冊，1949年12月。
序跋
1、《新續古名家雜劇跋》寫於1928年12月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
2、《書儀顧堂題跋後》寫於1929年4月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
3、《王西莊先生窺園圖記卷子跋》寫於1932年6月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
4、《跋施愚山試鴻博後家書》寫於1933年11月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
5、《漢池陽令張君殘碑跋》《輔仁學誌》4卷2期，1934年6月。
6、《巴陵方氏藏書誌序》《北平圖書館館刊》8卷6期，1934年12月。
7、《跋王石·父子手稿》1935年5月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
8、《積微居小學金石論叢序》見楊樹達《積微居小學金石論叢》，商務印書館，1937年。9、《書章實齋遺書後》《圖書季刊》新2卷3期，1940年9月。
10、《述也園舊藏古今雜劇序》寫於1940年12月，後收入《余嘉錫論學雜著》。
11、《跋李文公集》《大公報》（上海）文史周刊第4期，1946年11月6日。
12、《書晉書桓玄傳後》《大公報》（上海）文史周刊第6期，1946年11月20日。
13、《黃顧遺書序》《經世日報》讀書周刊第22期，1947年1月8日。
14、《跋舊抄本中興館閣錄》《經世日報》讀書周刊第26期，1947年2月12日。
15、《藏園群書題記序》《經世日報》讀書周刊第35期，1947年4月16日。
16、《四庫提要辨證序》見《四庫提要辨證》，科學出版社，1958年。
另：余先生《內閣大庫碎金跋》及《王覺斯題丁野鶴陸舫齋詩卷子跋》二文的寫作時間及最初發表刊物未詳。