校本部圖書館內設辦公室、采編部、流通部、閱覽部、參考咨詢部、自動化部和醫學文獻檢索教研室等功能部門。自1998年開始業務管理全部實現自動化，2000年開始使用北郵電信的MELINETS圖書館自動化管理系統。
校本部圖書館有良好的網絡應用環境，設立了擁有100臺PC機的電子閱覽室，其他閱覽室和自習區均配備了大量的網絡端口和電源接口，讀者在這裏可以很方便地接入互聯網、查詢館藏信息、或使用各類專業數據庫等。圖書館每天24小時不間斷地提供網絡信息服務，師生可以在校園網上的任意客戶端自由訪問各種數據庫資源或自行預約和續借圖書。
圖書館還將引進與開發相結合，建設了網上選書系統、虛擬參考咨詢系統、學術資源門戶網站Metalib/sfx、研究生學位論文庫、中醫古籍庫與解剖資源庫等特色平臺和數據庫，形成了較為完善的網上信息服務體系。
圖書館是大學的文獻信息中心，是知識的寶庫，追求理想的良師益友，是提高素質、增長才幹、了解國內外科技發展的信息源，是大學生學習的第二課堂。