閹割的過程相當殘酷，被閹割的人會因為失血過多或者太痛苦而長期昏迷。止血消炎的措施也很簡單，就是“用灰和火來治”。二是用尖刀切開陰囊，剝去睪丸。顯然，這種方法閹割並不需要完全切除生殖器官，但也能達到目的。洪邁《簡毅誌》卷八記載了這壹方法。另據記載，古代有所謂的“綁法”和“揉法”。前者是男孩年幼時，從生殖器“睪丸”根部用麻繩紮死，既不影響尿溺，又妨礙生殖器的正常發育。久而久之，男孩的生殖器就會失去功能。後者是男孩小的時候，壹個懂得這種方式的人每天輕輕捏住他的睪丸。逐漸適應後，他會加大手的力量，直到睪丸被壓碎。但如果睪丸被割掉或壓碎，如果已經發育，雖然可以完全避免授精，但其性欲和與宮廷淫亂的能力在壹定時期內仍會存在，甚至有的人會更強更持久。所以古代的太監都是用“千方百計”的方法，把自己的生殖器全部割掉。
在古代醫療技術相對落後的條件下，閹割死亡率相當高。明朝天順年間，鎮守湖廣貴州的宦官阮讓，壹次性挑選出1565名被俘苗童，全部閹割，準備交給朝廷。但由於手術殘忍，醫療技術條件差，從阮讓閹割幼童到開庭審理的短短時間內，就有329名幼童因疼痛和疾病而死亡。後來阮讓又買了壹批幼童，閹割了，以彌補死亡人數，呈獻給朝廷。阮讓前後閹割幼童1894人，死亡率接近20%。如此集中大量的死亡，顯然與閹割手術失敗或術後並發癥有關。
歷代古籍壹般都會記載閹割的具體情況。清末，壹些來到中國的歐洲人對中國不同於西方的宮廷文化產生了興趣，並詳細描述了閹割手術。但這些描述多為道聽途說，遠不如清末宮廷宦官基於親身經歷的回憶詳細，其可行性也值得懷疑。據晚清宦官回憶，京城有名的宮刑世家有兩個，被稱為“工廠”:壹個是南長街會計部加比；另壹個是地安門外磚胡同的“小刀劉”。主持的都是朝廷認可的傳家寶，被稱為“刀匠”。據說這兩個家族都有自己獨特的技能，但是他們的技能從來沒有暴露過，只是傳承給了世代相傳。
潔身需要選擇合適的季節，最好是春末夏初。溫度不高不低，沒有蒼蠅蚊子，因為術後壹個月左右下半身不能穿衣服。手術前，自己清洗的人需要經過必要的程序，其中的關鍵是締結壹份生死文書，並邀請三位學長和四位學弟作為推薦人，聲明願意自己清洗，無論生死，以免日後麻煩和官司。當然是要收費的，但是凈身大部分都是窮人家的，壹時半會兒也未必能拿到很多錢，等他們在宮裏發財了以後再年復壹年的交。這些也需要在文件中寫清楚。但是有兩樣東西是壹定要帶的。壹種是給刀匠的禮物，壹般是豬頭或者雞，外加壹瓶酒。第二，行動中使用的物品包括30公斤大米，幾筐玉米棒，幾擔芝麻桿和半刀足夠的紙。其中大米是幹凈人壹個月的口糧，玉米棒子用來取暖，芝麻稈燒成灰後墊炕，窗紙用來糊窗，避免手術後受風。刀匠要準備兩個新鮮的豬膽、臭麻湯和稻草。豬膽有消腫止痛的作用，術後敷於傷口；臭麻湯有很多作用。術前喝壹碗，讓人迷糊，起到麻醉作用。術後飲用使操作者腹瀉，從而減少尿液排泄量，保證手術成功。吸管的作用不言而喻，就是術後插入尿道。
手術過程中，除了主刀醫生，壹般還需要三四個助手。被閹割的人需要以半臥的姿勢仰臥在床上。幾名助手用白布將他的小腹和大腿上部綁住固定，然後有人負責按住他的腰腹，還有人用“辣椒湯”將閹割的部分清洗幹凈並消毒。閹割用的手術刀是鐮刀形的彎曲鋒利的刀片。據說是金銅的合金做的，可以防止術後感染。但使用時通常沒有特殊的消毒措施。它通過在火上烘烤來消毒。這壹切做完後，外科醫生用鐮刀形的彎刃把被閹割者的陰莖和陰囊割下來，通常分兩步:第壹步，割睪丸。在氣球的左右兩邊切壹個很深的洞，剪斷肌腱擠出睪丸。這就需要閹人者挺直身體，用力鼓起肚子。睪丸會用盡全身力氣擠出來，制刀人會在氣球左右兩邊粘壹塊豬膽。
第二步，割陰莖。這需要相當高的技術。如果切得淺，會留下更多的潛力。以後裏面脆弱的骨頭會鼓出來了，壹定要補第二刀，也就是宮裏俗稱的“刷胡茬”。如果切得深，日後愈合後會塌陷，形成坑狀，小便時呈扇形，生活不便。宮裏的太監十個有九個有尿襠的問題，這是宮刑的後遺癥。陰莖切下後，要插入壹根大麥稈，再將另壹個豬膽劈開，呈蝴蝶狀敷在傷口上。據說也有壹些人把栓劑形狀的白蠟針插入尿道，用浸過冷水的紙蓋住傷口。這大概是不同清理地點的技術差異吧。
手術後，被閹割的人必須在壹個人的幫助下在室內行走兩到三個小時，然後他可以仰臥休息。手術後三天是閹割者最難熬的時候。在這三天裏，他們躺在特制的門板上，手和腿被鎖牢牢綁住，根本無法動彈。主要目的是避免接觸傷口以避免感染。門板中間還有壹個帶存水彎的小洞，方便排便。當時沒有很好的止痛消炎手段。為了避免傷口感染，嚴禁喝水，可謂是壹種異常的疼痛。三天後拔出灰針或吸管，可以排尿，手術成功。不過，苦難還沒過去，最重要的還是自己拍腿。每扇壹巴掌，心都碎了，肝也碎了，全身發抖，但閹割是必須的，否則可能導致佝僂病，壹輩子都直不起來，只能忍受這種劇烈的疼痛。之後的調養期還需要100天左右。
每個被閹割的男人無壹例外都經歷過痛苦的折磨。這個過程是如此的殘酷和痛苦，被閹割的人壹輩子都會記得。晚清宦官馬德清晚年回憶說:
那時候沒有麻藥，沒有註射針，沒有止血藥等等...壹個活潑的孩子按在那裏，把他致命的器官從他身上割下來，那該是多麽痛苦啊！壹脈通心，心疼得差點從嘴裏蹦出來...手術後我需要在尿道上插壹根管子，不然肉芽會長死，尿不出來，還得二次手術。後來聽知道這種方法的人說，切掉那個東西後，傷口不能很快結疤...所以要經常換藥。說實話，醫學在哪裏？它只是塗有白臘、香油和胡椒粉的棉紙。每次換藥都疼的要死。
被切下來的陰莖被稱為“寶藏”，壹般情況下，制刀者確實會像藏“寶藏”壹樣藏起來，但被洗凈的人無權取回。“寶”經過刀工加工後，壹般會裝入“盛”中，用紅布包裹，小心翼翼地放在室內高處，稱為“高升”，寓意升官發財，以此來祝願清廉之人未來好運，步步高升。等將來清凈人發財了，贖回了自己的“財寶”，制刀人就可以借機丈量錢財，索要了。贖回自己的財物，被宦官稱為“骨肉還鄉”。對他們來說，這是他們壹生中最大的喜事，儀式非常隆重，就像迎接新娘壹樣。也有凈身者家屬保存的案例。以前農村的窮人家無非是房梁，就把他們掛在房梁上，每年養著祝他們的孩子在宮裏“步步高升”。
留“寶”的原因有三:壹是在宦官升官時查驗宦官，以證明宦官的身份，通常稱為“鑒寶”；第二，將來宦官死後，要把“寶”放在棺材裏，壹起埋葬，因為宦官希望去另壹個世界或投胎轉世時，給男人恢復本來面目；第三，在中國的傳統中，有壹種父母深受身體影響的觀念。宦官作為刑罰的幸存者，不孝，因為不能傳宗接代，就更加不孝。所以，把“寶”保存起來，死後隨棺隨葬，也是壹種心理補償。
特別需要指出的是，雖然閹割是成為宦官的必要前提，但並不是每個被閹割的人都能順利入朝，歷朝歷代都有嚴格的選拔制度和程序。但是，不管進不進朝廷，被閹割的人從此開始了完全不同的人生。正因為如此，他們普遍認為人生所有的悲歡離合都是從閹割之日開始的，閹割之日成為其新的生日，未來的算命也是基於天幹地支，誰被閹割了。