龔廷賢著有：《種杏仙方》4卷(1577)、《萬病回春》8卷(1587)、《復明眼方外科神驗全書》6卷(1591)、《雲林神彀》(1591)、《魯府禁方》4卷(1594)、《壽世保元》10卷(1615)、《小兒推拿方脈全書》3卷(1604)。尚有《醫學準繩》4卷、《濟世全書》8卷,《痘疹辨疑全幼錄》3卷,《本草炮制藥性賦定衡》13卷等。亦托名為龔氏所撰。
上述著作中。《萬病回春》和《壽世保元》流傳最廣。