成書過程
北魏末年的史官崔鴻私下撰寫《十六國春秋》，當時北魏遷都洛陽，書籍“率多分散”，他只好“求之公私，驅馳數歲”，又“約損煩文，補其不足” 。正始三年（506），《十六國春秋》初稿大部完成，但仍缺“蜀錄”。崔鴻又花了十余年時間訪求常璩所撰《蜀書》。正光三年（522），終於全書寫畢。《十六國春秋》成書壹百卷，“十六國”之名因《十六國春秋》壹書而得名。但本書雖然完成，卻又因故未敢刊印。直到北魏孝莊帝永安元年（528），其子崔子元將《十六國春秋》繕寫壹本，奏獻朝廷，藏於史館。
散佚
北宋初編成的《太平禦覽》仍大量抄錄《十六國春秋》 。此書在北宋中期已經殘缺不全 ，剩二十余卷，司馬光修《資治通鑒》時曾引用 ，但已非全書，故如無《資治通鑒》，今人難以窺得五胡亂華全貌。《崇文總目》已不列其名。 《十六國春秋》突破既往傳統，將各國國書改名為“錄”，各國主紀改名為“傳”，“不附正朔，自相君長” ，記錄各國史事時，系以各自之年號。各國國主之事跡，則按正史本紀之體例，不采用漢民族之“貴中華而賤夷狄”觀念。又有序例、表、贊，體例完備。
此書歷史地位很高，後來的魏收編寫《魏書》，唐朝時編修《晉書》，都將此書作為重要參考資料。 劉知幾評價，“（崔鴻）考核眾家，辨其異同，除煩補闕，錯綜綱紀，易其國書曰錄，主紀曰傳，都謂之《十六國春秋》，……由是偽史宣布，大行於時” 。唐初修《晉書》大量采錄《十六國春秋》的本文。
趙翼稱唐修《晉書·載記》，“尤簡而不陋，詳而不蕪，視《十六國春秋》不可同日語也” 。