東漢末黃巾大起義，經過了十幾年的秘密準備，但起義後僅歷經9個月的時間，主力就遭到徹底失敗，究其原因：
其壹，黃巾軍面對的敵人強大。起義爆發後，鎮壓黃巾軍不僅有龐大的東漢官軍，而且還有各地豪強的大小武裝，他們面對的是整個地主階級的瘋狂鎮壓，最終寡不敵眾，終於失敗。
其二，由於起義計劃被叛徒出賣，使起義不得不倉促發動，各地起義軍之間的相互配合發生了極大的困難。尤其是洛陽起義流產，使東漢政府解除了後顧之憂，得以全力鎮壓外圍起義軍。
其三，農民起義的歷史局限性。從主觀方面來說，黃巾軍缺乏有戰略頭腦的軍事領袖人物，其起義計劃的制定極不完備，起義後各地起義軍沒有迅速地集結起來，而是分散在各地孤立行動，甚至不進行相互支援配合，終於被官軍各個擊破。同時起義軍首領缺乏軍事指揮才能，張角、張梁、張寶、波才、張曼成、趙弘、韓忠等，個個都是只知固守壹城壹池，或久圍堅城，與東漢軍拼消耗，不懂得運用靈活的戰術戰法，取得主動，始終被動挨打，直至失敗。
其四，東漢派來鎮壓黃巾起義的將領，如皇甫嵩、朱儁、曹操等都是壹些能征善戰的悍將，他們的統兵作戰的能力，軍事指揮的才能、戰術計謀的運用，都高於黃巾軍首領，因而往往能夠以少勝多，以弱勝強，最終擊敗黃巾軍。
其五，黃巾之亂雖然開始是農民起義，但是在起義後完全背離了剛開始時的宗旨，比當時的官府更瘋狂地殘害農民，失去了農民擁護的基礎，完全化為壹股盜匪，得不到廣大人民群眾的擁護，再加上官府的鎮壓，最終失敗。 黃巾之亂對於東漢末年的政局產生了深遠的影響。為了盡快平定戰事，中央下放軍權至地方，使得黃巾之亂無法快速蔓延至全國，減緩了東漢覆亡的危機。但是卻造成了地方輕視中央，使得具有野心的將領或官員借著在黃巾之亂中擁有的兵力割據地方，為東漢末年軍閥混戰揭開了序幕，更為三國分立種下遠因。在農民起義的打擊下，腐朽的東漢王朝名存實亡，並最終走向了滅亡。
黃巾起義，是我國歷史上第三次全國規模的農民革命戰爭。比起秦末、西漢末兩次起義，這是壹次有周密計劃、有長期準備、有明確目標的農民起義。同時，這次起義不再利用某些統治者的旗號，而是公開提出“黃天當立”的口號，表明了農民起義有了新的發展。這表明，起義更縝密，因為領導人大部分為農民，極大的動搖了頑固派的利益，以楊維旭為代表的富人便支持政府，抗壓黃巾軍
黃巾農民起義戰爭的成功經驗，主要表現在：第壹、它提出了明確的鬥爭目標，即消滅東漢政權，建立自己的統治，這對號召和團結人民參加起義起到了重要的作用。第二、利用宗教形式進行起義的宣傳和組織工作，麻痹了官府，積蓄了力量，為舉行起義作好了比較充分的準備。第三、起義計劃制訂得比較周密、具體。所謂“內外俱起”、“八州並發”就反映了這壹特點。盡管後來由於叛徒的告密，使這壹起義計劃的實施遇到很大的困難，但經張角果斷處置，它基本上還是得到了落實，從而給東漢王朝予沈重的打擊。第四、鬥誌堅決，寧死不屈，敢於攻堅，勇於犧牲，以此向天下昭示了起義將士的鬥爭精神和高尚氣節。
黃巾農民戰爭失敗的教訓同樣是非常深刻的：壹、它沒有遠大的戰略眼光，因此提不出更具體的策略方針；二、它沒有建立起後方基地和有組織的戰鬥部隊，因此部隊保障受到限制，戰鬥行動受到掣肘；三、它缺乏統壹的指揮和互相的配合，各自為戰，因此造成戰區上的孤立、分割態勢，以致為敵占優勢的主力軍所各個擊破；四、它不懂得在敵強我弱形勢下采取運動戰、遊擊戰等機動作戰形式的重要性，因此熱衷於城池的攻守，將起義軍主力膠著於壹地，同敵人打硬仗、拼消耗，直至耗盡自己戰鬥力而被擊敗。所有這些，都是起義軍在戰略上和作戰指導方面的嚴重失策，也是直接導致這場轟轟烈烈的農民革命戰爭不幸失敗的主要原因 。
黃巾起義和在它影響下的各族人民起義，持續了二十多年。由於起義農民本身的弱點，起義被殘酷鎮壓，但在農民起義的打擊下，腐朽的東漢王朝已名存實亡。