近現代因為《永樂大典》的散失，能夠利用的只有區區400冊，但仍然取得了較好的成績。特別是民國間國立北平圖書館的趙萬裏在1928年到國立北平圖書館工作後，就開始了對《永樂大典》的輯錄工作，輯錄了《陳了翁年譜》，還以多年功力，從各種載籍中搜求逸佚，編纂成《校輯宋金元人詞》73卷，其中采用《永樂大典》佚文頗多。趙萬裏和陳恩惠等人，在日據時期十分困難的條件下堅持輯錄工作，他們發現《四庫全書》中的若幹種《永樂大典》輯本與現存《永樂大典》原本文字有出入，根據當時陳恩惠建議，把《永樂大典》輯佚工作列入工作計劃中。陳恩惠具體負責核對《四庫全書》。由趙萬裏將佚文確定後，雇請兩位抄寫人員進行抄寫，輯佚工作進行了6年，輯出史部、子部、集部，特別是方誌、文集等總數達213種。其中的《元壹統誌》、《析津誌輯校》、《薛仁貴征遼事略》等後來都經過再輯得以出版。這時期的輯佚還有郭沫若的《大德南海誌》、錢南揚的《永樂大典戲文三種校註》、欒貴明的《四庫輯本別集拾遺》等。
《元壹統誌》
元代地理總誌《元壹統誌》原書近800卷，記載元代地理疆域沿革、山川、湖澤、物產、土貢等，是研究元史的重要資料。趙萬裏從1944年開始，從《永樂大典》中輯出《元壹統誌》佚文，又從元至正刻本殘帙輯出傳錄的《元壹統誌》2冊，從常熟瞿氏藏抄本輯出傳錄的《元壹統誌》2冊，從吳縣袁廷梼家抄本《元壹統誌》輯出殘帙1冊。由於其他原因，《元壹統誌》的輯佚工作停滯了20年。1965年，趙萬裏輯出明《寰宇通誌》、《明壹統誌》等書所引用《元壹統誌》資料，經反覆校勘，合為壹體，該輯本終於在1966年由中華書局出版。
《析津誌》
《析津誌》是元末熊夢祥所撰、記述元大都的書，為現存最早記述北京地方史地的專著，其中可以得見元大都和金中都的官署、水道、仿巷、廟宇、風俗等。現時中國國家圖書館所輯《析津誌》是在趙萬裏等先生輯佚的基礎上，由善本部集體匯集整理，最後完成的。《析津誌輯佚》的版本有四個來源：壹是《永樂大典》原本；二是《日下舊聞考》所載；三是徐維則鑄學齋所藏抄本，即所謂《憲臺通記》中所載；四是北大圖書館所藏繆荃孫從《永樂大典》輯《順天府誌》殘卷和來自孫殿起的本館所藏明初輯抄《永樂大典》的《順天府誌》殘卷。可以說是百年來許多人***同努力的結果。《析津誌輯佚》壹書後經首都博物館趙其昌校訂，1983年9月由北京古籍出版社出版。
《大典戲文三種校註》
錢南揚《永樂大典戲文三種校註》輯錄《小孫屠》、《張協狀元》、《宦門子弟錯立身》三出戲曲。
戲曲在大典，“戲”字韻下為戲文（南詞），“劇”字韻下為雜劇，十之六七沒有傳本。《四庫》館臣以戲曲鄙俗，未加輯錄。大典收錄“戲文”有33種、“雜劇”90種，較古的宋元南戲除《荊釵記》、《白兔記》、《拜月記》、《殺狗記》、《琵琶記》諸本外，明初尚存《破窯》、《躍鯉》、《金印》、《牧羊》等記，而《小孫屠》壹本以北曲諸牌與南曲“風入松”合套，開南北合套風氣之先。其他如《張協狀元》、《宦門子弟錯立身》等保持了許多失傳古劇的資料，都十分生動。大典所存南戲殘本，是南戲研究的重要資料。趙萬裏之外，譚正璧也較早關註過大典中的戲文，著有《永樂大典所收宋元戲文三十三種考》（話本與古劇），1979年，中華書局出版了錢南揚《永樂大典戲文三種校註》壹書，引起了學術界的研究熱潮，胡竹安、郝樸寧、趙日和等在對南戲體制的研究、三種戲文校補、沈等方面也做出了成績。