歷史地理研究國家哲學社會科學創新基地以復旦大學中國歷史地理研究所（教育部重點研究基地）和復旦大學國家重點學科——歷史地理學為依托，涉及的主要學科領域包括歷史學、地理學和環境學。復旦大學的歷史地理學科是國內設立時間最長、研究人員最多、門類最全、總體實力最強的專門研究機構，其創始人譚其驤教授是中國歷史地理學的主要開創者。該學科在歷史政治地理、歷史文化地理、人口史和移民史、環境變遷和災害、歷史地圖研制、歷史GIS、歷史地理古籍整理等方面居全國領先地位。