“阿伊努”指的是“人類”、“我們”。這壹詞語極為切合他們的民族身份。居住於日本北方的阿伊努人享有高度的靈性文化，他們相信所有生物及非生物都是“卡姆伊”(kamuy) 的化身。這種植根於阿伊努人心中的信仰有超過壹萬年的歷史；近年來的DNA研究結果，傾向阿伊努人是日本遠古時期繩紋族的後裔。
直至現在，阿伊努人的起源還是眾說紛紜，疑雲重重；1860年代，西方人驚訝地發現居往在日本北海道的阿伊努人的外表非常像高加索人。長久以來，阿伊努人被認定與高加索人有著某種聯系，因為他們看上去根本不像黃種人。DNA測試也證明阿伊努人具有非黃種人的特征，換句話說是高加索或中亞人種。雖然如此，他們的源頭還未有壹個明確的答案。有說來自北美印第安人的、有的認為是阿拉斯加愛斯基摩人，甚至東南亞壹帶。阿伊努人在起源上和韓國人、日本沒有任何關連。照推測，他們也許是在冰河紀末期被海洋隔斷出路的壹群晚石器時代人，定居在島上，後來與亞洲裔人漸漸融合，就形成了今天的阿伊努人。所以說這群劄根於那片土地，有著淵遠歷史的人們是極為特殊和非比尋常的。
很多中文文獻直接用日本歷史上曾經出現過的壹個民族“蝦夷”來稱呼阿伊努，認為這兩者是同壹個族群，而這種觀點可能是有問題的。
北海道古稱“蝦夷”（日語：えみし、えびす、えぞ），日本史書上也有不少關於“蝦夷人”的記載，但這些有關蝦夷人是蠻民的記載大多都是虛構的。這些文獻並非實際觀察蝦夷的生活、或運用可靠的資訊得來的；而只是引用中國古籍中有關蠻俗的記載而已。其中對蝦夷人的描述，僅是對其畏懼與歧視而來。《日本書紀》中對蝦夷的記載中寫道：
“朕聞：其東夷也，識性強暴，淩犯為宗。村之無長，邑之勿首。各貪封界，並相盜略。亦山有邪神，郊有奸鬼。……其東夷之中，蝦夷是尤強焉。男女相居，父子無別。冬則宿穴，夏則住樔。衣毛飲血，昆弟相疑。……故往古以來，未染王化。……即巧言而調暴神，振武以攘奸鬼。”
“東夷之中，有日高見國。其國人，男女並椎結文身，為人勇悍。是總曰蝦夷。亦土地沃壤而曠之，擊可取之。”
實際上，東北地方的古代蝦夷族，是位於東部或東北之繩文人的子孫，他們風俗和生活習慣上和阿伊努差別不是很大。這些繩文人後來陸續加入日本民族的行列，即大和民族，而蝦夷人是最晚加入的壹支。當北海道形成阿伊努人時，他們並沒有加入阿伊努，而阿伊努也獨立的延續下來。
阿伊努村落阿伊努在明治時期以後受到了嚴重的制度化歧視。1868年，江戶幕府的末代將軍德川慶喜把國家大政奉還給明治天皇，日本歷史上的明治時期正式展開。1869年，明治天皇遷都江戶，並將新都改名為東京。同年，在沒有任何正式協商的情況下，阿伊努人所居住的“蝦夷”被正式納入日本的行政範圍內，同時也被改名為“北海道”。再壹年，現代的戶口登記制度在北海道正式實行，所有的阿伊努人從那時候起在行政上都成了日本人。在這之後，日本政府不但沒收阿伊努人的土地，同時還將這些土地撥給新遷入的日本移民，以便鼓勵這些新移民對北海道的開拓工作。過了沒多久，北海道的人口就超過了100萬人，該地的原住民阿伊努人在自己的土地上反而成了少數民族。
明治時期的日本政府，對阿伊努人進行種種的同化，阿伊努民族長期以來的生活習慣都受到官方的禁止，成為和人眼中的“舊土人”，被迫強行接受日本人的生活習慣。1899年，日本政府制定“北海道舊土人保護法”，其表面上的目的雖然是為了救濟阿伊努人和傳授農業知識，但是在將他們定義為“舊土人”的同時，卻也造成了對阿伊努人的制度化歧視，將他們刻意與“和人”做區別。