1.《清代世家與文學傳承》，三聯書店，2012年。
2.《清代文學世家姻親譜系》，鳳凰出版社，2010年版。
3．《清代東南書院與學術及文學》，上、下冊，安徽教育出版社，2007年版。
4．《胡適與整理國故考論》，安徽教育出版社，2003年版；
5.（整理）《賀葆真日記》，鳳凰出版社，2014年。
（所列自2000年起，皆為獨立撰寫）
1.《書估與清帝國的書籍流轉》，《古典文獻研究》第16輯，2013年。
2.《從翁心存、翁同龢日記的對讀探究日記文獻的特質》，《南京大學學報》，2013年第3期。
3.《賀葆真日記與晚期桐城文派的深入研究》，《華南師範大學學報》，2014年第2期。
4．《“地域文學傳統的建構”成為壹種文學敘寫方法》，《中山大學學報》2013年第1期，第31-39頁。
5.《批點本的內部流通與桐城派的發展》，《文學遺產》2012年第1期，第100-112頁；
6.《<讀書分年日程>與救“科舉時文之弊” 》，《南京師大學報》2012年第3期，第123-130頁；
7.《清代文學世家的家族信念與發展內動力》，《蘇州大學學報》2012年第5期，第115-123頁；
8.《清代家集總序的構造及其文化意蘊》，《文學遺產》2011年第3期，第123-131頁；
9.《清代私家宅園與世家文學》，《西北師範大學學報》2011年第4期，第44-50頁。
10.《清代科舉中的策問與乾嘉學術的展開》，北京大學《國學研究》第27卷（2011年），第305-348頁。
11.《在研究中國傳統學術的新途徑上摸索前進：周勛初教授訪談錄》，《文藝研究》2011年第6期，第59-69頁；
12.《桐城文章中“尚有時世”：以同光年間蓮池書院之講習為中心》，《清代文學研究集刊》第3輯，第128-173頁；
13.《清代文學世家聯姻與地域文化傳統的形成》，《華南師範大學學報》2011年第3期，第25-31頁；
14.《花萼與蕓香：錢塘汪氏振綺堂詩人群》，臺北《漢學研究》，第27卷第4期（2009年12月），第261－293頁；
15．《紮實空靈，博通專精：周勛初先生訪談錄》，《中國文化研究》2009年冬之卷，第1－18頁；
16．《玉溝春水鴨江波：朝鮮詩人李尚迪與清朝文士交往研究》，北京大學《國學研究》，第23卷（2009年6月），第433－468頁；
17．《清代文社與舉業》，香港浸會大學《人文中國學報》，第15卷（2009年），第191－246頁；
18．《書院、書塾與文社：以家族與鄉村為討論範圍》，《中國典籍與文化論叢》，第11輯（2009），第237－273頁；
19．《課讀圖與文學傳承中的母教》，《古典文獻研究》第11輯（2008年），第247－269頁；
20．《“蕘圃藏書題識”與嘉道時期吳中文士活動圖景》，《周勛初先生八十壽辰紀念文集》，中華書局，2008年，第513－549頁；
21．《近代中日學術交流考論》，臺北《漢學研究》第20卷第2期（2002年12月），第81-107頁；
22．《書院與桐城文派傳衍考論》，臺北《漢學研究》第22卷第2期（2004年12月），第421-453頁；
23．《壹時之學術與壹地之風氣：李兆洛與暨陽書院》，臺北《漢學研究》第24卷第2期（2006年12月），第289－323頁；
24．《從春在堂到秋荔亭：俞樾和俞平伯詩中的家族史》，北京大學《國學研究》第13卷（2004年），第369-400頁；
25．《圖景的重現：道光以來金陵書院文人活動考論》，北京大學《國學研究》第17卷（2006年），第365-409頁；
26．《〈清代學術概論〉考論》，《中國典籍與文化論叢》第八輯，北京大學出版社2005年版，第282-311頁；
27.《清初無錫、徽州之書院及其會講：兼論清初朱子之學與陽明心學的起落》，《中國典籍與文化論叢》第九輯，北京大學出版社2007年版，第245-271頁；
28．《清代東南書院與文士之風氣》，香港浸會大學《人文中國學報》第13輯，上海古籍出版社2007年版；
29．《清代東南書院與地方詩壇》，《中國詩學》第12期，2007年；
30．《讀書分年日程與清代的書院》，原刊《南京曉莊學院學報》2006年第3期，人大復印資料《教育學》2006年第10期全文轉載；
31．《詁經精舍：從阮元到俞樾》，《古典文獻研究》第10輯，鳳凰出版社，2007年版；
32．《王質〈詩總聞〉中的“因情求意”》，《南京大學學報》2003年第2期，第129-136頁；
33．《〈惜抱軒書錄〉與〈四庫全書總目〉之比較》，《文獻》2006年第1期，第131-138頁；
34．《從中學國文教科書看近世文學觀念的轉變》，《現代中國》第3輯（2003），第67-80頁；
35．《私家藏書之興衰》，《讀書》2005年11期，第103-107頁；
36．《王國維〈經學概論講義〉小考》，《中國典籍與文化》2003年第1期，第42-44頁；
37．《現代印刷媒介與學術研究的結合》，《東方文化》2001年第6期，第36-50頁；
38．《近世文化世家的流衍與衰落》，《東方文化》2000年第4期，第14-25頁；
39．《國學書目解題（1919-1937）》，臺北《書目季刊》第37卷第4期（2004年3月），第107-115頁；
40．《王重民和胡適學術交往考述》，臺北《書目季刊》第37卷第2期（2003年9月，第1-12頁；
41．《20世紀20年代的國學推薦書目及其文化解讀》，《學術研究》2000年第10期，第100-106；
42．《建德周氏家族的文化傳承：以周馥、周學熙的詩集為中心》，《明清安徽典籍研究》，黃山書社2005年版，第293-319頁；
43．《〈邶風·靜女〉的閱讀史》，《古典文獻研究》第6輯，江蘇古籍出版社2003年，第59-78頁；
44．《〈嘉定錢大昕全集〉未收詩、詞、序和題識》，《古典文獻研究》第8輯，第119-121頁；
45．《東南書院課藝提要》，《古典文獻研究》第9輯，第225-237頁；
46．《從程端禮〈讀書分年日程〉到章太炎〈讀經分年日程〉》，《古典文獻研究》第7輯， 第74-99頁。