截至2016年1月，學校建有3個省級重點實驗室，福建省社科研究基地1個 ，2個省部級人文社科基地。2個省級“2011協同創新中心” ，6個科研創新平臺。入選福建省首批科技擁軍示範基地。
截至2014年5月，學校建立了閩南文化研究院、鄧小平理論研究所、教育科學研究所、文化詩學研究所、語言文化研究所、德育研究所、儒學與傳統文化研究所、信息技術研究所、圖書情報研究所、離散數學研究所、生物技術研究所、季羨林研究所、巴哈研究所、歷史研究所、應用心理學研究所、計算機應用技術研究所、應用化學研究所、現代測試技術研究所、環境科學與工程研究所、人力資源研究所、市場營銷研究所、老年學研究所、區域經濟研究所、文藝傳播學研究所、膜科學與工程研究所、編輯學與文化產業研究所、毛澤東思想與中國特色社會主義理論體系研究所、漳州經濟發展研究所、人口家庭與社會發展研究中心、精細化工研究所、先進陶瓷材料研究所、漳臺休閑食品與茶飲料研究所、花卉研究所、知識產權研究中心、臺商研究中心、法治漳州研究中心、谷文昌精神研究中心等研究院所 。
省級重點實驗室：粒計算及其應用重點實驗室、現代分離分析科學與技術重點實驗室、認知與人格重點實驗室
省部級人文社科基地：海峽兩岸閩南文化研習交流基地、閩臺區域文化與文學研究中心
福建省社會科學研究基地：閩南文化研究中心
省級2011協同創新計劃項目：海峽兩岸文化發展協同創新中心、區域農村教師發展協同創新中心
科研創新平臺：現代分離分析科學與技術重點實驗室、 粒計算重點實驗室、菌物產業工程技術中心、文化詩學研究所、應用心理學研究所、閩南文化研究院 2006年至2015年6月，全校***獲準各級各類科研立項700項左右，其中以學校為依托主持的國家自然科學基金項目36項 ，國家社會科學基金項目30項 （其中國家社科基金後期資助項目立項1項 、國家社會科學基金特別委托項目1項 ），教育部人文社科項目20項 ，全國高校古籍整理委員會項目2項，省級科研項目138項，省部級以上科研成果獎20項，其中高飛教授參與的“碳原子團簇的形成研究”項目榮獲2006年度國家自然科學獎二等獎 ，祝峰教授於2012年榮獲國際IEEE粒計算學會傑出貢獻獎 。截至2012年末，學校教師***發表科研論文4205篇，其中被SCI、EI、ISTP三大檢索收錄375篇 。2012年以來閩南師大主持福建省“十二五”教育綜合改革重點項目5項。2004-2011年，學校資助出版教材、著作36部，參編80多部，譯著10部，申報專利12項 。入選中國文化創意產業網評出的“2013中國文化創意產業學術研究十大領軍院校” 。2014年5月，獲4項國家語委重點項目立項中的1項 。
2013年，學校獲得國家社會科學基金項目5項，其中壹般項目3項，後期資助項目1項，特別委托項目1項，***獲得資金資助102萬元 ；***獲批6項國家自然科學基金項目，其中面上項目3項，青年科學基金項目3項，批準金額合計285萬元 。獲得22項福建省社會科學規劃項目，其中壹般項目15項、青年項目7項，***計獲得資助經費29.5萬元，在福建省高校排名中位居第五。獲得福建省2013年中青年教師教育科研項目（A類）立項17項，其中傑青2項，重點1項，產學研1項，壹般項目13項；社科A類立項21項，其中新世紀1項，重點3項，語委專項1項，壹般項目16項。獲得3項2013年省教育廳A類第二批人文社科研究項目計劃（兩岸職業教育專項）。獲得2項2013年度省思想政治工作研究課題項目，1項重點課題，1項壹般課題 。獲得4項中***福建省委宣傳部關於下達福建省中國特色社會主義理論體系研究中心2013年立項項目，2項年度項目，2項壹般項目 。
學校***有6項入選2013年市自然科學基金科技項目計劃，立項率達86%，立項數為漳州市各單位最高；17項入選漳州市人文社科項目，其中6項壹般課題，2項青年課題，9項自籌課題 。2013年初至9月份，全校***申請發明專利8項，其中，實用新型專利14項，授權11項。另9月份學校教師與企業***簽署合同8項，總金額125.26萬元，到帳經費37.49萬元，其中，當年度項目到帳經費27.89萬元，歷年度到帳經費9.60萬元 。 截至2015年8月，圖書館已擁有紙質圖書220萬冊，電子圖書286.37萬冊，中外文紙質期刊5000多種；訂購有中國期刊網、方正Apabi教學參考書、超星數字圖書館、SD、Springer外文電子圖書和期刊等中外文數據庫40多個。其中2013年圖書文獻購置經費投入803.2萬元，新購置圖書11萬冊、電子圖書25.786萬冊。
在自建數據庫方面，建有《閩南地方文化特色數據庫》、《語言學科專題庫·閩方言》、《語言學科專題庫·英語學習策略》、《閩師文庫》、《閩臺生態農業庫》、《館際互借全文數據庫》、《教學參考書數據庫》、《附書光盤系統》等8個數據庫 。