副本流傳至清代，並沒有受到重視。到雍正年間，《大典》才由皇史宬移藏到翰林院，壹些學士和編修官才得有借閱機會。乾隆初年清代學者全祖望考中進士後，被分到庶常館學習，曾有機會見到這部書，大加稱贊，並抄出《宋元圖經》等海內孤本若幹種，並且寫了壹篇《抄永樂大典記》，詳記其事。乾隆三十八年（1773），清政府纂修《四庫全書》，此時《大典》已缺佚兩千余卷，但仍從其中輯出佚書五百余種，其保存文獻資料的巨大價值，可見壹斑。道光以後，清室日趨衰敗，官吏乘機盜竊，《大典》逐漸流失損壞。但《永樂大典》最大的厄運，還在此後。鹹豐十年（1860）英法聯軍和光緒二十六年（1900）八國聯軍兩次侵入北京，侵略者大肆焚燒劫掠，許多寶貴的文物喪失殆盡，《永樂大典》也同樣遭到浩劫，部分被燒毀，部分被搶走，所余寥寥無幾，言之令人痛心。剩下的約400冊零本被8個國家和地區的30個機構收藏。即使是這樣，《永樂大典》這部奇書在今天仍然以其巨大的資料和文物價值而受到學者們的青睞。
尋找失去的大典
“大典猶看永樂傳，搜羅頗見費心堅。兼及釋道欠精覆，久閱滄桑惜弗全。”這首七言絕句出自乾隆皇帝之手，詩中贊賞永樂皇帝編纂《永樂大典》的良苦用心，對《永樂大典》收集佛、道典籍進行了批評，感嘆歷盡滄桑的大典流傳下來已經不完整了。短短四句話，昭示了乾隆皇帝對《永樂大典》的認識。乾隆朝對《永樂大典》的挖掘和利用也都由這四句話看出端倪。
經過明代的戰亂，《永樂大典》副本已經有所散失了。在皇史宬發現大典的徐幹學說過，大典“鼎革時亦有佚失”。可是乾隆三十七年（1772年）開四庫全書館時，《永樂大典》的缺失還是得到了乾隆皇帝的重視。當時因要從大典中輯佚失傳的典籍，進行了壹次清查，發現大典缺失了2，422卷。乾隆皇帝深為嘆息，下令在全國尋找丟失的《大典》，特別要在書賈坊林間“留心體訪”。有人猜測，最早發現大典的徐幹學、高士奇、王鴻緒等人經常利用此書，可能把壹部分帶回浙江老家去了。乾隆皇帝就給兩江總督高晉、浙江巡撫三寶下了密令，要他們去徐、高等人家中宣示，大典是官物，即使當年拿回家，也是無意收藏，只要交出，概不追究。可是徐、高後人堅持說沒有見過大典，最後只得無功而返。這時卻發生了壹件有意思的事。有個四庫全書館的纂修官黃壽齡私自把六冊大典帶回家中閱讀，被人盜去。事發之後，乾隆皇帝聞訊十分惱火，嚴令緝捕、找回大典。最後盜人喪膽，趁夜悄悄將大典放到禦河橋邊，終被追回。而黃壽齡也被處罰俸3年。
清朝官員的盜竊
乾隆三十八年（1773年），四庫全書館設立了“校勘《永樂大典》散篇辦書處”，輯校《永樂大典》中的古書，***得經、史、子、集四部書385種，4，946卷。取得的成績固然很大，但也有很多古籍未能輯出。事後，館臣們認為“菁華已盡，糟粕可捐”，草草收場。道光後，《永樂大典》被棄置在翰林院，無人過問。壹些官員趁機大行偷盜之事。根據清末繆荃孫的記載，當時翰林院的官員早晨進翰林院辦公時隨身攜帶壹件棉袍，打成包袱的樣子背在肩上；下午離開翰林院時把棉袍穿在身上，包壹冊《永樂大典》出來，看守人員毫無覺察。像文廷式這樣的學者也通過這樣的手法偷盜《永樂大典》，數量達到100多冊。《永樂大典》流出宮後，有的被洋人高價收購，更加劇了它的流散。光緒元年重修翰林院衙門時，清點《永樂大典》，只剩5，000多冊。20年後再清點，竟然只存800冊。壹部大書，幾乎被偷光了。
外國侵略者的掠奪
1900年6月，《永樂大典》副本最後的劫難到了──當時八國聯軍進攻北京，與圍攻英國使館的義和團發生沖突。英國使館毗鄰翰林院，在沖突中成為戰場。據英國人威爾的《庚子使館被圍記》記載，沖突中有人將火把拋進翰林院中，翰林院頓時著起大火，排積成行、壹望無盡的藏書遭受空前浩劫。貯存《永樂大典》的敬壹亭也被燒毀。“龍式池及井中，均書函狼籍，為人所拋棄。有綢面華麗之書，皆手訂者；又有善書人所書之字，皆被人隨意搬移。”《永樂大典》的大部分在這次浩劫中被焚，剩下的有的被修了工事，有的被墊了馬槽。譯學館的劉可毅壹人就在洋人的馬槽下揀到數十冊《永樂大典》。《永樂大典》副本被毀殆盡。
英國人從這次焚毀《永樂大典》的事件中得益最多。使館有個叫翟裏斯的官員從翰林院的廢墟中揀來壹些《永樂大典》，其中的卷13345還被當做戰利品贈送給他的父親。威爾記載，英國使館中研究中國文學者見到如此寶貴之書，是平時絕對見不到的，都想揀選，“在火光中覓壹路，抱之而奔”。從此，《永樂大典》流散到民間和國外，成為各藏書單位爭相收藏的物件。
在收藏《永樂大典》的外國當中，日本的收藏是最多的。日本的東洋文庫號稱世界五大亞洲學研究中心之壹，它的許多藏書都來源於中國。東洋文庫是接收英國人莫利遜的藏書起家的，在莫利遜文庫中就有他在庚子事變中得來的5冊《永樂大典》。東洋文庫還委托北京等地書坊代購《永樂大典》。1943年，大連滿鐵圖書館的松岡洋右與東洋文庫壹起，從湖州劉承乾嘉業堂處購得49冊《永樂大典》，這些《永樂大典》壹直放在滿鐵圖書館，直到1945年大連被蘇聯紅軍占領後，被當作戰利品運往蘇聯。
此外，美國、德國、越南、韓國等國家的圖書館也收藏了少量的《永樂大典》。《永樂大典》零本在國外，特別是在英國還不斷有所發現，這些零本遠涉重洋出現在異邦，雖然歷經坎坷，但有幸保存下來了。