1、建立世界上第壹套中國歷史人口數據庫，明以後以縣為單位，將這些人口數據（男、女人數、年齡結構、生育、死亡等要素）直觀地反映在中國歷史GIS系統上，形成壹個集數據庫和電子地圖為壹體的平臺，供學者們使用，並提供下載數據的服務。在此基礎上完成《中國歷史人口地理》壹書（已經完稿）。
2、《清史·人口誌》項目為契機，搜集清朝人口的原始檔案資料（主要收藏於中國歷史第壹檔案館），恢復清朝人口匯報制度的原貌，建立清朝人口數據庫，撰寫新的著作《清代人口史》。
3、清末至民國時期的公***衛生制度和醫療體制研究。
4、清代的政區研究，認為清代的“省”並非正式政區，而只是通稱，“分省”和“十八省”是壹種層累的虛構（論文即出）。 作為主持人獲得過國家社會科學基金《中國人口地理數據庫》、教育部重點研究基地重大項目《清宮檔案與人丁編審、民數匯報研究》、教育部985重點基地項目、上海市社會科學基金、上海市曙光計劃、上海市浦江人才計劃以及日本笹川和平基金會“中國地區間經濟-人口發展不平衡”等項目，參與過EurAsian Project on Population and Family History等項目。
2004年獲得上海市社會科學基金 《中國人口數據庫》
2005年參與國家《清史·人口誌》，承擔“考異”工作
2006年獲得上海市浦江人才基金 《中國人口地理信息系統》
教育部重點基地項目985基金 《20世紀中國人口數據庫》
2006年獲得國家社會科學基金 《中國人口數據庫 1368-2000》
2007年獲教育部重點研究基地重大項目《清宮檔案與人丁編審、民數匯報研究》 《中國人口史》（1910—1953年卷），復旦大學出版社，2001年
《盛世啟示錄》，中國方正出版社，2011年 （按研究類別分）：
人口類：
1.《乾隆時期民數匯報及評估》，《歷史研究》，2008年，第3期，利用清宮、內閣檔案還原匯報制度。
2.《民國時期中國人口的死亡》，《中國人口科學》，2002年，第5期。
3.《民國時期全國人口統計數字的來源》，《歷史研究》，2000年第4期。
4.《宣統年間的人口調查》，《歷史研究》，1998年，第6期。本文通過對原始資料的分析，認為中國第壹次的現代性全國人口普查發生於宣統年間而不是通常所認為的1953年人口普查，且結果可靠。
5.《明代黃冊底籍中的人口與家庭——以萬歷徽州黃冊底籍為中心》，張國剛編，《家庭史研究的新視野》（中國家庭史國際學術討論會論文集），北京：生活。讀書。新知三聯書店，2004年，合著，利用現存明代黃冊底籍研究，由本人承擔人口、戶類型的數量統計分析，並最後統稿。
6.《中國明代黃冊の歴史人口學的分析》（日文） 佐藤康行，清水浩昭，木佐木哲朗 編『変貌する東アジアの家族』（シリーズ比較家族 第3期 2），早稲田大學出版 A5 262頁 2004年3月。（本承擔人口的生育和死亡，戶類型以及其和住房之間關系的數量分析）
7.《明清江南地區家族人口的生育和死亡》，《中國人文社會科學博士碩士文庫》（續編），浙江教育出版社，2005年。
8.《中國的城鄉人口分布：1900—1953年》，《2000年國際中國歷史地理學術討論會論文集》，齊魯書社2001年
9.《中國人口的傳統死亡模式》，載於李中清、郭松義、定宜莊編《婚姻家庭與人口行為》（EuroAsia Poject 國際歷史人口會議論文集），北京大學出版社2000年。
10.《中國歷史人口的人為性抑制》，載於王鶴鳴等主編《中國譜牒研究》（全國譜牒開發與利用學術研討會論文集），上海古籍出版社1999年。
11.《宣統年間的戶口調查及全國人口數估計》，《歷史地理》第15輯。
12.《明清江南地區兩個家族的生育控制》，《中國人口科學》，1998年第4期。本文對8000個樣本的人口數據進行了實證分析，認為中國歷史人口存在著生育控制行為。
13.Demographic Patterns in Southern Jiangsu, China, 1370-1904: A case study of Fan's Genealogy （英文，“中國蘇南的人口模式”），提交The International Conference on Asian Population History （亞洲歷史人口會議，臺北，1996年1月），此次會議由國際人口科學聯盟（IUSSP）與臺灣中央研究院聯合主辦。本文對明清時期江南地區的人口模式的時期變化及社會背景進行了研究。
14.“上海歷史上的人口總量估計”，《學術月刊》，1995年第7期。本文利用歷史人口學的方法對上海歷史上各時期的人口數量進行了全面性的復原。
15.Demographic and social change in Jiangsu and Zhejiang between 1370 and 1900（英文，“江浙地區的人口與社會”），Chinese Journal of Population Science, Vol. 8, No. 4, 1996. 361-372 pp., New York. 本文對明清時期人口的生育率、死亡率與米價間的相互關系進行了研究。本文被普林斯頓大學Population Index收錄。
16.《江南地區社會經濟發展與人口變遷》（與彭希哲合作），《中國人口科學》，1996年第3期，運用人口學、經濟學、歷史學的方法，以家譜為主要資料，分析了超過6000個樣本的人口數據。
17. 《20世紀上半期東北移民的再考察——以偽滿“臨時國勢調查”資料為核心》，《歷史地理》第23輯，第二作者。
18. 《1940年代末江南地區人口與家庭的微觀分析――以保甲戶籍冊資料為中心》，《西北人口》2009年第2期，第二作者。
19. 《<大清壹統誌>中“原額人丁”的來源———以江南為例》，《清史研究》，2010年第1期，第二作者。
20. 20世紀上半期中國的城市人口：定義及估計》，《上海師範大學學報（哲社版）》，2010年第1期，第27-31頁。
經濟類：
1.《長江中下遊地區米谷長途貿易：1912-1937》，《中國經濟史研究》，1996年第2期，此文利用計量史學的方法對市場整合進行了研究。中國經濟史學會會長吳承明先生在其“利用糧價變動研究清代的市場整合”壹文中（刊於同期《中國經濟史研究》）將本文作為研究近代市場整合問題的代表作之壹進行了評論。《中國歷史學年鑒》（1997年）將本文作為中國近代經濟史的代表作予以評述。本文獲1996-1997年度上海市哲學社會科學優秀成果獎論文類二等獎。
2.“明清時期上海的棉花、棉布產量估計”，《中國史研究》，1997年第1期。本文利用農業生態學及歷史計量的方法對明清時期重要的商品棉花、棉布的主要產地上海的棉花、棉布產量進行了估計。
3.《過密化理論與小農經濟決策行為分析》，《學術月刊》，1994年第7期；本文及上篇論文利用實證資料對美國加州大學黃宗智教授的“過密化”理論提出了質疑。全文轉載於《人大報刊復印資料》，1994年第5期。《中國經濟史研究》1995年第2期對這兩篇論文作為此專題的代表作予以評述。
4.《過密化論質疑》，《復旦學報》，1994年第2期。
5.The Regional Disequilibrium of Economy-population Development in China（英文，“中國地區間經濟-人口發展不平衡”，研究報告），運用計量經濟學的方法研究了1952-1992年中國地區間的經濟-人口發展的不平衡。此為笹川良壹和平基金會（SPF）資助的研究項目。
政區類：
1.《“安慶省”考——兼論清代的省制》，《歷史地理》，2008年12月第23輯，第88-92頁
2.《“西安省”考——兼論“大陜西”和“小陜西”》，《中國歷史地理論叢》，2009年第24卷第1輯，第68-72頁，第135頁。
3. 《清代十八省的形成》，《中國歷史地理論叢》，第25卷第3輯，2010年7月，第17-28頁。
其他：
1.《急性呼吸系感染疾病的舌象及其與癥狀的相關分析》，《中國中醫基礎醫學雜誌》，2002年11期，合著，本人承擔統計分析。
2.《宋太宗繼統考實》，《復旦學報》，1992年第2期；本文對中國歷史上聚訟繁復的兩大歷史之謎“燭影斧聲”、“金匱之盟”進行了詳實的考證，全文轉載於《人大報刊復印資料》（宋遼金元史），1992年第3期；《中國史研究動態》（1993年第3期）將本文作為代表性的觀點作予以評述；《中國歷史學年鑒》（1993年）將本文作為此專題的主要代表性論文予以評述。另外，《史學月刊》、《學術月刊》對此專題進行專文評述時，均將本文作為主要的代表作。