前人對校文的處理方式，有多種形式。現以張燦玾教授的《中醫古籍文獻學》為基礎，將其歸納為：隨正文附記、朱墨分書、逕改、書內附見校勘記、單篇別行校勘記等形式。
隨正文附記者，是將別本異文附記於正文之後。如今存《素問》與《靈樞》兩書正文中所存少量校文，即屬此類。這種方式極易造成正文與校文的混淆，後世很少采用。
朱墨分書法，見於雕板印書之前。如唐王冰次註《黃帝內經素問·序》雲：凡所加字，皆朱書其文，使今古必分，字不雜糅。王冰用朱墨來區分原書舊文與新加文字。此外，校書人為區別不同校文，亦有取朱、墨分書方式者。如日本小島尚真父子校勘《針灸甲乙經》醫統本，其中以正統重抄本相校者，皆以赭筆校讎，以《素問》及《靈樞》相校者，亦或取墨筆書之。這種方式給傳抄及雕版印書帶來諸多不便，後人校書少用此法。
書少用此法逕改，即直接改動原文，不加校記說明。如明·吳敏學所校諸書，多未留校記。近代亦有采用此法者。采取這種方式，使後人無法了解其逕改之處原系何字，是否確系誤文，難以進行核對，亦無法復原。所以校書壹般不采用此種方式。
書內附見校勘記，即於正文之外，另寫校勘記說明校改的內容與理由。校勘記與原書合刊在壹起。這種方式可反映出底本正文與校出異文的原始面貌，以便於分析判斷，即使誤改亦可復原。後世及今人校書，多采此種方式。根據校勘記在書中的位置，可將其分為以下幾種：
①置於書末的校勘記，壹般適用於原書內容較少或校記不多的古籍。如1955年人民衛生出版社影印本《備急於金要方》的考異等。為了檢索方便，采用此法-般應註明提校字詞的頁、行、字，標示其位置。
②置於卷末的校勘記，校語編號要與正文出校編號壹致，以便查檢。如1955年人民衛生出版社鉛印《傷寒論》本，每篇之後有任應秋先生的校勘記。
③置於篇末的校勘記。如宋·史崧整理的《靈樞經》。
④置於段後的校勘記。近代校註或註釋等體裁的書，多用此法。有的校、註分書，如《素問》、《靈樞》、《諸病源候論》、《脈經》等校釋本，均於段後設校勘與註釋之項。有校註合書者，如王筠默《神農本草經校證》及《中藏經》、《難經》、《脈經》、《諸病源候論》、《素問》等校註本。用此法時，壹般應先校後註，有時校、註互參，便於說理及行文。
⑤置於句後的校勘記。多以雙行或單行小字表示。若原書有註，則校記壹般放原註之後，前加按、或案等表示。如1965年人民衛生出版社排印本《黃帝內經太素》中蕭延平按語即是。
⑥置於字詞後的校勘記。是將校記直接寫在有誤的字詞之後。如1984年山西人民出版社排印本《傅青主女科校釋》。
⑦置於頁末的校勘記。是將校記集中於當頁之末，這是目前校勘古籍中最常用的壹種形式。提校正文與校記均要加序號表示。
⑧置於書頁天頭的校勘記。即在書的天頭，正文之行上書寫校勘記。如中國中醫研究院圖書館藏步月樓刊《針灸甲乙經》，天頭有日本小島尚真父子之批校，又有清柯逢時復請劉殿臣過錄奈須恒德之批校。
單篇別行校勘記，即將校勘記單獨為篇，不與原書並合。這類校勘記，只錄校記，不錄原文。如日本度會常診《仿宋槧本素問校偽》（後附刊於日本復刊明顧從德本《素問》之後），清·顧尚之《內經素問校勘記》與《內經靈樞校勘記》（後附刊於守山閣本《素問》、《靈樞》之後）。