歷史上沿運河的較大城鎮有通縣、天津、德州、臨清、東昌、張秋、濟寧、徐州、淮安、揚州、蘇州、杭州等10余個。這些較大城鎮及其官吏在運河的開鑿、漕運和管理等方面均起到重要作用。但是，這些城鎮的地位和作用也決不是平行和平等的。除了有路、州、府、縣之分外，就運河的開鑿、漕運和管理而言，必定存在著壹定的統屬和主從關系。
隨著運河文化研究活動的深入開展，人們越來越多地關註這樣壹個問題：在上述沿運各城鎮中，有沒有壹個對其他城鎮存在著統屬關系的都市呢？換句話說，如果把由北京至杭州的沿河地帶看作壹個多邊行政區域的話，在這個多邊行政區域裏有沒有壹個政治、軍事、經濟和文化的中心呢？回答當然是肯定的，並且可直接稱為運河之都。那麽，運河之都今何在？
對濟寧河段的重點整治，是在元明清三朝的重視下進行的。正是由於濟寧河段所具有特殊性和重要性，元明清三朝都把治運最高機構設在濟寧，在重點整治濟寧河段的同時，負責對運河全線進行整治和督理。據考，元代在濟寧初設開浚大臣，後設都水監、行都水督和總治河防使，其官階最高為正壹品。明代在濟寧設總理河道、總督河道、經理河漕、總漕兼河道、巡撫兼河道等，簡稱總河，均由朝廷欽命署理，為運河最高行政管理機構，是朝廷六大部外增設的壹個部院級的朝廷直屬機構，秩正二品，但不乏正壹品、從壹品大員充任。清朝派駐濟寧的司運機構多襲明治，設總河部院，欽命署理，秩正二品。據雍正《清會典》載：“順治初，僅設河道總督壹人，又稱總河，綜理黃河、運河兩河事務，駐濟寧州。”直到雍正七年（1729年），分河道為三：南河總督駐清江浦；河南、山東河道總督駐濟寧州，稱東河；直隸河道總督駐天津，稱北河。其建制壹直延續到清光緒罷河停運。據考，自順治元年至光緒二十八年的258年間，朝廷欽命河道總督119任，***有101人充任，其中正壹品大員近半。其間，總河除移駐清江浦27年（***4人充任5任）外，其余年份均駐節濟寧。 河道總督衙門是運河、黃河的最高行政管理機構，同時，他又擁有或掌管著自己的軍隊，並主要依靠軍隊來實現其總督職能。因此說，河道總督衙門是壹個軍政合壹的機構。據《元史》載，運河貫通後，於至元二十二年（1285年）二月，“增濟州漕舟三千艘，役夫二千人。”當時，經漕運京都的糧米約百萬擔，其中通過濟寧所運漕糧達30萬擔。為管理漕運，朝廷在濟寧城南的魯橋設立了都漕運司使。至正十年（1350年）設濟寧兵馬司，駐紮輔漕兵士1．2萬人。至正十六年，置濟寧樞密分院。明代駐濟寧的司運軍事機構為總理河道軍門署，下設道、衛，負責節制南北直隸和河南、山東各道。濟寧駐軍最多時達1．3萬人。除固定的道、衛、署、衙外，還有其他的軍司。永樂十八年（1420年），行軍司馬樊敬受命提兵10萬鎮守濟寧。正德之後，朝廷每年均遣尚書、都禦史等大員兼理運河軍事。隆慶四年（1570年），朝廷為總河加提督軍事職銜。壹時間，濟寧成了朝廷不可壹日疏忽的軍事要地。清代，朝廷為河道總督加兵部侍郎、右都禦史銜，秩正二品。順治初年，總河楊方興奏請設河標中軍副將署，作為河道總督衙門的直屬機構，也是運河全線的最高司運軍職衙門，駐節濟寧州。河標中軍副將署為總河副職、河標兵丁主帥，從二品，其職責為總理運河營防，催調糧草，護衛漕船，沿河治安等。河標中軍副將署下轄駐守沿運河各城鎮的河標營和衛。
由於朝廷把治運司運的最高行政機關和最高軍事機關設在濟寧，其下屬的各級各類機構自然很多，總督河道衙門僅在濟寧設置的機構就有運河道署、運河同知署、泉河通判署、管河通判署、鉅金嘉管河主簿署等；河標中軍副將署在濟寧設置的軍事機構有運河兵備道署、運河標營署、守備署、衛署等；此外，還有朝廷派駐的巡漕使院、撫按察院、布政司行臺、按察司行臺、治水行臺等機構。再加上省道府州縣的行政機構或由其派駐的機構，元明清三代駐濟寧的各級各類治運司運以及行政監察機構比比皆是，不可勝記。因而，濟寧故有“七十二衙門”之說，這是除北京、天津之外的沿運各城市所無法比擬的。
我們不妨從有限的資料中，再看壹下河道總督衙門權力究竟有多大。總督河道衙門為朝廷在六大部外特設的壹個部院級的專門治運司運機構，其充任者多為壹品或從壹品大員，如明代的宋禮就是由工部尚書直接來充任總河的。由此即可看出河道總督衙門所處的地位及其重要性。河道總督衙門坐落在濟寧州衙東，占地5公頃，建築面積達1．6萬平方米，設有大堂、二堂、三堂，有書院、射圃、演武廳等，其規模宏大，布局嚴謹，氣派威嚴。那麽，總督河道衙門的權力究竟有多大呢？史載，嘉靖二年（1523年），“遣都禦史提督河道，山東、河南、南北直隸巡撫皆受節制。”又載，明代駐濟寧的兩個兵備道下設布政司、按察司，各設官壹員，敕行事代管河道，所屬府州縣官皆受其節制。由此不難看出，不僅省裏的巡撫大人要在總河的節制之下，沿河各州府縣也要在總河下屬的兵備道的節制之下。由此，足見河道總督衙門的權力之甚大，超乎常人所想象。故而，沿運省份的巡撫大人無不對總河崇尚有加，上任須來濟寧拜謁總河，謝任須來濟寧向總河辭別，至於各州府縣官衙無不仿效行事，不敢怠慢。另外，在濟寧市博物館現今仍保存著壹門清代的鐵炮，炮筒上赫然鑄有“河道總督署造”，這門鐵炮也是總河權力之甚的有力證據。
由上述可以看出，元明清三朝治運司運的最高行政機關和最高軍事機關設在濟寧，是濟寧作為運河之都的最好標誌。濟寧雖然在行政區劃上同其他城市沒有統屬或主從關系，但是，運河之水把濟寧同南北眾多的城鎮連接了起來，是運河總督衙門的駐節，才使得濟寧同沿運城鎮有了統屬或主從關系，沿運各地無不聽命於來自濟寧的指令，無不受制於駐在濟寧的河道總督衙門，使濟寧的地位凸顯，成為京杭運河這塊狹長地帶的大都會。
全河壹統，眾星拱月，濟寧日益彰顯出運河之都照人的風采。
濟寧原為不起眼的濟州，治於巨野。1150年巨野水災，遂移濟州於現址。元滅金後，巨野水患頻繁，世祖八年（1271年）升濟州為府治，因濟水南會泗、北會汶，州居其中而獲濟水之寧，故名“濟寧府”。此時的濟寧，雖為府治，但名聲平平，壹般城鎮而已。
元代至元年間，途經濟寧的京杭大運河全線貫通，為濟寧的崛起帶來生機，平平濟寧由此而逐步走上繁榮昌盛之路。
首先，濟寧因河興商。濟寧“居運道之中”，不僅成為“水陸交匯，南北沖要之區”和“控引江淮咽喉”地帶，同時又成為漕河管理中心和魯西南政治、經濟中心，出現了“官舸商舶鱗集，麻擁於濟城之下”的興旺景象。曾有詩人描述道“日中市貿群物聚，紅氍碧碗堆如山。商人嗜利暮不散，酒樓歌館相喧闐。”到明代中葉，濟寧就已發展成壹個“車馬臨四達之衢，商賈集五都之市”的繁榮商業城市。此時，城區定居之民已不下數萬家，“商賈之踵接而輻輳者亦不下數萬家”。經明至清，濟寧商業已臻鼎盛。州城內外，通衢要道，運河、越河兩岸行棧店鋪林立，各地商賈雲集，百業興盛，市場繁榮，年營業額高達白銀億元以上，市場輻射達周圍地區近百縣，成為明清時期全國著名的33座工商業大城市之壹。
次之，濟寧因商興市。商貿業的空前繁榮帶動了相關產業的發展，使人口與消費俱增，進而促進了城市的發展。明代以前，濟寧地區的人口並不多，晉代的任城國，只有1700戶；北魏的任城郡，只有8050戶、21789人；元代的濟寧路也只有10545戶、89818人。明末，濟寧城區人口已達10萬人。在歷經明清戰亂和重大自然災害之後，清代在工商業恢復發展和繁榮的基礎上，城區人口又逐漸達到10多萬人，遠遠超過明代規模。因此，濟寧城區不斷擴大。明末清初，城區街巷98條，其中，城內45條，城外53條。清道光年間，街巷增加到290條，其中城內達到107條，城外達到183條，城區街巷增長近兩倍。鑒此，濟寧之治也在不斷地升格。元至元十六年（1279年），濟寧由府升為路（元代沒有省的實際建制，所說的中書省為虛稱，路為基本行政建制，由朝廷直轄。），轄三州十六縣；明洪武元年（1368年），“改濟寧路為府”，十八年，“置濟寧州領三縣”；清代沿用明治，乾隆四十五年（1780年），濟寧由府轄州升為省轄直隸州。
第三，濟寧因市而榮。由於商貿業的繁榮和城市的發展，極大地促進了手工業生產和農業商品化生產的發展，使廣大城鄉呈現壹片欣欣向榮的景象。當時，蓬勃興起的手工業近20個行業。
濟寧的繁榮和興盛，還可以用以下幾組數字來佐證。據《元史·食貨誌》載，元文宗（1328—1329年）時，在中書省（轄今北京、天津、河北、山東、山西、內蒙和河南的黃河以北地區，稱為“腹裏”。）21路和7個直屬州中，上繳國庫商稅額超過l萬錠銀子的只有晉寧路、嘉定路、濟南路、濟寧路等7路，其中濟寧路的商稅額為12403錠4兩l錢，居第4位。《明史·食貨誌·商稅》載：由於國庫虧空，朝廷下令“於京省商賈湊集地，市鎮店肆，門攤稅課，增田凡五倍。”這種商賈湊集的大城市***33個。另據《大明會典·鈔法》載：“（宣德）四年，令順天（北京）、應天（南京）、蘇州、松江、鎮江、淮安、常州、揚州……山東濟南、濟寧、德州、臨清……***三十三府州縣，市鎮店肆門攤稅加五倍，候鈔法通行止”。由此，足見濟寧商貿業的發達繁榮程度及其在全國城市中的位次。
另據有關資料記載，濟寧在明清時期曾是運河全線的7個對外商埠和重要碼頭之壹。
濟寧，正是在運河之水的潤育下，在凸顯的政治地位的作用和影響下，人口激增，城市崛起，工商業興盛繁榮，創造了歷史的輝煌，以莫辯的事實展現著運河之都的風采。