程毅中著作有《宋元話本》、《古小說簡目》、《唐代小說史話》、《宋元小說研究》、《古代小說史料漫話》、《不絕如縷的歌聲》，編纂有《中國古代小說百科全書》(與人合作)等。整理的古籍有《燕丹子》、《隋唐嘉話》、《玄怪錄》、《續玄怪錄》、《古體小說鈔》、《宋元小說家話本集》(輯註)等。