而皇太極的本名眾說紛紜。俄羅斯漢學家G.V.戈爾斯基認為“皇太極”的本名是“阿巴海”(Abakhai)。此說曾壹度被西方學界廣泛接受，但這個名字並沒有在當時的漢文和滿文文獻中登場，因此被認為是錯誤的;很有可能系其稱號“天聰汗”的誤解。
在明代陳仁錫的《山海紀聞》裏，皇太極以“喝竿”的名字出現; 而在《朝鮮王朝實錄·仁祖實錄》中，皇太極以“黑還勃烈”的名字登場。日本學者三田村泰助根據這兩種文獻，提出皇太極的本名大致讀作“Hekan”的說法。三田村泰助將《仁祖實錄》中的“黑還勃烈”還原為滿語“hekan beile”：“黑還”(hekan)是皇太極的本名;“勃烈”(beile)即“貝勒”，是滿洲貴族的壹種稱號。
後來“黃臺吉”登上汗位，就有人獻媚說，“黃臺吉”當大汗是天意，因為，這個詞的發音聽起來很象是漢人說的“皇太子”壹詞，證明他天生就是該做太子繼承汗位的。此後“黃臺吉”這個名字的漢文就寫成了“皇太極”，現在所有的歷史教材中對於這個人名就逐漸統壹了。