有三部著作，註釋《傷寒論》(卷10)，《傷寒論》(卷3)，《傷寒論》(卷1)。
程無忌在詮釋《傷寒論》時，對其病機、治法、方藥等進行了分析。在《內經》、《內經》理論的指導下，使《內經》、《內經》與《傷寒論》壹脈相承，完全符合仲景的著書初衷，成為後世醫家學習《傷寒論》的主要筆記之壹。如程在《傷寒論》中解釋:“太陽病，多汗，久泄者，惡風，小便不利，四肢微急，屈伸不利，以桂枝湯、附子湯為主”，“太陽病，因多汗，而久汗，而風不害，則因多汗，而陽不足，而膚不正。”《內經》說:膀胱為州府之官。如果體液是隱藏的，它可以被蒸發。小便不利、汗出津液者，陽虛者，不可適用。四肢是所有陽的基礎。若四肢稍急，屈伸有困難，則陽亡，身脫。”《針灸經》雲:失液者，骨不利屈伸。加桂枝附子湯，溫經通陽。”在此，程家所引《內經》的兩個原始版本，壹個是指《靈蘭秘經》，另壹個是《靈樞》，又稱《九卷》，出自《靈樞絕氣篇》。
程無忌對仲景方的解釋，也是用《內經》和《難經》的理論來說明的。比如他在解釋桂枝湯時說，《內經》說:辛甘發散為陽，桂枝湯也是辛甘之藥。”評四逆湯曰:“內經曰:寒為裏邪，甘為治熱。”他還說，“寒淫盛行，辛熱相合，為甘熱之劑，能散陰陽之氣。”程在此用的四氣五味陰陽學說解釋仲景方劑的含義，簡潔明了。特別是程在解釋小青龍湯時說:“寒邪在表，不甜則不散。麻黃、桂枝、甘草味甘、甘，以祛邪。水停心衰，腎燥。《內經》說:腎苦燥，急食辛辣而滋潤。幹姜、細辛、半夏味辛，通過移濕潤腎。咳喘，則肺氣顛倒。《內經》說:肺欲收，急食酸以收。芍藥和五味子的酸，用來收氣，平肺。”程在此引用臟氣學說的經法來說明小青龍湯散表涼內飲的機理。
程無忌對臨床應用及臨床癥狀的辨證有豐富的經驗。例如他在論述發熱綜合征時，雲:“發熱據說是皮膚之間自然發生的，壹個軒泉[6]就成了發熱。如果和潮熱、寒熱壹樣，就類似於煩躁，包括易怒。潮熱的熱度有時候很熱，很及時。冷的熱的熱，冷的變熱，此起彼伏。至於發燒，時有發生。”程提出了發熱與潮熱、寒熱與煩躁的區別。他說:“發燒的也有，只是輕重不同，表裏有別。所謂“郁熱病”，就是身上蓋了壹層羽毛，說明它的熱也在外面，所以用桂枝湯排汗來驅散。所謂蒸制汽化熱，就是如果用熏蒸的方法蒸制，就會清楚它的熱量是包含在內的，所以會用調胃承氣湯來清洗。其發熱屬表，為皮膚寒涼，陽氣郁結所致。其發熱屬內，即陽入陰所致。看熱度，汗證明其辨別力。”程從表裏兩方面辨析其不同的臨床表現，闡述其不同的病機，並提出表裏兼治的方法。
此外，程無忌的戰戰兢兢論，將戰爭與栗子區分開來，有內外之別。在四逆論上，它把四逆論和肢冷區分開來。在煩躁論上，區分了煩躁與易怒，指出陰陽有別，並提出了成因，如陽虛表火與陰虛表火的區別，等等。都是在學習《傷寒論》原文的基礎上，結合個人臨床經驗，精心總結出來的。嚴琦評價他的貢獻說“義是壹切以前未得道開悟的人，指的是定體中證的分形分析。同而不同者明，似是而非者明。緩解顫抖有內外診，煩躁論有陰陽之別。預言的話和鄭聲使實際情況知道，四個對立和模糊使深度和類似的清楚，從發燒開始，最後努力。每五十篇都是目的。這種認識是客觀的。
程無忌是宋金時期研究《傷寒論》的大家之壹。著有《傷寒論註》十卷、《傷寒論》三卷、《傷寒論方》壹卷。這三本傷寒病的書都有註解，有論證，有論述，站得住腳，緊密聯系，相輔相成。程的廣泛研究，自得其樂，註經辯經，開創了註疏學《傷寒論》的先河，使後人了解了傷寒的原理和用途，促進了傷寒理論的傳播和發展。他著有《傷寒論註釋》十卷，是現存最早的《傷寒論》完整註釋。他在中國醫學發展史上占有重要的歷史地位。
程無忌是第壹位全面註釋《傷寒論》的醫家，同時結合臨床應用，對傷寒常見癥狀進行了辨析，以供臨床診斷。在中醫傷寒研究史上占有重要地位，對後世傷寒學派影響很大。