在史學思想上，程應鏐既受傳統史學的濡染，又汲取了新史學的理論方法，兩者交融結合，形成自己的治史特色。他充分肯定由劉知幾首倡、章學誠補充的“史學四長”之說，認為“現代能寫出壹本可稱為史學的著作的，也必須具備這四長”。在史學的功能與作用上，他主張以史為鑒，古為今用，故而對司馬遷的“究天人之際，通古今之變，成壹家之言”，對司馬光的“鑒前世之興衰，考古今之得失”，都極為推崇，以為他們“以古為鑒的作史目的，實際上也是在史學的領域對古今關系的壹種解決”。他所主張的以史為鑒、古為今用有兩層涵義：壹是指歷史研究應該找出規律性的動向，以幫助當代人認識歷史發展的方向與大勢；二是指總結歷史上某壹方面的具體的經驗教訓，作為當代相關問題的借鑒。
程應鏐強調“學問之道，在於求真”，因而十分重視史料功夫。他自述大學時代所受的史學方面的訓練，“考證、校勘占的份量頗重”。這種傳統史學的早期訓練，以及後來長期從事中國古代史的教學、研究的經歷，使他在治學方法上尤其重視史料的作用。他認為“考證的目的在於求真”，贊譽司馬光的《通鑒考異》“在某種意義來說，開創了我國求實的學風”，肯定清代樸學中有“壹種科學的精神”。他主張，“學歷史是要有點‘考據癖'的”，任何史料史實上的疏忽偷懶，都是他絕對不能容忍的。他壹再告誡學生要抵禦名利思想的侵襲，以“板凳要坐十年冷，文章不寫壹句空”作為座右銘，靜心坐下來認認真真多讀幾部中國古代基本史籍。他讓研究生第壹年以逐字逐句研讀《資治通鑒》為日課，就是要求他們打下研治中國古代史的深廣紮實的基礎：通過查找《通鑒》的史源，初通目錄版本之學；在比勘相關史料時，校讎之法也得以略涉門徑；在史料比較和溯源的同時，既可觀摩司馬光和胡三省在史料運用與考辨上的精當，若偶有訛誤發現，又可粗知考證的門道；而《通鑒》正文和胡註涉及的典章制度、史事人物更是研治中國歷史必不可少的基礎知識。
然而，程應鏐治學並不局限於史料考據促迫煩瑣的天地中。五四以來的新思潮促成了他治史方法的另壹側面，即重視理論，推崇會通。他認為：“史料不等於史學，不論他掌握了多少史料，都不能說他是史學家。”“霸業千秋余古跡，議論終須大手筆”，說出了他對史學研究中理論的高度重視。他所強調的史學理論修養，有特定的內涵。首先，要有理論追求的勇氣。他曾指出：“迷信神，迷信鬼，迷信領袖，絕不是科學的態度”，還經常引用張載“剖破藩籬是大家”的詩句，來提倡好學深思，不為前人與他人所囿，也不為自己所囿。在他看來，剖破藩籬，解放思想，是提高史學理論修養的前提。其次，對理論的的追求是不應該有止境的。他認為：理論是隨著事物的變化發展而逐漸完善的，事物的發展變化永無止境，理論的完善也沒有盡期。因此，“認為有壹種壹成不變的理論，是直接違背馬克思主義的”。其三，他所說的史學理論並不僅僅狹隘地局限於歷史唯物主義。“傳經我愛他山石”，這史學理論的他山之石，包括了人類思想寶庫中壹切對歷史研究有參考價值的理論遺產。他曾向學生推薦過湯因比的《歷史研究》、丹納的《藝術哲學》等名著。“議論終須不傍人”，他在史學研究是這樣要求自己的，也總是以有無新見解來評價當代學人與自己學生的史學成果的。
程應鏐自幼養成對中國古典文學的濃厚興趣至老不衰，青年時代又從事過文學創作。這種愛好、修養與經歷，使他在治學方法上特別講究文字的表達。他相當欽佩和推崇史學名家張蔭麟那些“不用引文使人讀起來十分有味的歷史名篇”。他的史學論著《南北朝史話》、《範仲淹新傳》和《司馬光新傳》等，無不形象生動鮮明，文字清峻雅潔，絕無斧鑿的痕跡，卻有壹種文情並茂、攝人魂魄的魅力，堪稱史學和文學相當完美的結合。但鮮為人知的是，為了追求史學著作在表述上的信達雅，他讓當時還是初中生的女兒讀他《南北朝史話》的稿子，以推敲行文是否通俗生動，而其中《崔浩之死》壹節竟先後屬稿達11次之多。他招研究生，都必須經過作文考試方得入其門下，文章優劣是錄取與否的最重要參數。這種做法在歷史專業研究生招生中是別具壹格的，其理由正如他說的那樣：“不能設想壹個文理紊亂的人將來能進行思路清晰、識見敏銳的科學研究。”
總之，程應鏐強調紮實的史料功夫，卻不主張僅以羅列史料為能事；推重理論，但也反對遊談無根的空疏之論。他認為：歷史研究，無論宏觀微觀，都應當是具體的。他不止壹次指出：研究歷史應該從微觀搞起，只有把微觀搞清楚了，才能準確把握與清晰鳥瞰整個宏觀的歷史。他認為：宏觀理論與微觀研究的結合，獨斷之學與考索之功的結合，卓特的史學成果與生動的文字表達的結合，是可以也應該在壹個優秀史家身上完成的。他所推許的剖破藩籬的史學大家，應該在史實史料方面具有廣博精深的素養，並能把握歷史發展中帶有普遍性或關鍵性的課題，以新的理論和方法，通過精煉優美的文字表述，作出新的概括和總結，從而取得超越前人的卓越成果。
作為長期從事師範教學的歷史學家，程應鏐對歷史教學和學生培養有自己的見解和特點。他曾經提出壹個問題：為什麽現在學生對歷史課沒有興趣？他以為，學校對歷史教學不重視，中學歷史教科書編得不好，歷史教師缺乏專業訓練，等等，都是導致學生不愛上歷史課的原因。而高等學校歷史系的課程設置、歷史教學和研究又直接影響著中學歷史教學。因此他特別反對把歷史研究與教學簡單化，“簡單化的結果，就使極其豐富的歷史內容，剩下幾條筋，無血無肉，幹癟得像癟三，青少年是不會有興趣的”。他還反對以壹成不變的理論在歷史研究和歷史教學中貼標簽，在他看來，貼標簽“是不會有說服力的，就會使得學生以為歷史味同嚼蠟”。他主張歷史課可以通過講人物，使學生了解過去。比如講秦漢，就要講秦皇、漢武，項羽、劉邦，陳勝、吳廣；講均田制，就要講文明太後、魏孝文帝；講改革，就要講王安石、司馬光；講淝水之戰，不能只講戰爭性質、雙方力量對比，要講苻堅、苻融、謝安、謝石……通過人物的講授，使歷史課變得津津有味，才能使學生從中獲得教益，否則，“要激動青少年的心大概是不可能的”。
程應鏐在大學先後講授過世界史、中國通史、魏晉南北朝史、宋史、國學概論、中國歷史文獻學、史學方法論等課程。很多學生說，聽他講課，如同壹種藝術享受。他的歷史課既有理論上的開掘拓展，又常常在關鍵處旁征博引，中西比較，信手拈來，適時點化，使學生在豁然會悟、欣然有得中感受其中的深度和廣度。他講課時，感情十分投入，有時激越雄辯，使人奮立；有時深沈低徊，令人感慨；或描摹人物，或引據詩詞，高屋建瓴又揮灑自如，把學生帶入應接不暇的不同境界。20世紀70年代末，他曾為中文、歷史兩系講授中國通史，大梯形教室為之爆滿，以致走廊、門廳處都臨時加座。他對自己的歷史教學的最高要求是：“每上完壹節課，就像是寫了壹首詩，完成了壹篇創作。”為了達到這種深度和魅力渾然壹體的教學境界，數十年中，他始終要求自己把每堂課要講的每句話寫成講稿，及至走上講臺卻又不帶講稿，其中，需要付出多少創造性的艱苦勞動！他曾深有感觸地說：“要上好歷史課，最主要的還是學習，比在大學讀書時還要學習得認真，為培養人而學，為未來的建設者而學，為那些將來要超過我們的人而學。”這種高度的責任感和不懈的追求，正是他幾十年歷史教學常講常新的源泉所在。 自西南聯大畢業以後，程應鏐不論處身何種環境，從事什麽工作，都始終鐘情於史學研究。他被打成右派以後，仍默默進行著學術積累。如此辛勤耕耘20年，才有機會從20世紀70年代末葉起將自己關於魏晉南北朝史的研究成果刊布於世。他的魏晉南北朝史研究，其思維方向、學術觀點、研究結論等，在當時都有獨到領先之處。
其壹，述論魏晉南北朝時期塢壁的性質、特點和歷史作用，為深入了解當時人民的生存狀況提供了壹幅真實的場景圖。
塢和壁都是古代軍壘之名，但當時的人民，尤其是戰亂時期的大部分北方人民，卻生活在塢壁裏面。對這壹現象，陳寅恪、範文瀾、唐長孺等學者的論著中都分別提到引證過，或附帶論述過。但首先對這種現象進行全面深入論述的，應推程應鏐發表在《上海師範大學學報》1979年第1期上的《四世紀初至五世紀末中國北方塢壁略論》。
從研究社會史的角度看，有關塢壁的記載十分重要，但在現存史料中卻分布得非常零散。早在20世紀60年代，程應鏐幾乎把當時所能找到的有關塢壁記載都鉤輯齊備，然後構思了這壹力作。這篇論證塢壁的代表作，有以下幾個特色：第壹，較完整地勾勒出塢壁在當時中國產生和發展的來龍去脈，可以稱得上是壹部塢壁簡史。第二，對塢壁的各個方面進行全方位的考察，例如塢壁居民的構成以及相互之間的關系，他們的軍事屬性和生產勞動情況等等，實證了塢壁在相當時期內是北方大多數人民的生存處所，對了解當時社會面貌至關重要。第三，論述了塢壁在當時的作用與地位，不乏精彩獨到的見解。例如“塢壁對胡族統治者的鬥爭，客觀上促使了胡族的漢化”；“永嘉亂後，漢族先進的生產事業被塢壁保存下來了。個人常以為對北魏的均田制，從生產方面估計過高，恐怕不合乎事實。《齊民要術》所總結的生產經驗，實標誌著塢壁生產的水平，而不是均田制制度下生產的水平”等等。他在其他文章中還指出：“永嘉亂後，我國北方最重要的壹個力量，是以塢壁為主的地方勢力”（《拓跋部漢化過程中問題述論》，載《華東師範大學學報》叢刊《魏晉南北朝史論集》，1986年）；“五胡十六國真正統治地方的是塢壁主”（《農業勞動力與三國兩晉南北朝田制的變化關系》，載1995年上海古籍出版社出版的《流金集》）等。這些提法在當時發前人所未發，對後人亦大有啟迪，開辟了壹條通過前人的生存環境來揭示社會結構的研究路徑。
其二，以考實均田制在北魏實施的具體情況，來把握少數民族統治下的胡漢關系。
北魏的均田制歷來是史學界引人矚目而眾說紛紜的熱點，但壹般學者都把註意力放在對制度本身的研究上。程應鏐對均田制的研究則獨辟蹊徑，把研究方向著重放在與之關聯的胡漢關系上。他的研究，透露出對包括土地制度在內的經濟體制與民族關系之間的獨到洞察力，即經濟利益驅導著民族關系發展的趨勢，而民族關系最根本的表現形式，就是經濟體制中各民族所占的地位。為什麽北魏要建立均田制？它究竟在什麽時候，在那些地區實行了均田制？均田制與私有土地關系如何？給哪些人帶來了好處？它對當時和以後的社會產生了什麽影響？等等。對這些問題，程應鏐都用民族政治關系的互動演變來進行解釋，從而為理解與闡釋當時土地制度提供了壹個新視角。他的《論北魏實行均田令的對象與地區》（載巴蜀書社1990年《紀念顧頡剛學術論文集》），通過考據有力證明：第壹，“對鮮卑平民，均田令是不適用的”，“肯定北魏在畿內和近畿之地沒有實行均田令”，“在中原，為州郡所領的雜戶、營戶，也沒有包括在均田令實施的對象中”；第二，“均田令中並無計口受田之文”，計口受田的對象主要是被遷在平城附近的“新民”，二者並不相同；第三，“均田令是文治的重要內容”，而文治又是主要對漢族而言；第四，“均田令所要解決的矛盾，是北魏朝廷和漢族塢壁主對民戶的爭奪，看來並不適用於解決鮮卑貴族和平民之間的矛盾”；最後的結論是，“北魏均田令只是在中原實行了的，對於漢族塢壁主、中小地主、自耕農和被清查出來的蔭附才適用”。也就是說均田制是民族矛盾發展的結果，它適應北魏拓跋鮮卑政權統治中原漢族人民的需要，也在壹定程度上緩解了他們和塢壁主所代表的漢族地主階級的矛盾，這也表明那時的胡漢關系包涵著多重形式。與此同時，北魏均田制的局限性，通過這篇論文的論證也已壹目了然。
從現存有關北魏均田制的史料來看，這壹論點完全可以自成壹家之說。盡管不能斷言北魏均田制的其他說法難以成立，但它們並不見得比程應鏐的論證更有道理。而不同說法並立存在，將更有利於研究接近歷史的真相。
其三，通過對勞動者名實關系的探索，對魏晉南北朝社會結構進行全面剖析和新的闡述。
魏晉南北朝是壹個大動蕩、大分化、大變革的時代，各種社會矛盾交錯復雜，人們的社會地位升降不定，諸種身份變化無常，代表著極為復雜的社會構成，決不可簡單地歸結成諸如統治與被統治、地主與農民之間的所謂兩大階級的矛盾。例如“吏”，歷來把它作為官的壹種通稱，大吏就是大官，故連稱為“官吏”。但在魏晉南北朝時期，吏的內涵非常復雜，既有為官之吏，也有當兵之吏，更有被當作勞動力使用的吏，其間高下貴賤貧富的差別可以說千變萬化。因此在吏這個稱謂之下，究竟在什麽時間，什麽條件下呈現了不同的身份？其間不同的身份又是如何轉化的？當時許多關於身份的稱謂，如門生、賓客、部曲、士等等，無不和吏這壹稱呼的內涵演變有著同樣的情況。程應鏐對此產生了莫大的興趣，認為這是壹條了解當時社會結構真相的絕佳途徑。於是他與時任中國社科院歷史研究所副所長的同窗好友熊德基***同倡導這方面的研究，他自己先後寫了《釋幹》、《釋吏》、《釋新民》等壹系列文章，在《中華文史論叢》上陸續發表，作為對魏晉南北朝時期種類繁多的勞動者進行個案研究的切入點。
“新民”是北魏政治影響下所產生的壹種特殊身份，它是北魏統治者將各地被征服者遷徙到平城來進行農業生產的定居者。由於它關系著對北魏民族關系和土地制度的討論，程應鏐早就將它納入了自己的視野，在其他文章中屢有提及。《釋新民》全面歸納了他對這壹歷史現象的看法。文章認為，新民實質上是壹種特殊的農奴，“當與隸戶、營戶、僧祗戶相等，是需要封建國家明令放免才能成為平民的，不可能和編戶齊民相同。所謂‘計口授田'，給耕牛和農具，只不過是被束縛在土地上從事生產勞動，為拓跋國家提供租賦而已”。毫無疑問，在與此相關的研究中，這壹觀點也是卓爾不群的。
作為壹個歷史學家，其任務不僅在於通過自己的研究來揭示歷史的真相，而且要盡其可能地讓歷史的真相使更多的人知道，惟有如此，才能使史學發揮更大的作用。因此，壹個有社會責任心和歷史使命感的史學家，壹定會努力使自己的論著簡明暢曉，也壹定會努力撰寫史學通俗讀物。程應鏐的《南北朝史話》，就是壹個成功的樣板。
《南北朝史話》初稿完成於1964年，由於政治原因，直到1979年才得以出版。但15年的拖延，並未使其喪失在知識領域中的前沿性。這本書的特點是，第壹，囊括了南北朝時期政治、經濟、軍事、文化諸方面的大事要點，無壹遺漏，可以說是壹部較全面敘述當時歷史的通俗簡史。第二，文筆簡練明快，生動流暢。例如敘述南齊壹朝的興亡，前後不足二千字，卻把齊朝興衰契機、政治特點和歷史地位等等，交代得壹清二楚，同時還把齊高帝蕭道成、齊明帝蕭鸞等事跡與心態描繪得栩栩如生。整部書僅12萬字，引人入勝，可以壹口氣讀完。第三，字裏行間充滿著歷史的智慧。這種智慧既有來自前人的，也有來自作者本人的。例如談到梁朝的連坐法不起作用時說：“嚴酷的刑罰，阻止不了求生的鬥爭”。又如提到那壹時期宗教時，指出“現實的鬥爭卻使宗教分為‘邪'‘正'。‘邪教'壹詞實際上是統治階級對於農民反抗思想的詛咒。‘邪'‘正'的對立，使道教在南北朝被重新改造”，等等。這些真知灼見隨著史實的描述，潛移默化地印入讀者的腦海，使人在了解歷史的同時，享受了智慧的熏陶。第四，作者在敘述過程中，筆觸裏充滿著強烈的愛憎和情感，對真善美的頌揚和對醜惡卑劣行為的鞭撻，在全書的字裏行間到處都流露了出來。這種來自正義感和歷史道德觀的深情，使原本冷冰冰的史實能變成壹團喚醒良知、驅人向善的烈火。
《南北朝史話》壹問世，即譽滿京華，獲得了有關專家的交口稱譽，周壹良推許為每壹句話都是言之有據的。該書盡管壹印再印，仍然經常脫銷，還先後榮獲過全國優秀圖書獎和全國優秀青年讀物獎，成為當時歷史通俗讀物的壹個範本。