日本中醫推崇東漢張仲景的《傷寒論》。古方有三派只承認張仲景的《傷寒論》。之後中醫書籍放棄陰陽學說，重視實踐產生真理。宋元以後，醫學書籍的不拘壹格派認為，醫學應該是誰的好就吸收誰的。總之，日本人的功績在於中國傳統醫學進入陰陽之後回歸理性，為中國現代中醫的復興做出了巨大貢獻。比如很多現代的中醫大師，看了《漢書》《皇帝醫學》之後，都受到了很大的啟發。
另外，日本重視腹診，這是我國古代人的診療傳統。此外，日本不重視脈診是因為真正能掌握並準確運用脈診的人很難看病。這也和日本所有的簡單化有關。還有日本的針灸，中國著名的針灸大師程大南通過看日本針灸大師的很多書，學到了很多真正的中醫。
中醫壹直被詬病偽科學的東西。