張仲景《傷寒雜病論》問世後不久，即因戰亂動蕩或傳抄訛誤而殘損不全，因此極有必要對該書進行整理。首次從事此項工作的，是著名醫學家王叔和。
他在《傷寒論》中說：“今搜采仲景舊論，錄其證侯、診脈、聲色，對病真方有神驗者，擬防世急也。”表明其研究《傷寒淪》是從脈、證、方、治幾方面著手，亦即按照張仲景辨證論治的精神進行的。現行《傷寒論》本，壹般認為卷壹、二《辨脈法》、《平脈法》、《傷寒例》三篇及卷七《辨不可發汗病脈證並治》以下八篇，為王叔和所增。從《辨太陽病脈證並治上》至《辨陰陽易差病脈證並治》***十篇，保存了張仲景對傷寒病辯證論治的主要內容，也是現行《傷寒論》的主要部分。《辨不可發汗病脈證並治》以下八篇，主要是王叔和從仲景治法研究《傷寒論》的思想，啟以治法分析《傷寒論》之端。
對王叔和整理《傷寒雜病論》壹事，後世醫家議論褒貶不壹，指責者以方有執、喻嘉言為代表，明代方有執作《傷寒論條辨》，認為《平脈》乃王叔和贊經之詞，又說叔和偽作《傷寒例》，使仲錄之道反晦，“究其叛亂，則叔和亦罪之魁”。因此，他把《傷寒論》原文不易講通之處，說成王叔和編次該書時造成的錯簡。但是，歷代多數醫家對王叔和整理《傷寒論》的評價，還是較為客觀的，宋代林億說：“自仲景於今八百余年，惟叔和能學之”；金代成無己說：“仲景《傷寒論》得顯用於世，而不墮於地者，叔和之力也”；明初王安道說：“叔和搜采仲景舊論之散落者以成書，功莫大矣”，同時也批評了王氏於書中雜以自己的言論；有玉石不分，主客相亂之嫌；總的來看，由於王叔和距離張仲景生活年比較近，故其編次整理之書，應較接近仲景書原貌。不但傳書之功應予肯定，且將仲景汗、吐、下、溫、刺、灸、水、火諸法，分類進行比較分析，亦切合臨證運用，較勉強定為397法，更為符合實際。
（2）《黃帝內經》
南北朝時期，出現了校註《黃帝內經》的書籍，即齊梁間人全元起所著《內經訓解》，這是已知有關《黃帝內經》的最早校註本。
全元起校註的《素問》本，北宋時尚存，以後便散失不見了。今從林億等所校訂的《重廣補註黃帝內經素問》中，尚可看到全元起編排的卷目次第和少量註文。例如，他在解釋《素問·生氣通天論》“風客淫氣，精乃亡，邪傷肝也”時說：“淫氣者，陰陽之亂氣，因其相亂，而風客之，則傷精，傷精則邪入於肝也。”把“淫氣”解釋為內在因素，“風客”為外在條件，合理地闡析了病變機理。再如對《素問·熱病論》中“三陽經絡皆崇其病，而未入於臟者，故可汗也”壹句，全氏以“臟”為“腑”，並解釋說：“傷寒之病，始於皮膚之腠理，漸勝於諸陽，而未入府，故須汗發其寒熱而散之”，亦甚合理。現在雖不能看到全元起校註《素問》的全貌，於此亦可窺視其學術造詣之壹斑。
（3）《神農本草經》 陶弘景作《神農本草經集註》，除保存《本草經》原有藥物365種外，復增補東漢以降名醫所用藥365種。
以上四部典籍文獻，經過呂廣、王叔和、全元起、陶弘景的分別整理註解，得以保存流傳，對中醫藥學發展和後世文獻研究，有著深遠影響。