新疆醫科大學圖書館2006年擴建新館，館舍面積達15000多平方米。新疆醫科大學圖書館現有在職人員47人，其中教授1人，副研究館員6人。2006年開始引進碩士畢業生，現有碩士學位者9人。根據學校十二五規劃，到2015年圖書館具有碩士學位的館員將達到全館人員的三分之壹以上。
11新疆醫科大學圖書館內設綜合業務、采編、流通、閱覽和信息技術五個部門和文獻檢索教研室。建有書庫8個（其中：綜合庫3個，工具書庫、線裝古籍書庫、中醫書庫、社科書庫、外文書庫各1個）；過刊庫9個（其中：醫學過刊、檢索過刊庫各2個，外文過刊庫3個，中醫藥、社科過刊庫各1個）；報紙庫1個。開架借閱區2個；期刊閱覽區1個；自習區9個。各類讀者座位1508個，供讀者使用的電腦有600臺。 2008年開通了Dialog國際聯機檢索系統。能為讀者提供借閱、文獻檢索、科技查新、科技中介、引文檢索、文獻傳遞、打印、復印、掃描、裝訂、自習等多類型、多層次的服務。
截止2010年底館藏紙質圖書達125.5萬余冊（其中：外文圖書51732冊；民文圖書49902冊；線裝古籍4460冊）。涵蓋了醫學、生命科學、人文、社科以及經濟和管理科學各主要門類，尤以醫學和文藝方面的圖書收藏豐富。新疆醫科大學圖書館每年訂閱專業期刊、社科類期刊近1400多種。訂閱各類報紙 60種。圖書館收藏有較豐富的電子文獻資源，購置了11個中外文全文、書目數據庫，內容涉及醫學、藥學、生物、教育等領域。現有電子圖書12萬種。